三国吴赤乌二年（239年），析永宁县大罗山（泉山）南境置罗阳县，属会稽郡，设县治于北湖鲁岙（西岙、河埭桥一带），为建县之始。太平二年（257年），罗阳县属临海郡。宝鼎三年（268年），改罗阳县为安阳县。西晋太康元年（280年），改安阳县为安固县。太康四年（283），析安固县境南横屿船屯及其南境为始阳县（今为平阳、苍南县及泰顺县一部）。东晋太宁元年（323年），安固县治迁邵公屿。隋开皇九年（589年），省横阳入安固县，县属之。开皇十二年（592年），省安固县入永嘉县。武德五年（622年），以永嘉县置东嘉州，析永嘉县置安固、横阳等4县。贞观元年（627年），省横阳入安固。大足元年（701年），复析安固县置横阳县。
唐天复二年（902年，一作天复三年），安固县改瑞安县（有只白鸟栖息于县北集云阁上时人以此为祥瑞的征兆，钱鏐奏请皇帝恩准改为“瑞安”）。 南宋咸淳元年（1265年），改温州为瑞安府，统瑞安县。元至元十三年（1276年），两浙东路改江淮行省，瑞安府改为温州路，县属之。元贞元年（1295），以瑞安县超五万户升州。明洪武二年，降瑞安州为县。景泰三年（1452年），置泰顺县，割瑞安义翔乡5都12里属之。中华民国35年，析瑞安西部大峃、龙凤、金樟、峃口等10乡置文成县。
1949年5月10日，瑞安解放；5月14日，成立瑞安县人民政府筹备委员会；9月5日，瑞安县人民政府正式成立。1955年10月，改瑞安县人民政府为瑞安县人民委员会。1955～1957年，北麂、北龙二乡曾—度划属洞头县。1958年10月14日，文成县并入瑞安县，1961年8月10日（上级发文时间），文成县从瑞安县内析出。1958年县人民委员会（县人民政府）迁到仓前街134号。1969年1月，改瑞安县人民委员会为瑞安县革命委员会；1980年6月，撤瑞安县革委员会复置瑞安县人民政府。1949～1986年，瑞安县先后隶属温州军事管制委员会、浙江省第五专区、浙江省温州专区、温州地区革命委员会、温州地区、温州市。
1987年4月15日，经国务院批准，撤销瑞安县，设立瑞安市（县级），管辖范围不变；7月1日正式挂牌，由温州市代管。1999年1月，市人民政府从仓前街搬迁到安阳新区新市政大院办公。
1998年，全市面积1360平方千米，人口1165156人，辖25镇21乡：城关镇、塘下镇、鲍田镇、场桥镇、海安镇、仙岩镇、丽岙镇、梅头镇、罗凤镇、莘塍镇、上望镇、汀田镇、飞云镇、仙降镇、林垟镇、阁巷镇、马屿镇、江溪镇、曹村镇、篁社镇、陶山镇、碧山镇、龙湖镇、平阳坑镇、湖岭镇、云周乡、荆谷乡、梅屿乡、顺泰乡、潘岱乡、桐浦乡、大南乡、高楼乡、宁益乡、枫岭乡、营前乡、东岩乡、林溪乡、潮基乡、芳庄乡、金川乡、永安乡、桂峰乡、北麂乡、北龙乡、鹿木乡。市政府驻城关镇。
2000年6月19日，浙江省政府批复（浙政发[2000]120号）同意瑞安市调整部分乡镇建制。8月，瑞安市撤销17个乡镇建制，设立新的塘下镇、安阳镇、飞云镇、仙降镇、马屿镇。全市由原来的46个乡镇调整为34个乡镇（15个镇、19个乡）。（1）撤销塘下镇、鲍田镇、场桥镇、海安镇、梅头镇、罗凤镇建制，合并设立新的塘下镇。调整后的塘下镇辖99个行政村、10个居民区，镇政府驻邵宅村。（2）撤销城关镇、上望镇、潘岱乡建制，合并设立安阳镇。安阳镇辖75个行政村、39个居民区，镇政府驻周松路。（3）撤销飞云镇、林洋镇、阁巷镇、云周乡建制，合并设立新的飞云镇。调整后的飞云镇辖72个行政村、5个居民区，镇政府驻码道村。（4）撤销仙降镇、江溪镇建制，合并设立新的仙降镇。调整后的仙降镇辖40个行政村，镇政府驻横街村。（5）撤销马屿镇、篁社镇建制，合并设立新的马屿镇。调整后的马屿镇辖58个行政村、3个居民区，镇政府驻马北村。
2000年第五次人口普查，瑞安市总人口1207788人，其中：安阳镇260701人，塘下镇233153人，仙岩镇43355人，丽岙镇30132人，莘塍镇109170人，汀田镇54320人，飞云镇96639人，仙降镇50411人，马屿镇49104人，曹村镇19181人，陶山镇32555人，碧山镇25716人，湖岭镇20954人，龙湖镇12392人，平阳坑镇16413人，荆谷乡13054人，梅屿乡14255人，顺泰乡6159人，大南乡6153人，桐浦乡22268人，永安乡8896人，桂峰乡3576人，芳庄乡11686人，林溪乡12642人，金川乡6379人，潮基乡7359人，鹿木乡10590人，高楼乡9822人，营前乡4520人，东岩乡4797人，宁益乡3873人，枫岭乡3687人，北麂乡3027人，北龙乡849人。
2001年7月7日，国务院批准，同意将瑞安市塘下镇的上涂、西一、中星、东门、埭头、石坦、屿门、邱宅、东溪、东成10个村委会和前冈、后冈2个居委会划归龙湾区管辖，将仙岩镇、丽岙镇划归瓯海区管辖。2001年底，全市辖13个镇、19个乡，83个居委会、910个村委会，总人口1114928人，其中非农业人口179121人。
2003年12月10日，浙政函[2003]205号批复，同意瑞安市部分行政区划调整：撤销安阳镇建制，其行政区域改由瑞安市政府直辖。温州市政府批复同意，在此区域内设立安阳、锦湖、玉海、潘岱、东山、上望等6个街道，作为瑞安市政府的派出机构：（1）安阳街道：管理范围为原安阳镇兴隆、瑞阳、华瑞、风荷、进源、之江6个居民区，白岩桥、周湖、杨家桥、岭下、三圣门、塘根、筼筜桥、十八家8个行政村，办事处驻安康路；（2）锦湖街道：管理范围为原安阳镇沙河、花园2个居民区，三星、龙星、二号、五星、同星、胜利、信星、天河、外厂、进星、西岙、小横山、联星、牛伏岭、第一桥、周岙、西门、城北、瓦窑19个行政村，办事处驻瑞湖路158号；（3）玉海街道：管理范围为原安阳镇东门街、县前街、新街、小东门、东镇街、永丰街、丰湖街、西大街、小沙巷、第一巷、第三巷、大沙堤、忠义街、道院前、南大街、竹排头、西河头、西门街、小码道、云江、大码道、水心街、市心街、打绳巷、南堤街、新饭店前、高永、大较场、飞云、浦后街、滨江、华新、望江、大桥、景江、周松、凤山、万松38个居民区，后垟、东勇2个行政村，办事处驻周松路（原安阳镇政府驻地）；（4）潘岱街道：管理范围为原安阳镇前垟、梧岙、长山、寺前、砚下、上溪、山南、盖竹、前岸、后岸、曹岙、芦浦、林岙、江边宅、谢岙、谢岙底、下湾、白莲、新星、白象、瑞湾21个行政村，办事处驻前垟村；（5）东山街道：管理范围为原安阳镇车头、上埠、中埠、下埠、肖宅5个行政村，办事处驻瑞光大道555号；（6）上望街道办事处：管理范围为原安阳镇黎明、九一、九二、九三、东安、林西、林东、雅儒、蔡宅、新村、新桥头、街路头、北隅、南隅、八十亩、薛前、薛后、东沿、横塘头、永光20个行政村，办事处驻林西村。
至此，全市辖6个街道、12个镇、19个乡：安阳街道、锦湖街道、玉海街道、潘岱街道、东山街道、上望街道、塘下镇、汀田镇、莘塍镇、飞云镇、仙降镇、马屿镇、曹村镇、龙湖镇、陶山镇、碧山镇、湖岭镇、平阳坑镇、荆谷乡、顺泰乡、梅屿乡、大南乡、高楼乡、宁益乡、营前乡、东岩乡、枫岭乡、桐浦乡、潮基乡、鹿木乡、林溪乡、金川乡、芳庄乡、永安乡、桂峰乡、北麂乡、北龙乡。市政府驻安阳街道万松东路154号。
2008年末，全市面积1271平方千米，总人口116.05万人，其中非农人口20.58万人。辖6个街道、12个镇、19个乡，25个社区、37个居民区、910个行政村（本年新增1个社区）。
2011年，根据《浙江省人民政府关于瑞安市部分行政区划调整的批复》（浙政函[2011]154号）、《温州市人民政府关于瑞安市部分行政区划调整的批复》（温政函[2011]72号）精神，瑞安市行政区划作如下调整：一、撤销碧山镇、桐浦乡、荆谷乡建制，其行政区域并入陶山镇。调整后，陶山镇辖3个居民区、122个行政村。镇政府驻河南村。二、撤销芳庄乡、永安乡、桂峰乡、鹿木乡、潮基乡、林溪乡、金川乡建制，其行政区域并入湖岭镇。调整后，湖岭镇辖3个居民区、160个行政村。镇政府驻大同村。三、撤销曹村镇、梅屿乡、大南乡、顺泰乡建制，其行政区域并入马屿镇。调整后，马屿镇辖5个居民区、132个行政村。镇政府驻马北村。四、撤销龙湖镇、平阳坑镇、高楼乡、宁益乡、枫岭乡、营前乡、东岩乡建制，其行政区域合并设立高楼镇。调整后，高楼镇辖3个居民区、140个行政村。镇政府驻西村村。五、撤销潘岱街道办事处建制，其行政区域并入锦湖街道办事处。调整后，锦湖街道办事处辖2个社区、40个行政村。街道办事处驻瑞湖路158号。六、撤销北麂乡、北龙乡建制，其行政区域并入东山街道办事处。调整后，东山街道办事处辖17个行政村。街道办事处驻瑞光大道555号。七、撤销莘塍镇建制，将原莘塍镇红星、西岙龙、双岙、上沙塘、下沙塘、鱼墩、西垟谬、上山根、红光等9个行政村划入安阳街道办事处；在原莘塍镇其余行政区域内设立莘塍街道办事处。调整后，安阳街道办事处辖10个社区、17个行政村，街道办事处驻安康路；莘塍街道办事处辖7个居民区、28个行政村，街道办事处驻下村村。八、撤销汀田镇建制，在其行政区域设立汀田街道办事处。调整后，汀田街道办事处辖1个居民区、30个行政村。街道办事处驻汀十村。九、撤销飞云镇建制，在其行政区域设立飞云、南滨2个街道办事处。调整后，飞云街道办事处辖7个居民区（振兴、桥南、飞霞、桥东、江南、雅桥、普桥）、53个行政村（码道、上埠、前金、独峰、西垟、吴桥、东垟、霞砀、陈家垟、升天基、杜山头、垟西、龙头、章桥、孙桥、桥里、桥邻、汇头、金家堡、林泗垟、东风、南港、浦口、横河、石碣门、宋家埭、下厂、龙珊、中洲、铁炉、干桥、高园、繁荣、黄垟、高旺、卓岙、马头、西山、社门、杏里、杏垟、坳头、上河、周村、门台、上步、十八江、下汇、下硐、半河、潭头、少埠、刘宅），街道办事处驻码道村（原飞云镇政府驻地）；南滨街道办事处辖20个行政村（龙潜、大桥、外甲、直洛、南爿、大池头、林北、林中、林南、西湖、东湖、东旭、阁一、阁二、阁三、团前、柏树、塘头、沙园、塘渔），街道办事处驻经纬路699号。十、撤销仙降镇建制，在其行政区域设立仙降街道办事处。调整后，仙降街道办事处辖40个行政村。街道办事处驻横街村。调整后，瑞安市辖安阳、玉海、锦湖、东山、上望、莘塍、汀田、飞云、仙降、南滨10个街道办事处和塘下、陶山、湖岭、马屿、高楼5个镇。