据《今县释名》，宋庆元二年分龙泉松源乡地置县，以年号为名。
2000年第五次人口普查，庆元县总人口179449人，其中：松源镇48757人、黄田镇14317人、竹口镇9713人、屏都镇12348人、荷地镇12256人、左溪镇8396人、贤良镇4329人、岭头乡8956人、五大堡乡8529人、淤上乡7241人、安南乡6638人、张村乡5527人、隆宫乡6737人、举水乡5206人、江根乡5254人、合湖乡4432人、龙溪乡3458人、百山祖乡2961人、官塘乡2654人、四山乡1740人。
2002年，庆元县辖7个镇、13个乡：松源镇、屏都镇、竹口镇、黄田镇、荷地镇、左溪镇、贤良镇、淤上乡、隆宫乡、张村乡、安南乡、四山乡、岭头乡、举水乡、龙溪乡、江根乡、官塘乡、五大堡乡、百山祖乡、合湖乡，共有5个社区、345个行政村。
2003年12月11日，浙政函[2003]208号批复同意庆元县部分行政区划调整：将屏都镇五一、五二、五三、五四4个村划归松源镇管辖。调整后，松源镇辖41个行政村、5个社区，镇政府驻地不变（松源街28号）；屏都镇辖16个行政村，镇政府驻地不变（菊水村）（丽政发[2004]1号）（2004年3月1日 庆政发[2004]5号）。
2003年末，全县总面积1898平方千米，总人口19.79万人，辖7个镇、13个乡：松源镇、竹口镇、屏都镇、荷地镇、黄田镇、左溪镇、贤良镇；安南乡、隆宫乡、岭头乡、淤上乡、张村乡、四山乡、江根乡、官塘乡、龙溪乡、举水乡、合湖乡、五大堡乡、百山祖乡，共有5个社区、345个行政村。县政府驻松源镇石龙街32号。
2006年1月10日，浙江省人民政府（浙政函[2006]4号）批复同意庆元县安南乡政府驻地迁址：安南乡政府驻地由东村村迁至安溪村。2009年，全县辖7个镇、13个乡：松源镇、黄田镇、竹口镇、屏都镇、荷地镇、左溪镇、贤良镇、岭头乡、五大堡乡、淤上乡、安南乡、张村乡、隆宫乡、举水乡、江根乡、合湖乡、龙溪乡、百山祖乡、官塘乡、四山乡。
2010年12月29日，浙江省政府（浙政函[2010]218号）批复同意庆元县部分行政区划调整：撤销屏都镇建制，其行政区域并入松源镇。调整后，松源镇辖57个行政村、8个社区，镇政府驻地不变（后田街1号）。2012年，经省、市政府批复同意（浙政函[2011]363号，丽政函[2011]178号），撤销松源镇、四山乡建制，成立濛洲、松源、屏都3个街道（3月23日正式挂牌成立）。濛洲街道：松源街以东的原松源镇区域。辖濛洲、玉田、同济、洋墩4个社区，上叶、大坂洋、后碓、洋心、道岗、下滩、西演、应岭尾、姚家、吴宅、大坑、大济、半湾、周墩、喜鹊、田墩、黄象、街尾、下庄亭、半岱、乌石岭、下坞、范源、星源、林后25个行政村，辖区面积75.5平方公里，总人口3.46万人。街道办公地点设在后田街1号（原松源镇政府办公楼）。松源街道：松源街以西、五四村界以东的原松源镇区域和原四山乡。辖石龙、咏归、新建、同德4个社区，城北、西门、牛路洋、会溪、坑西、北门、南门、东门、菜业、底村、岙后、上庄、五一、五二、五三、五四、朱村、薰山下、薰坑、坪洋、高漈、三溪、班岱后、砻头、楼下、斜山、深鸟、九漈28个行政村，辖区面积122.98平方公里，总人口3.82万人。街道办公地点设在新建路126号（原运管所办公楼）。 屏都街道：五四村界以西的原松源镇区域。辖八一、八二、八三、菊水、洋背、余村、蔡段、坑里、官山头、白岭头、坪坑、菖蒲洋12个行政村，辖区面积101.08平方公里，总人口1.02万人。街道办公地点设在八都大街239号（原屏都镇政府办公楼）。
2012年末，庆元县总面积1898平方千米。总人口20.64万人。辖3个街道、5个镇、12个乡：濛洲街道、松源街道、屏都街道、黄田镇、竹口镇、荷地镇、左溪镇、贤良镇、岭头乡、五大堡乡、淤上乡、安南乡、张村乡、隆宫乡、举水乡、江根乡、合湖乡、龙溪乡、百山祖乡、官塘乡。县政府驻松源街道石龙街32号。
2013年3月28日，《浙江省人民政府关于庆元县部分行政区划调整的批复》（浙政函[2013]61号）：同意撤销合湖乡、百山祖乡建制，合并设立百山祖镇。调整后，百山祖镇辖17个行政村，镇政府驻车坑村。全县辖3个街道、6个镇、10个乡：濛洲街道、松源街道、屏都街道、黄田镇、竹口镇、荷地镇、左溪镇、贤良镇、百山祖镇、岭头乡、五大堡乡、淤上乡、安南乡、张村乡、隆宫乡、举水乡、江根乡、龙溪乡、官塘乡。