晋景公十五年（前585）以"新田土厚水深，居之不疾，有汾浍以流其恶，且民从教，十世之利"，将都城自今翼城县境徙新田（即今市区），称为新绛，传位13世，历时216年。秦置绛县，属河东郡。东汉为绛邑县，属平阳郡。三国魏属平阳郡。北魏太和十一年（487）改曲沃县，徙治今曲沃县境，此后历代俱为曲沃县辖地。唐贞观十年（636）曾于此置新田府，后废。
明洪武八年（公元1375年）在此设驿站，北接平阳府，直达幽燕，南出铁岭关，通往秦、豫、蜀、楚，为北方最大的驿站之一。因配备马匹多，过往的朝政要员多在此食宿等侯，换乘马匹，故称侯马。清嘉庆二十四年（1819年）设巡司，属平阳府。民国元年废府，属河东道。1947年4月6日解放，1949年2月属晋南区新绛分区。1950年属临汾专区。
1956年10月国务院决定设侯马市筹备处，1957年12月筹备处暂撤销。1958年8月曲沃、新绛、汾城三县合并为侯马市【1958年以曲沃、新绛2县地和襄汾县部分地域置侯马市，属晋南专区】。1962年因国民经济暂时困难，侯马市下马缓建。1963年5月，恢复曲沃县，县政府驻侯马。1971年7月国务院[1971]国发41号文件批准析出曲沃县5个公社恢复侯马市，属临汾地区。同年8月1日侯马市与曲沃县分署办公，曲沃县址迁回新城。
1997年，侯马市面积274平方千米，人口20万人，辖5个街道、5个乡：浍南街道、浍滨街道、路西街道、路东街道、侯北街道、侯马乡、凤城乡、张村乡、上马乡、高村乡。共有81个居委会、81个行政村。市政府驻市政府路。
2000年第五次人口普查，全市总人口225123人，其中：路东街道32053人，路西街道25756人，浍滨街道34153人，浍南街道3490人，侯北街道3732人，侯马乡45181人，上马乡23994人，高村乡17915人，张村乡21182人，凤城乡17667人。
2001年区划调整后，全市辖5个街道、3个乡：浍滨街道、路西街道、路东街道、张村街道、上马街道、新田乡、高村乡、凤城乡。