明宣德五年（1430）置嘉善县，1958年并入嘉兴县，1961年重置嘉善县。
1996年，嘉善县面积506.5平方千米，人口约37.7万人。辖10个镇、9个乡：魏塘镇、大云镇、西塘镇、姚庄镇、洪溪镇、丁栅镇、下甸庙镇、陶庄镇、天凝镇、干窑镇、枫南乡、俞汇乡、汾玉乡、惠民乡、杨庙乡、大通乡、范泾乡、大舜乡、里泽乡。县政府驻魏塘镇。
1999年11月19日，经浙江省人民政府《关于嘉善县调整部分乡镇建制的批复》（浙政发[1999]286号）文件批准，嘉善县对原19个乡镇进行撤并调整：撤销里泽乡、枫南乡建制，并入魏塘镇；撤销大舜镇、下甸庙镇建制，并入西塘镇；撤销范泾乡建制，并入干窑镇；撤消俞汇乡建制，并入丁栅镇；撤消大通乡建制，并入惠民镇；撤消汾湖镇建制，并入陶庄镇。撤并调整后，全县辖11个镇：魏塘镇、西塘镇、干窑镇、大云镇、惠民镇、姚庄镇、丁栅镇、陶庄镇、洪溪镇、天凝镇、杨庙镇，下辖162个村民委员会、26个（社区）居民委员会。
2000年第五次人口普查，嘉善县总人口425972人，其中：魏塘镇151976人，惠民镇24159人，大云镇16379人，西塘镇64441人，丁栅镇23054人，干窑镇31726人，姚庄镇20072人，陶庄镇31532人，天凝镇22098人，洪溪镇20023人，杨庙镇20512人。
2002年，嘉善县辖11个镇：魏塘镇、惠民镇、干窑镇、西塘镇、洪溪镇、天凝镇、杨庙镇、陶庄镇、丁栅镇、姚庄镇、大云镇，共有11个社区、16个居民区、164个行政村。
2005年末，嘉善县面积507平方千米。人口38.05万人。辖11个镇：魏塘镇、陶庄镇、天凝镇、西塘镇、丁栅镇、干窑镇、洪溪镇、大云镇、姚庄镇、杨庙镇、惠民镇。
2008年，全县共有26个社区、1个居委会、118个行政村。
2009年7月1日，浙江省政府（浙政函[2009]92号）批复同意同意嘉善县部分行政区划调整：撤销洪溪镇、杨庙镇建制，其行政区域划归天凝镇管辖。调整后，天凝镇辖22个行政村、3个社区，镇政府驻地不变（古镇路99号）。撤销丁栅镇建制，其行政区域划归姚庄镇管辖。调整后，姚庄镇辖18个行政村、2个社区，镇政府驻地不变（姚庄大道158号）。撤销魏塘镇、惠民镇建制其行政区域改由嘉善县人民政府直辖。7月2日，嘉兴市政府（嘉政发[2009]56号）批复同意撤销魏塘镇、惠民镇，设立魏塘街道、罗星街道、惠民街道，其行政区域改由嘉善县人民政府直辖。此次调整后，嘉善县辖姚庄、陶庄、西塘、天凝、干窑、大云等6个镇和魏塘、罗星、惠民3个街道。
2009年末，全县共有45个社区、104个行政村。2011年末，全县共有46个社区、104个行政村。