唐武后万岁登封元年（696年）置县。
1996年，缙云县面积1503平方千米，人口约42.8万人。辖9个镇、15个乡：五云镇、壶镇镇、新建镇、舒洪镇、新碧镇、大洋镇、东渡镇、东方镇、大源镇、新川乡、双川乡、城北乡、七里乡、白竹乡、雁岭乡、前路乡、三溪乡、溶江乡、双溪口乡、胡源乡、方溪乡、石笕乡、南溪乡、木栗乡。县政府驻五云镇。
2000年第五次人口普查，缙云县总人口362252人，其中：五云镇55621人、壶镇镇54866人、新建镇41686人、舒洪镇14830人、新碧镇13957人、大洋镇7461人、东渡镇28092人、东方镇19922人、大源镇16051人、新川乡4472人、双川乡4729人、城北乡7464人、七里乡13005人、白竹乡6022人、雁岭乡12342人、前路乡7268人、三溪乡6120人、溶江乡12655人、双溪口乡9072人、胡源乡11815人、方溪乡3752人、石笕乡5599人、南溪乡2944人、木栗乡2507人。
2002年末，缙云县面积1482平方千米，人口43.57万人，辖9个镇、15个乡，6个社区、6个居民区、642个行政村：五云镇、壶镇镇、新建镇、新碧镇、舒洪镇、大洋镇、大源镇、东渡镇、东方镇、溶江乡、七里乡、胡源乡、南溪乡、木栗乡、雁岭乡、城北乡、白竹乡、三溪乡、前路乡、新川乡、双川乡、方溪乡、石笕乡、双溪口乡。
2003年末，全县总面积1482平方千米，总人口43.53万人，辖9个镇、15个乡，6个社区、6个居民区、642个行政村。
2005年末，全县面积1482平方千米。人口43.86万人。2006年末，全县辖9个镇、15个乡：五云镇、壶镇镇、新建镇、新碧镇、舒洪镇、大洋镇、大源镇、东渡镇、东方镇；溶江乡、七里乡、胡源乡、南溪乡、木栗乡、雁岭乡、城北乡、白竹乡、三溪乡、前路乡、新川乡、双川乡、方溪乡、石笕乡、双溪口乡。共有6个社区、4个居民区、642个行政村。
2008年，全县行政区划调整：一、撤销新碧镇、城北乡建制，将新碧镇、城北乡、新建镇的岩沿、西岩、梅溪3个行政村，与原五云镇合并。调整后，五云镇辖6个社区，79个行政村，面积133.6平方千米，人口8.4万人。二、撤销雁岭乡、白竹乡建制，将其行政区域与原壶镇镇合并。调整后，壶镇镇辖130个行政村，面积202平方千米，人口7.8万人。三、撤销新川乡、双川乡建制，将其行政区域与原新建镇（除岩沿、西岩、梅溪3村）合并。调整后，新建镇辖81个行政村，面积184.7平方千米，人口7.0万人。四、撤销南溪乡、木栗乡建制，将其行政区域与原大洋镇合并。调整后，大洋镇辖27个行政村，面积130.2平方千米，人口1.6万人。
2009年，全县辖8个镇、8个乡：五云镇、壶镇镇、新建镇、舒洪镇、大洋镇、东渡镇、东方镇、大源镇、七里乡、前路乡、三溪乡、溶江乡、双溪口乡、胡源乡、方溪乡、石笕乡。县政府驻五云镇黄龙路38号。
2011年末，缙云县部分行政区划调整：撤销五云镇建制，其行政区域连同新建镇的宅村、马渡村改由缙云县政府直辖。调整后，新建镇辖27个行政村，镇政府驻地不变（新溪路238号）。在缙云县政府直辖区域设立五云、新碧、仙都3个街道办事处。（2012年初实施）
2012年末，全县总面积1494平方千米。总人口45.89万人。辖3个街道、7个镇、8个乡：五云街道、新碧街道、仙都街道、壶镇镇、新建镇、舒洪镇、大洋镇、东渡镇、东方镇、大源镇、七里乡、前路乡、三溪乡、溶江乡、双溪口乡、胡源乡、方溪乡、石笕乡。县政府驻五云街道黄龙路38号。