秦王嬴政二十五年（公元前222）置上虞县。据传，上虞县是虞舜后代的封地，地名虞宾。据《太康地记》：“舜避丹朱于此，故以名县。百官从之，故县北有百官桥。亦云舜与诸侯会事迄，因相娱乐，故曰上虞。”以后各代时有撤县、并县、复置，自唐长庆元年（821）后一直沿用上虞县。1992年8月改设上虞市。
2013年，撤销县级上虞市，设立绍兴市上虞区，以原上虞市的行政区域为上虞区的行政区域，上虞区人民政府驻百官街道市民大道987号（国函[2013]112号，浙政发[2013]52号）。
1996年，上虞市面积1427.5平方千米，人口约77万人。辖18个镇、6个乡：百官镇、道墟镇、东关镇、蒿坝镇、上浦镇、汤浦镇、章镇镇、下管镇、丰惠镇、永和镇、谢桥镇、梁湖镇、驿亭镇、小越镇、谢塘镇、崧厦镇、沥东镇、沥海镇、龙浦乡、大勤乡、岭南乡、陈溪、丁宅乡乡、盖北乡。市政府驻百官镇。（《政区大典》）
1999年末，上虞市辖18个镇、6个乡，787个行政村、74个居委会，总人口775121人，总面积1428平方千米。
2000年第五次人口普查，上虞市总人口722523人，其中：百官镇144589人、道墟镇47058人、东关镇42265人、蒿坝镇22872人、上浦镇23406人、汤浦镇15141人、章镇镇19797人、下管镇12681人、丰惠镇40223人、永和镇15127人、谢桥镇12063人、梁湖镇27877人、驿亭镇21342人、小越镇29810人、谢塘镇24459人、崧厦镇65770人、沥东镇45027人、沥海镇40646人、龙浦乡8526人、大勤乡9545人、岭南乡10904人、陈溪乡9024人、丁宅乡9903人、盖北乡24468人。
2000年末，上虞市总面积1403平方千米，辖18个镇、6个乡，798个行政村、57个居民区，总人口77.54万人。2001年，全市辖18个镇、6个乡，855个行政村和居委会，总人口775121人。
2001年10月17日，浙政函[2001]217号批复同意上虞市部分行政区划调整：撤销谢桥镇建制，与丰惠镇合并。丰惠镇辖83村、6居，驻庙弄（原址）。撤销沥东镇建制，部分（后凌湖等37村）并入崧厦镇。崧厦镇辖97村、9居，驻崧镇南路（原址）。沥东镇其余部分（邵家等14村）并入沥海镇。沥海镇辖44村、1居，驻海滨大道（原址）。撤销大勤乡、龙浦乡建制，并入章镇镇。章镇镇辖79村、5居，定址冯村村。撤销盖北乡建制，设立盖北镇。盖北镇辖19村，驻联围村（原盖北乡址）。撤销东关镇建制，部分（旭光等15村，长塘1居）设立长塘镇。长塘镇辖15村、1居，定址长塘村。撤销百官镇、蒿坝镇建制，和原东关镇其余部分改由上虞市政府直辖并设置百官、曹娥、东关等3个街道办事处，作为上虞市政府的派出机构：（1）百官街道办事处：管理原百官镇东北部的百官一村等41村、龙山等25居，驻还珠路（原百官镇址）。（2）曹娥街道办事处：管理原百官镇东南部的娥一等15村、渡江路等14居和原蒿坝镇东部的蒿庄等14村、蒿坝1居，共29村、15居，驻地暂定大三角范围，待确址后再行申报。（3）东关街道办事处：管理原蒿坝镇西部其余的四丰等10村、马山1居和原东关镇其余的东关等23村、镇东等6居，共33村、7居，驻马家桥村（原东关镇址）。调整后，上虞市辖3个街道、15个镇、3个乡：百官街道、曹娥街道、东关街道、道墟镇、长塘镇、汤浦镇、上浦镇、下管镇、章镇镇、丰惠镇、永和镇、梁湖镇、驿亭镇、小越镇、谢塘镇、崧厦镇、盖北镇、沥海镇、陈溪乡、岭南乡、丁宅乡。
2002年末，上虞市总人口77.34万人，辖3个街道、15个镇、3个乡，73个居民区、786个行政村。2003年末，上虞市总面积1402.53平方千米，总人口77.41万人，辖3个街道、15个镇、3个乡，786个行政村（缺居委会统计数据）。
2004年3月22日，浙政函[2004]43号批复同意驿亭镇政府驻地由五驿村迁至五夫村。2005年末，上虞市面积1403平方千米，人口77.37万人。辖3个街道、15个镇、3个乡：百官街道、曹娥街道、东关街道、道墟镇、上浦镇、汤浦镇、章镇镇、下管镇、丰惠镇、永和镇、梁湖镇、驿亭镇、崧厦镇、沥海镇、小越镇、谢塘镇、长塘镇、盖北镇、岭南乡、陈溪乡、丁宅乡。
2006年，上虞市在道墟、小越两镇先行开展行政村规模调整试点工作的基础上于4月在全市其他19个乡镇、街道全面推开行政村规模调整。经过20多天时间，19个乡镇、街道的行政村数量由调整前的701个调减至316个，减幅为55%。上虞市21个乡镇、街道原有786个行政村，在行政村规模调整中，共涉及调整村为649个，占82.6%，调整后，合并为241个新行政村。其中人口最多的村是崧厦镇章家村，为6806人，最少的村是岭南乡梁宅村，为190人；村域面积最大村是丰惠镇三溪村，为11.53平方千米，最小的村是东关街道彭家堰村，为0.09平方千米。
2006年末，上虞市辖3个街道、15个镇、3个乡，共有35个社区、51个居民区、354个行政村【另一数据：355个行政村、85个社区（居委会）】。市政府驻市民大道987号。
2012年末，全市总面积1403平方千米，总人口77.85万人。辖3个街道、15个镇、3个乡：百官街道、曹娥街道、东关街道、道墟镇、长塘镇、上浦镇、汤浦镇、章镇镇、下管镇、丰惠镇、永和镇、梁湖镇、驿亭镇、小越镇、谢塘镇、盖北镇、崧厦镇、沥海镇、岭南乡、陈溪乡、丁宅乡。市政府驻百官街道市民大道987号。