鹿城旧属永嘉县地，相传东晋太宁元年（323年）置永嘉郡筑城时有白鹿御花之瑞，故名。为历代郡、州、专区、县治所在地。建国后，成立温州市。1981年地市合并，原市区改设区，名温州市城区。1984年更名为鹿城区。
1996年，全区面积88.3平方千米，人口47.7万人。辖16个街道1镇4乡：大南街道、小南街道、广化街道、五马街道、水心街道、东风街道、市中街道、西山街道、松台街道、洪殿街道、莲池街道、海坛街道、朔门街道、鼓楼街道、蒲鞋市街道、上陡门街道、双屿镇、仰义乡、南郊乡、城郊乡、黎明乡。区政府驻鼓楼街道。1998年，鹿城区总面积104平方千米。总人口50.26万人。辖17个街道、1个镇、4个乡及江心屿办事处。
2000年第五次人口普查，鹿城区总人口875006人，其中（17街道1镇3乡）：鼓楼街道17146人，洪殿街道47615人，东风街道28894人，海坛街道22868人，朔门街道22441人，五马街道23032人，蒲鞋市街道52930人，大南街道21327人，小南街道56320人，松台街道17048人，市中街道21714人，西山街道18949人，莲池街道27167人，广化街道78354人，水心街道48348人，南浦街道71881人，上陡门街道36638人，双屿镇120372人，黎明乡73205人，南郊乡45352人，仰义乡23405人。
2001年7月7日，国务院（国函[2001]84号）批准，将瓯海区的藤桥镇、上戍乡、临江镇、双潮乡、岙底乡和梧埏镇的划龙桥村、上田村、鱼鳞浃村、前网村划归鹿城区管辖；将龙湾区蒲州镇的蒲州村和上蒲州村划归鹿城区管辖；将永嘉县的七都镇和桥下镇的中央涂居委会划归鹿城区管辖。调整后，全区面积从104平方千米增到294.38平方千米，人口从51.68万增到60.03万。
2001年9月12日，浙江省政府（浙政函[2001]180号）批复同意温州市鹿城区部分行政区划调整：（1）撤销城郊乡、黎明乡建制，原城郊乡乡东屿村以外的行政区、原黎明乡全部改由鹿城区政府直辖。（2）原城郊乡东屿村和小南街道的东屿居委会划归南郊乡管辖。南郊乡部分行政区域（南塘、灯塔、龙沈3个村）改由鹿城区政府直辖。调整后，南郊乡辖5村、2居，驻牛山北路27-1号（原址）。（3）双屿镇部分（垟田、双岙、箬笠岙等3村和温化生活区、新泽、云峰、栖霞、月泉、临风等6居）改由鹿城区政府直辖。调整后，双屿镇辖9村、4居，驻温金公路138号（原址）。（4）鹿城区政府直辖区域调整扩大后，连同原直辖区域调整设立若干街道办事处。
2001年9月18日，温州市政府（温政发[2001]135号）批复：一、设立黎明、绣山、黄龙街道办事处： （1）黎明街道办事处：辖原黎明乡的杨府山涂、蒲州、上蒲州4个村委会和原上陡门街道思芳居委会。新设立的黎明街道办事处辖1个居委会、3个村委会。街道办事处驻学院东路。（2）绣山街道办事处：辖原上陡门街道伯爵山庄居委会，原黎明乡横渎、山下2个村委会，原南浦街道吴宅居委会、划龙桥、前网、上田3个村委会，原南郊乡龙沈村委会。新设立的绣山街道办事处辖2个居委会、6个村委会。街道办事处驻惠民路。（3）黄龙街道办事处：辖原双屿镇温化生活区、新泽、云峰、栖霞、月泉、临风6个居委会，垟田、双岙、箬笠岙3个村委会，原城郊乡瓯浦垟村委会。新设立的黄龙街道办事处辖6个居委会、4个村委会。街道办事处驻黄龙住宅区。二、撤销五马、鼓楼、市中、朔门、莲池、松台、水心、西山、大南、小南、东风、海坛、蒲鞋市、上陡门等14个街道，组建新的五马、莲池、水心、南门、江滨、蒲鞋市6个街道： （1）五马街道办事处：辖原五马、市中、鼓楼、朔门4个街道60个居委会，原松台街道人民西路、人参巷、大高桥、公共码头、小高桥、侯衙巷、乘凉桥、蝉街8个居委会，原东风街道飞霞桥、环城东路2个居委会。新组建的五马街道办事处辖70个居委会，街道办事处驻墨池坊。（2）莲池街道办事处：辖原莲池街道19个居委会，原松台街道三牌坊、大士门、来福门、松台山、张府基、任宅前6个居委会，原广化街道河通桥、半腰桥2个居委会，原城郊乡松台村委会。新组建的莲池街道办事处辖27个居委会、1个村委会，街道办事处驻信河街。（3）水心街道办事处：辖原水心、西山2个街道23个居委会，原城郊乡水心、九山2个村委会。新组建的水心街道办事处辖23个居委会、2个村委会，街道办事处驻水心住宅区。（4）南门街道办事处：辖原大南、小南2个街道32个居委会，原东风街道朝霞居委会，原城郊乡荷花、丰收2个村委会。新组建的南门街道办事处辖33个居委会、2个村委会，街道办事处驻马鞍池东路。（5）江滨街道办事处：辖原海坛街道14个居委会，原东风街道甲田、永东路、永塔、外垟儿、南站、垟儿路、商业仓、横巷、黎明新村、矮凳桥10个居委会。新组建的江滨街道办事处辖24个居委会，街道办事处驻江滨西路。（6）蒲鞋市街道办事处：辖原蒲鞋市街道9个居委会，原上陡门街道春园、芳园、盛园、乐园、明园、青园、锦园、丰园、留园、新园、宏园、球山、杨府山13个居委会，原洪殿街道上村、东泉、双井头、东港4个居委会，原城郊乡巽山、洪殿2个村委会。新组建的蒲鞋市街道办事处辖26个居委会、2个村委会，街道办事处驻学院中路。三、调整洪殿、广化、南浦街道办事处： （1）洪殿街道办事处：洪殿街道办事处原辖14个居委会。调整后，将上村、东泉，双井头、东港4个居委会划归新组建的蒲鞋市街道办事处管辖；划入原上陡门街道上陡门居委会，原城郊乡黎一村委会，原黎明乡黎二村委会。调整后的洪殿街道办事处辖11个居委会、2个村委会。街道办事处驻车站大道。（2）广化街道办事处：广化街道原辖23个居委会。调整后，将河道桥、半腰桥2个居委会划归新组建的莲池街道管辖；划入原城郊乡广化、双桥2个村委会。调整后的广化街道办事处辖21个居委会、2个村委会。街道办事处驻鹿城路。（3）南浦街道办事处：南浦街道办事处原辖33个居委会、4个村委会。调整后，将吴宅居委会、划龙桥、前网、上田3个村委会划归绣山街道管辖；划入原南郊乡南塘、灯塔2个村委会。调整后的南浦街道办事处辖32个居委会、3个村委会。街道办事处驻南浦住宅区。调整后，鹿城区辖双屿、七都、临江、藤桥4镇和南郊、仰义、上戍、双潮、岙底5乡，设五马、莲池、南门、江滨、蒲鞋市、水心、洪殿、广化、南浦、黎明、绣山、黄龙12街道。共284居、146村，294.38平方千米，62.03万人【《温州年鉴》2001年末，全区总人口634218人，其中非农业人口471626人，共有151个居委会、146个行政村】。
2002年，全区辖12个街道、4个镇、5个乡，151个社区、146个行政村。2005年末，鹿城区面积294.38平方千米，人口67.33万人。辖12个街道、4个镇、5个乡：五马街道、莲池街道、水心街道、南门街道、江滨街道、蒲鞋市街道、洪殿街道、广化街道、南浦街道、黎明街道、绣山街道、黄龙街道、双屿镇、七都镇、藤桥镇、临江镇、仰义乡、南郊乡、双潮乡、上戍乡、岙底乡。
2006年末，鹿城区辖12个街道、4个镇、5个乡，160个社区、144个行政村。区政府驻广场路188号。2008年，全区面积294.38平方千米，总人口69.98万人，其中非农人口53.34万人，辖12个街道、4个镇、5个乡，161个社区、143个行政村（一说165个社区、142个行政村）。
2011年，根据《浙江省人民政府关于温州市鹿城区部分行政区划调整的批复》（浙政函[2011]31号）精神，鹿城区行政区划作如下调整：一、撤销临江镇、上戍乡、岙底乡、双潮乡建制，其行政区域并入藤桥镇。调整后，藤桥镇辖1个社区、87个行政村，镇政府驻藤桥南街183号。二、撤销七都镇建制，在原七都镇行政区域内设立七都街道办事处。七都街道办事处辖6个行政村。街道办事处驻老涂南路2—3号。三、撤销南郊乡建制，在原南郊乡行政区域内设立南郊街道办事处。南郊街道办事处辖3个社区、5个行政村。街道办事处驻牛山北路27号。四、撤销双屿镇建制，在原双屿镇行政区域内设立双屿街道办事处。双屿街道办事处辖4个社区、9个行政村。街道办事处驻温金路138号。五、撤销仰义乡建制，在原仰义乡行政区域内设立仰义街道办事处。仰义街道办事处辖1个社区、12个行政村。街道办事处驻澄沙桥路150号。调整后，鹿城区辖黎明、绣山、蒲鞋市、洪殿、南浦、江滨、南门、五马、莲池、水心、广化、黄龙、七都、南郊、双屿、仰义等16个街道办事处和藤桥镇1个镇。
2011年10月12日，《温州市人民政府关于鹿城区部分行政区划调整的批复》（温政函[2011]220号）同意鹿城区街道行政区划调整如下：一、撤销南门街道、江滨街道建制，将其行政区域划入五马街道。调整后，五马街道辖57个社区。街道办事处驻万岁里公寓1幢。二、撤销莲池街道、水心街道、广化街道建制，其行政区域合并设立松台街道。调整后，松台街道辖35个社区、3个行政村。街道办事处驻新桥头住宅区美组团16幢。三、撤销洪殿街道、蒲鞋市街道、黎明街道建制，其行政区域合并设立滨江街道。调整后，滨江街道辖34个社区、6个行政村。街道办事处驻学院中路191号。四、撤销绣山街道、南浦街道、南郊街道建制，其行政区域合并设立南汇街道。调整后，南汇街道辖27个社区、14个行政村。街道办事处驻双龙路199号。五、撤销黄龙街道建制，将其行政区域划入双屿街道。调整后，双屿街道辖13个社区、13个行政村。街道办事处驻温金路138号。调整后，鹿城区辖五马、松台、滨江、南汇、双屿、仰义、七都等7个街道办事处和藤桥镇1个镇。