秦始皇三十七年（公元前210年）改长水县为由拳县。“秦始皇恶其势王，令囚徒十余万人城污其地，表以恶名，改曰囚卷，亦曰由拳也。”《宏治志》说，余杭有由拳山，以由拳山人隐此得名。三国吴孙权黄龙三年（公元231年）”由拳野稻自生”被视为祥瑞之兆，改由拳为禾兴县。次年改年号为嘉禾。嘉兴市简称禾，亦源于此。赤乌五年（242年）春正月，立和为太子，因避太子“和”宇讳，改为嘉兴县。
五代晋天福三年（938年）于嘉兴置秀州，为嘉兴建州之始。秀州以秀水为名。秀水一名绣水。相传天晴时常现五色，故名。北宋政和七年（1117年）赐名亮禾郡。明宣德四年（1429年）析嘉兴县西北置秀水县。民国初并嘉兴、秀水为嘉禾县。1914年因与湖南省嘉禾县重名，恢复嘉兴县名。1949年设嘉兴市，1958年撤销，1979年复置。1981年撤销嘉兴县，并入嘉兴市。1983年升为省辖市，设立城区（1993年10月更名为秀城区，2005年更名为南湖区）和郊区（1999年6月更名为秀洲区）。
1999年10月经省政府批准，秀城区对街道行政区划作了调整，撤并东门街道，原东门街道在环城河以内的新马路、环城东路、梧桐树街、天星河、中山东路、东大街、迎紫桥、府东街、洲东湾、城东（含环城河以南的居民小组）、新东等居委会并入建设街道，环城河以东的车站路居委会和嘉冶新村居委会并入解放街道，并将新兴街道在环城河以内的安乐路、府忠埭、南杨路、杨柳湾、南大街、河东街、紫阳街、府前街、青杨路（含环城河以东的居民小组）、梅湾街等居委会并入建设街道，同时在嘉兴经济开发区范围内新建新城街道办事处，辖原开发区新建的友谊、建明、天河、陆家苑、常秀5个居委会。
1999年末，全市有建制镇67个，其中新增建制镇1个；撤并建制镇7个；全市有乡30个，其中撤并乡24个；全市有街道6个、居委会497个，居委会总数比上年增加4个。全市有行政村1558个。全市陆地面积3915平方千米，总人口330.19万人，总户数95.56万户。市城建成区面积26.47平方千米，人口22.28万人，人口密度8417.07人∕平方千米。其中：秀城区29.5万人、9.66万户；秀洲区48.86万人、14.59万户；嘉善县38.06万人、11.58万户；平湖市48.07万人、13.61万户；海宁市63.9万人、17.42万户；海盐县36.48万人、11.35万户；桐乡市65.33万人、17.36万户。
2000年5月25日，浙政发[2000]98号批复同意嘉兴市调整市本级行政区划：（1）秀洲区凤桥镇、新丰镇、新篁镇、余新镇、步云乡、七星乡、大桥乡划归秀城区。（2）秀城区嘉北乡、塘汇乡（不含张字圩村）、新城街道、解放街道的塘汇居民区划归秀洲区。（3）原塘汇乡的张字圩村并入七星乡，原解放街道的塘汇居民区并入新城街道。
2000年第五次全国人口普查，嘉兴市总人口3582996人。其中：秀城区500298人、秀洲区381625人、嘉善县425972人、海盐县387723人、海宁市666080人、平湖市507899人、桐乡市713399人。
2005年5月17日，民政部批复嘉兴市秀城区更名为南湖区。
2011年末，嘉兴市辖2个市辖区、2个县，代管3个县级市，共有29个街道、44个镇，329个社区、28个居委会、809个行政村，市政府驻南湖区西南路1号。南湖区驻东栅街道，辖8街道5镇，63社区57村。秀洲区驻新城街道，辖4街道5镇，28社区114村。嘉善县驻魏塘街道，辖3街道6镇，46社区104村。海盐县驻武原街道，辖4街道5镇，18社区28居85村。海宁市驻硖石街道，辖4街道8镇，63社区161村。平湖市驻当湖街道，辖3街道6镇，45社区95村。桐乡市驻梧桐街道，辖3街道9镇，34社区176村。【注：嘉经开代管22社区6村，嘉兴港区代管10社区11村（均没有统计在相应县级行政区内），根据浙江省民政厅网站资料整理】
2012年末，嘉兴市总面积3915平方千米，总人口344.52万人；南湖、秀洲2个市辖区合计968平方千米，84.84万人；平湖市537平方千米，48.89万人；海宁市668平方千米，66.61万人；桐乡市727平方千米，67.99万人；嘉善县507平方千米，38.60万人；海盐县508平方千米，37.59万人。（数据来源于浙江省统计年鉴2013）