1981年6月18日国务院批准同意设立苍南县，管辖原属平阳县的矾山镇及灵溪、矾山、马站、金乡、钱库、宜山、桥墩7个区的72个公社，县政府设在驻灵溪镇。苍南县由温州地区行署领导。同年撤销温州地区，苍南县划归温州市领导。
1983年10月19日，浙江省人民政府以浙政[1983]148号文件批复同意建立龙港镇，为县直辖镇。1985年省政府批准恢复灵溪、宜山、钱库、金乡、桥墩、矾山、马站7个区，增建藻溪、赤溪、龙港3个区，实行区管乡（镇）体制。
1996年，苍南县面积1261平方千米，人口约114.1万人。辖22镇20乡：灵溪镇、龙港镇、矾山镇、金乡镇、湖前镇、灵江镇、宜山镇、莒溪镇、芦浦镇、舥艚镇、钱库镇、望里镇、观美镇、藻溪镇、桥墩镇、炎亭镇、大渔镇、赤溪镇、马站镇、沿浦镇、霞关镇、沪山镇、凤池乡、江山乡、平等乡、浦亭乡、腾垟乡、渎浦乡、云岩乡、仙居乡、新安乡、括山乡、五凤乡、石砰乡、龙沙乡、南宋乡、昌禅乡、中墩乡、风阳畲族乡、岱岭畲族乡、渔寮乡、蒲城乡。县政府驻灵溪镇。
1998年，苍南县总面积1261平方千米，总人口119.16万人。辖23个镇、19个乡。
2000年4月10日，浙政发[2000]45号批复同意苍南县龙港镇政府驻地迁移：龙港镇政府驻地由金钗河行政村迁至河底高行政村。2000年6月16日，浙政发[2000]122号批复同意苍南县调整部分乡镇建制：（1）撤销沪山镇、灵江镇、渎浦乡建制，并入灵溪镇，辖115行政村、26居民区，驻江滨路。（2）撤销湖前镇、平等乡、江山乡建制，并入龙港镇（不含江山乡后垟增、梁宅行政村），辖107行政村、21居民区，驻河底高行政村。（3）原江山乡后垟、梁宅行政村划归宜山镇管辖，辖27行政村、8居民区。至此，苍南县辖20个镇、16个乡（包括2个民族乡）：灵溪镇、龙港镇、宜山镇、芦浦镇、莒溪镇、舥艚镇、钱库镇、望里镇、观美镇、藻溪镇、桥墩镇、炎亭镇、金乡镇、大渔镇、矾山镇、赤溪镇、马站镇、霞关镇、沿浦镇、南宋镇、凤池乡、浦亭乡、腾垟乡、云岩乡、仙居乡、新安乡、括山乡、五凤乡、石坪乡、龙沙乡、昌禅乡、中墩乡、渔寮乡、蒲城乡、凤阳畲族乡、岱岭畲族乡。
2000年第五次人口普查，苍南县总人口1167589人，其中：灵溪镇221908人，龙港镇272298人，宜山镇48355人，钱库镇65066人，芦浦镇16504人，望里镇29337人，金乡镇74913人，舥艚镇47073人，炎亭镇10517人，大渔镇15780人，藻溪镇26956人，桥墩镇35810人，莒溪镇10948人，观美镇26717人，矾山镇34981人，赤溪镇14678人，马站镇26116人，霞关镇18583人，沿浦镇14389人，南宋镇10674人，云岩乡15766人，仙居乡17084人，新安乡16178人，括山乡12718人，石坪乡9671人，风池乡10148人，浦亭乡9832人，五风乡8854人，腾垟乡6273人，昌禅乡2808人，中墩乡7455人，龙沙乡8338人，风阳畲族乡3895人，蒲城乡4902人，岱岭畲族乡4383人，渔寮乡7681人。
2001年末，苍南县总人口647632人，其中非农业人口220553人。辖20个镇、14个乡、2个民族乡，共有104个居委会、818个村委会。
2005年2月3日，浙江省政府《关于苍南县马站镇政府驻地迁移的批复》（浙政发函[2005]10号）：同意马站镇政府驻地由山边村迁至闸桥头村。10月17日，浙江省政府《关于苍南县炎亭镇政府驻地迁移的批复》（浙政函[2005]55号）：同意炎亭镇政府驻地由东沙村迁至振兴村。
2007年9月28日起，苍南县县委、县人大、县政府、县政协及部分县直单位迁至灵溪镇（县城新区）人民大道办公。原县人民政府驻灵溪镇玉苍路。
2008年末，苍南县面积1272平方千米，总人口126.53万人，其中非农人口28.76万人。辖20个镇、16个乡，共有8个社区、92个居民区、776个行政村（本年新增1个社区、1个居民区）。
2011年，根据《浙江省人民政府关于苍南县部分行政区划调整的批复》（浙政函[2011]156号）、《温州市人民政府关于苍南县部分行政区划调整的批复》（温政函[2011]74号）精神，苍南县行政区划作如下调整：一、撤销观美镇、凤池乡、浦亭乡建制，其行政区域并入灵溪镇。调整后，灵溪镇辖5个社区、18个居民区、146个行政村。镇政府驻江滨路。二、撤销舥艚镇、芦浦镇、云岩乡建制，其行政区域并入龙港镇。调整后，龙港镇辖3个社区、25个居民区、171个行政村。镇政府驻河底高村。三、撤销炎亭镇、大渔镇、石砰乡建制，其行政区域并入金乡镇。调整后，金乡镇辖7个居民区、79个行政村。镇政府驻东门大街60号。四、撤销望里镇、括山乡、仙居乡、新安乡建制，其行政区域并入钱库镇。调整后，钱库镇辖7个居民区、114个行政村。镇政府驻文卫路65号。五、撤销霞关镇、沿浦镇、渔寮乡、蒲城乡建制，其行政区域并入马站镇。调整后，马站镇辖5个居民区、67个行政村。镇政府驻闸桥头村。六、撤销南宋镇、昌禅乡建制，其行政区域并入矾山镇。调整后，矾山镇辖11个居民区、31个行政村。镇政府驻新华街。七、撤销莒溪镇、五凤乡、腾垟乡建制，其行政区域并入桥墩镇。调整后，桥墩镇辖7个居民区、64个行政村。镇政府驻镇府路56-58号。八、撤销龙沙乡、中墩乡建制，其行政区域并入赤溪镇。调整后，赤溪镇辖1个居民区、32个行政村。镇政府驻南行村。调整后，苍南县辖灵溪镇、龙港镇、金乡镇、钱库镇、宜山镇、马站镇、矾山镇、桥墩镇、藻溪镇、赤溪镇10个镇和凤阳畲族乡、岱岭畲族乡2个乡。乡镇平均面积从35平方千米扩大到105平方千米，平均人口从3.5万扩大到10.6万人。
2012年5月底，撤销全县所有镇属办事处机构。同时，将原来112个城乡新型社区整合为87个。