2001年10月1日，根据浙政函[2001]204号《浙江省人民政府关于建德市部分行政区划调整的批复》（9月27日）和杭州市人民政府关于建德市乡镇行政区划调整的批复精神，建德市政府以建政发[2001]189号发文同意乡镇撤并工作：（1）撤销原新安江镇、邓家乡，以其行政区域设立新安江、更楼、洋溪3个街道办事处；①新安江街道办事处，驻地设在菜市路23号，区域范围为：东与马目乡相邻，西与淳安县交界；北与洋溪街道办事处相邻，南与更楼街道办事处、童家乡相连，下辖12个行政村：新安江、白沙、新蓬、黄泥墩、岭后、梅坪、汪家、联塘、江河、山河、横路、外龙；20个居民区：健北、康安、政法、康桥、麻园、府西、中街、三庄、菜市、保健、桥东、叶家、新林、望江、沧滩、上沧、电厂、岭后、白沙新村、朱家埠。总面积101平方千米，总人口6.4万人。②洋溪街道办事处。驻地设在复兴路，区域范围为：东与下涯镇相邻，东南与马目乡相邻，西北与淳安县交界，北与莲花镇相邻，南与新安江街道办事处相邻。下辖13个行政村：下塘、方家坪、洋溪、朱池、上章、新华、幽洪、新宅、高岭、上洋安、洋安、窑上、团结；2个居民区：城东第一、城东第二。总面积72平方千米，总人口1.4万人。③更楼街道办事处。驻地设在镇前路，区域范围为：东与大洋镇相邻，东南与兰溪市交界，西与童家乡相连；北与新安江街道办事处、马目乡相邻，南与寿昌镇、大慈岩镇接壤。下辖28个行政村：桐子源、新街、淤堨、张家、骆村、后塘、湖岑畈、更楼、新市、黄岙、五里源、石马、甘溪、洪宅、直坞、岩垄、过塘源、甘岭、桥亭、马目坞、新岭、邓家、大坪、许村畈、八乐坞、石岭、长岭、南山；2个居民区：更楼、邓家。总面积71平方千米，总人口2.6万人。（2）①撤销大同镇、劳村镇，设立新的大同镇。镇政府驻地设在古城山路52号。下辖42个行政村、2个居民区，区域面积109平方千米，总人口4.4万人。②撤销乾潭镇、安仁镇，设立新的乾潭镇。镇政府驻地设在子胥路（新址）。下辖46个行政村、4个居民区，区域面积220平方千米，总人口3.3万人。（3）原檀村镇更名为大慈岩镇。（4）李家、寿昌、航头、莲花、下涯、杨村桥、梅城、大洋、三都等9个镇，上马、石屏、童家、马目、钦堂、下包、麻车、洋尾、三河、凤凰、姚村等11个乡，保留原建制不变。此次行政区划调整后，全市辖3个街道、12个镇、11个乡：新安江街道、洋溪街道、更楼街道、莲花镇、乾潭镇、梅城镇、杨村桥镇、下涯镇、大洋镇、三都镇、寿昌镇、航头镇、大慈岩镇、大同镇、李家镇、下包乡、钦堂乡、马目乡、洋尾乡、麻车乡、三河乡、姚村乡、凤凰乡、童家乡、石屏乡、上马乡。共有63个居民区（另有资料，2001年末为62个居民区）、518个行政村。
2002年上半年，建德市辖3个街道、12个镇、11个乡，62个居民区、518个行政村。11月，新安江街道村居调整后，全市共有43个居民区、18个社区（其中撤村建居社区2个，待建社区5个）、516个行政村。2003年末，全市共有25个社区、30个居民区、514个行政村。2004年末，建德市户籍人口50.82万人，辖3个街道、12个镇、11个乡，26个社区、30个居民区、513个行政村。
2005年3月28日，浙江省政府（浙政发函[2005]18号）批复同意建德市部分行政区划调整：一、撤销上马乡建制，与大同镇合并。调整后的大同镇辖58个行政村、3个居民区，镇政府驻地不变（古城山路52号）。二、撤销石屏乡建制，与航头镇合并。调整后的航头镇辖42个行政村、2个居民区，镇政府驻地不变（溪沿村）。三、撤销童家乡建制，与寿昌镇合并（不含童家乡过浴山村）。调整后的寿昌镇辖49个行政村、1个社区、4个居民区，镇政府驻地不变（中山路38号）。四、撤销马目乡建制，与下涯镇合并。调整后的下涯镇辖26个行政村、2个居民区，镇政府驻地不变（杨桥头）。五、撤销三河乡、麻车乡建制，与大洋镇合并。调整后的大洋镇辖38个行政村、3个居民区，镇政府驻地不变（英烈路1号）。六、撤销洋尾乡建制，与梅城镇合并。调整后的梅城镇辖27个行政村、5个社区、1个居民区，镇政府驻地不变（总府后街39号）。七、撤销下包乡、姚村乡建制，与乾潭镇合并。调整后的乾潭镇辖71个行政村、6个居民区，镇政府驻地不变（新世纪广场1号）。八、撤销凤凰乡建制，与三都镇合并。调整后的三都镇辖50个行政村、2个居民区，镇政府驻地不变（府前路）。九、童家乡过浴山村划归更楼街道。调整后的更楼街道辖28个行政村、1个社区、1个居民区，办事处驻地不变（杭衢路）。此次行政区划调整后，建德市辖新安江、洋溪、更楼3个街道，杨村桥、莲花、李家、大慈岩、寿昌、航头、大同、下涯、梅城、乾潭、三都、大洋等12个镇和钦堂乡。
2005年末，建德市总面积2321（一说2364）平方千米，总人口50.8（一说50.71）万人。辖3个街道、12个镇、1个乡：洋溪街道、更楼街道、新安江街道；梅城镇、下涯镇、杨村桥镇、乾潭镇、三都镇、寿昌镇、大同镇、航头镇、李家镇、大洋镇、莲花镇、大慈岩镇；钦堂乡。共有30个社区、27个居民区、513个行政村。市政府驻新安江街道新安路1号。
2007年8月20日，浙政函[2007]119号批复同意建德市部分行政区划调整：将乾潭镇羊毛坞村划归钦堂乡管辖。将梅城镇十里埠村划归杨村桥镇管辖。将莲花镇桑园村划归洋溪街道管辖。将大慈岩镇乌石村、乌石源村划归寿昌镇管辖。将李家镇管村桥村划归大同镇管辖。调整后，乾潭镇辖6个居民区，70个行政村；钦堂乡辖1个居民区，13个行政村；梅城镇辖5个社区，1个居民区，25个行政村；杨村桥镇辖1个居民区，23个行政村；莲花镇辖1个居民区，12个行政村；洋溪街道辖1个社区，1个居民区，13个行政村；大慈岩镇辖1个居民区，31个行政村；寿昌镇辖4个社区，51个行政村；李家镇辖1个居民区，21个行政村；大同镇辖3个居民区, 59个行政村。调整后，上述乡、镇政府驻地和街道办事处驻地不变。建德市辖3个街道、12个镇、1个乡：洋溪街道、更楼街道、新安江街道；梅城镇、下涯镇、杨村桥镇、乾潭镇、三都镇、寿昌镇、大同镇、航头镇、李家镇、大洋镇、莲花镇、大慈岩镇；钦堂乡。市政府驻新安江街道新安路1号。
2012年末，全市总面积2364平方千米。总人口50.92万人。辖3个街道、12个镇、1个乡：新安江街道、洋溪街道、更楼街道、莲花镇、乾潭镇、梅城镇、杨村桥镇、下涯镇、大洋镇、三都镇、寿昌镇、航头镇、大慈岩镇、大同镇、李家镇、钦堂乡。