东汉初平三年（192）设新安县，西晋太康元年（280）改信安县，唐咸通年间改西安县，民国元年改衢县，1981年改设县级市，1985年恢复衢县。
2001年12月10日国务院（国函[2001]161号）批准、12月26日浙江省政府（浙政发[2001]82号通知）批复：同意撤销衢县，设立衢州市衢江区。将原衢县的云溪、太真、双桥、庙前、周家、灰坪、长柱、坑口、举村、岭头、洋口、横路12个乡和高家、莲花、峡川、杜泽、上方、廿里、后溪、湖南、大洲、樟潭、安仁、全旺12个镇以及衢州市柯城区的浮石、下张2个乡和石室乡的黄坛口村划归衢江区管辖。区人民政府驻樟潭镇。将原衢县的华墅、沟溪、七里、九华4个乡和航埠、石梁2个镇划归柯城区管辖。
1996年，衢县面积2117平方千米，人口52万人，辖14镇14乡：上方镇、杜泽镇、峡川镇、莲花镇、石梁镇、樟潭镇、高家镇、航埠镇、廿里镇、后溪镇、大洲镇、全旺镇、湖南镇、安仁镇、灰坪乡、太真乡、庙前乡、周家乡、七里乡、九华乡、云溪乡、华墅乡、横路乡、长柱乡、坑口乡、举村乡、岭头乡、洋口乡。县政府驻衢州市区。
2000年第五次人口普查，衢县总人口464128人，其中（14个镇、16个乡）：上方镇25278人，峡川镇12263人，桂泽镇25370人，莲花镇29798人，石梁镇30008人，高家镇19646人，安仁镇11285人，樟潭镇10498人，航埠镇47864人，全旺镇18876人，大洲镇16555人，后溪镇22826人，廿里镇25941人，湖南镇10631人，灰坪乡3185人，庙前乡3249人，太真乡4938人，双桥乡3658人，七里乡3713人，九华乡18257人，周家乡13511人，云溪乡21635人，沟溪乡14838人，横路乡17098人，华墅乡14531人，长柱乡4270人，坑口乡2954人，举村乡3539人，岭头乡4015人，洋口乡1924人，沈家办事处8410人，十里丰监狱13564人。
2002年，衢江区辖12个镇、14个乡：上方镇、杜泽镇、廿里镇、后溪镇、大洲镇、湖南镇、峡川镇、莲花镇、全旺镇、高家镇、樟潭镇、安仁镇、太真乡、云溪乡、横路乡、庙前乡、灰坪乡、长柱乡、坑口乡、岭头乡、举村乡、周家乡、洋口乡、双桥乡、浮石乡、下张乡，共有509个行政村。
2005年12月26日，浙江省人民政府《关于衢州市衢江区部分行政区划调整的批复》（浙政函[2005]78号）同意：撤销樟潭镇、下张乡、浮石乡建制，其行政区域改由衢江区人民政府直辖，在此区域调整设立若干街道办事处事宜，由衢州市按照有关法律规定办理；撤销安仁镇建制，将其行政区域与高家镇合并；撤销坑口乡、长柱乡建制，合并设立黄坛口乡；撤销岭头乡、洋口乡建制，合并设立岭洋乡；撤销庙前乡建制，其行政区域与杜泽镇合并。
2006年1月5日，衢州市政府下发《关于衢江区部分乡镇行政区划调整的批复》：撤销樟潭镇、下张乡建制，合并设立樟潭街道办事处，由衢江区人民政府直辖；撤销浮石乡建制，设立浮石街道办事处，由衢江区人民政府直辖；撤销安仁镇建制，将其行政区域与高家镇合并；撤销坑口乡、长柱乡建制，合并设立黄坛口乡；撤销岭头乡、洋口乡建制，合并设立岭洋乡；撤销庙前乡建制，其行政区域与杜泽镇合并。调整后衢江区辖高家、杜泽、上方、峡川、莲花、全旺、大洲、后溪、廿里、湖南10个镇，黄坛口、岭洋、灰坪、太真、双桥、周家、云溪、横路、举村9个乡，城区设樟潭、浮石2个街道。
2005？年2月设立东港街道办事处，由衢州市开发区管理。（本站注：该办事处可能是非正式行政区）位于衢州城区东南部，紧邻衢江新区，东至上山溪，西至乌溪江，南至柯城工业园区，北至320国道，辖闹桥、诸家、姜庄、后垅张、潘家垅（5村原属樟潭街道）、旺村、横路后、野鸭垅（3村原属横路乡）等8个行政村，总面积26.45平方千米、总人口6328人。
2009年，全区辖2个街道、10个镇、9个乡：樟潭街道、浮石街道；上方镇、杜泽镇、廿里镇、后溪镇、大洲镇、湖南镇、峡川镇、莲花镇、全旺镇、高家镇；太真乡、云溪乡、横路乡、灰坪乡、举村乡、周家乡、双桥乡、岭洋乡、黄坛口乡。区政府驻樟潭街道沈家大桥路16号。
2010年6月30日，《衢州市人民政府关于衢江区部分行政区划调整的批复》（衢政发[2010]28号）：根据《浙江省人民政府关于衢州市衢江区部分行政区划调整的批复》（浙政函[2010]82号）精神，同意撤销横路乡建制，其行政区域连同全旺镇双盈头、尹家2个行政村的区域并入高家镇。调整后，高家镇辖66个行政村，镇政府驻地不变（大桥南路7号）；全旺镇辖23个行政村，镇政府驻地不变（船观路1号）。