清雍正六年（1728）2月，定县名为“永善”，于米贴设一知县、教谕、典史，分驻昭通镇标右营游击，抚驭乌西一带，于副官村设县丞署。县界东至大关厅，西至四川宁远府，南至昭通府恩安县，西南辖鲁甸巡检司和东川府巧家厅接界，北至四川叙州府（今宜宾），东西广220里，南北袤长1160里，俗称“三千米高山上下，八百里江水往还”。军事上采取关、汛、塘管辖制，行政上采取乡、村（里）、保、甲、阊、邻制。
雍正八年（1731）8月，将四川辖地夹在县域的吞都一带地方划归永善，并于吞都设汛防。雍正九年（1731）10月，“移永善县鲁甸巡检驻副官村”，撤古寨巡检，并将古寨划出另建鲁甸厅，建分防于副官村。同年，县城从米贴迁莲峰。雍正十年（1732），以金沙江为界，新增四川屏山县之一部分，划归永善副官村。同年，于副官村（今绥江县城）设分县。时“永善在府（昭通府）西北230里；东至大关厅界65里；西至四川宁远府280里；南至恩安县80里；西南至鲁甸厅和东川府巧家厅以牛栏江隔江接界；北至四川叙州府屏山县界240里；东南至恩安县界130里；西南至恩安县界90里；东北至四川叙府700里（东北水路至叙州府界）；西北至宁远府界130里；东西平距345里，南北纵距320里”。全县户口共计2586户。
嘉庆八年（1730）永善县有41乡21里（副官村所辖的乡称为里），即：补伍、马旺沟、野鸡箐、犀牛坡、勒魁、木瓜箐、猓目台、龙门寨、勒米寨、溜筒江、凉山、黄坪寨、小田坝、打拐、莺哥嘴、滥田坝、鲁机、米罗、冷水孔、青岗岭、结野寨、杨义箐、双风岭、小田坝、鸡爪屯、务露、黑铁关、小毛滩、大毛滩、大井坝、那乡、三关、簸箕峡、黄荆坝、楠木坪、洗马溪、洗脚溪、摩诃崖、大石盘、那哈坪、红崖、副官里、近林里、新滩里、三星里、大兴里、永兴里、梁村里、回望里、钟滩里、德化里、小土里、马村里、大沙里、元亨里、石塔里、宝墩里、古远里、炎光里、大窝里、火盆里、盐井里。
光绪十八年（1892），将分县副官村所辖21里中的石塔、宝墩、古远、炎光等里划入正县的桧溪；光绪三十四年（1908）将分县副官村裁撤，改为靖江县（今绥江、水富等地），与永善县分地而治，同时在井底设置弹压公署分管永善下半县（后改为分县，1946年撤）。
民国元年（1912）12月，撤乡设区，下辖乡镇间邻，区名以顺金沙江而下标明区序。计全县辖5区94乡。同时改清朝的井底弹压公署为井桧行政公署，弹压委员为行政委员，辖第四区和第五区。
第一区辖21乡：黄坪寨、大水沟、双河口、黑伍寨、烟坪广、黄荆坪、吊台、新厂沟、滥田坝、小田坝、大风湾、大井坝、老街、鲁机、驿马沟、后龙山、回龙村、金沙厂、官房、核桃坪、德享，区驻地大井坝。
第二区辖11乡：本城堡、补伍、马二黄、黄坪、小河潭、万和场、新店子、董家营、横店子、墨石驿，区驻地本城堡。
第三区辖20乡：黄葛场、上玉露乡、下玉露乡、青水朝、杨义乡、冷水孔、鲁溪、上坝、干田坝、沙河、八角庙、务基、大小二坝、九角弯、黄草坪、丁家坳、乡丁倦、回龙坝、米贴、垭口，区驻地黄葛场。
第四区辖20乡：大雪柏、井田堡、大瀑沟、花槽门、堰塘湾、下新场、鸡爪屯、普石屯、老新场、拉乡、吞都、后山、明子山，锅圈滩、牛脚龙、瓦店子，大花地、飞来石、甜酒湾、黄龙滩，区驻地井田堡。
第五区辖22乡：大毛里外地、大毛里西面、长平子、丁家坪、花蛇溪、上厂、洗马里、木鱼山、扇子坪、新街、大石盘、细沙溪、凉水井、那哈坪、二十四岗、桧溪、八仗地、簸箕峡、小毛里、水星坝、河坝街，区驻地桧溪。
民国2年（1913），永善县属滇中道。民国8年（1919）改井桧行政地区为井（井底）桧（桧溪）分县，添置县佐，驻地井底。民国17年（1928），改县知事公署为县政府。民国18年（1929）撤滇中道，永善县直属省管。
民国21年（1932）改原来的5区94乡为9区19镇77乡，下辖480闾2400邻。将原第一区改为第二区和第三区，第二区改为第一区。第三区改为第四区和第五区，第四区改为第六区和第七区，第五区改为第八区和第九区。
第一区驻永阳镇，辖5镇7乡：永阳镇、普伍乡、三合乡、慕阳镇、文潭乡、万和镇、新店镇、崇学乡、文山乡、风鸣乡、墨林镇、乐善乡。
第二区驻富泉镇，辖2镇8乡：钟灵乡、富泉镇、白云乡、自强乡、荆田乡、仁寿乡、新文镇、仁里乡、长平乡、靖边乡。
第三区驻大兴镇，辖2镇9乡：埠财乡、大兴镇、映月乡、金田乡、大马乡、兴云乡、回龙乡、金沙镇、玉库乡、敦厚乡、德亨乡。
第四区驻黄华镇，辖1镇9乡：黄华镇、上玉露乡、下玉露乡、仁和乡、杨义乡、涌泉乡、宗圣乡、玉粟乡、舜田乡、孝弟卑。
第五区驻务基镇，辖2镇9乡：崇仁乡、务基镇、玉田乡、文曲乡、白胜乡、向荣乡、江望乡、义勇幸、积庆乡、米阳镇、向阳乡。
第六区驻井田镇，辖2镇8乡：积玉乡、井田镇、双流乡、玉门乡、海堰乡、玉笋镇、飞凤乡、点金乡、庆云乡、富民乡。
第七区驻古都镇，辖2镇8乡：古都镇、玉屏乡、金镜乡、津滩镇、天麟乡、金屋乡、鸣蝉乡、瑞石乡、天民乡、黄龙乡。
第八区驻双河镇，辖1镇9乡：汉鼎东卑、汉鼎西乡、中和乡、多福每、神龙乡、金盛乡、双河镇、来福乡、迎恩乡、玉梅乡。
第九区驻桧溪镇，辖2镇10乡：玉盘卑、廉溪乡、文水乡、元生乡、楠木镇、平安乡、桧溪镇、八仗地、光祥乡、得胜乡、邻水乡、清平乡。
民国29年（1940）废区改为乡、镇，原乡镇为保，保下设甲。一般以10保为1乡，10甲为1保划分，全县共分为9乡7镇156保1370甲，以后保甲稍有变动。乡镇保甲一览表，括号内分别为保、甲数：莲峰镇（17、121）驻县城，墨翰镇（13、107）驻墨石驿，大兴镇（10、85）驻大井坝，黄华镇（11、101）驻黄葛树，务基镇（11、95）驻务基街，井田镇（10、114）驻井底坝，桧溪镇（10、98）驻桧溪街，茂林乡（10、65）驻新店子，新民乡（10、80）驻黄荆坪，崇德乡（7、58）驻大水沟，自强乡（6、59）驻楠木坪，玉笋乡（8、52）驻下新场，双河乡（8、65）驻双河口，中和乡（7、92）驻黄坪，庆云乡（10、84）驻鲁溪，佛滩乡（14、112）驻锅圈滩
民国31年（1942），永善县属云南省第一行政督察区（驻昭通县）。
民国35年（1946）裁撤井（井底）桧（桧溪）分县，改为行辕。
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