1998年，瓯海区辖18个镇、7个乡和1个街道。
2000年第五次人口普查，瓯海区总人口835607人，其中（1个街道、15个镇、7个乡）：景山街道31002人，梧埏镇122337人，南白象镇26950人，茶山镇28857人，瞿溪镇33979人，娄桥镇44846人，郭溪镇68121人，潘桥镇43319人，新桥镇64891人，永中镇161444人，天河镇34426人，沙城镇41277人，灵昆镇17457人，藤桥镇27325人，临江镇14133人，泽雅镇15868人，三垟乡22327人，双潮乡8979人，岙底乡3406人，上戍乡13880人，五风垟乡3975人，北林垟乡3357人，西岸乡3451人。
2001年，将瓯海区的藤桥镇、上戍乡、临江镇、双潮乡、岙底乡和梧埏镇的划龙桥村、上田村、鱼鳞浃村、前网村划归鹿城区管辖；将瓯海区的永中镇、灵昆镇、天河镇、沙城镇划归龙湾区管辖；将瑞安市的仙岩镇、丽岙镇划归瓯海区管辖；瓯海区人民政府驻地由景山街道迁至娄桥镇。瓯海区面积从917平方千米减到614.5平方千米，人口从58.62万减到37.84万（温州年鉴是375907人，其中非农业人口44932人）。辖1个街道、11个镇、4个乡，24个居委会、251个行政村。
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