鲁甸县因鲁甸山而得名。鲁甸，彝语称诺迪。鲁（诺），为彝族称号；甸（迪），意为平地、水草坝子；即彝族居住的平坝之意。西汉建元六年（前135）为犍为郡朱提县地。东汉属犍为属国朱提县，东汉建安二十年（215）设朱提郡，均以朱提山命名。三国蜀汉至西晋属益州朱提郡。东晋至南朝梁属宁州南广郡地。北朝周属南宁州。隋开皇年间属南宁州总管府辖恭州，大业年间属犍为郡。唐初属剑南道戎州辖曲州地。唐南诏时属拓东节度乌蒙部。宋属潼川府路乌蒙部地。元至元十三年（1276）属乌蒙路；至元二十一年（1284），乌蒙路属乌撒乌蒙军民宣抚司；至元二十四年（1287）乌蒙路属乌撒乌蒙宣慰司管军万户府。
明为乌蒙府，改隶四川。洪武十五年（1382），乌蒙路改置乌蒙府，属云南布政司；置归化州属乌蒙府（寻废）；洪武十六年（1383）改属四川布政司，洪武十七年（1384）改置乌蒙军民府。其间鲁甸均称小乌蒙。清初袭明制，称乌蒙土府，属四川省。雍正五年（1727）3月，析四川省属之乌蒙土府来属于云南省，设古寨巡检司。雍正九年（1731）巡抚檄文在文屏镇筑土城，设置鲁甸厅，属昭通府，上隶迤东道（治曲靖府）。宣统三年（1911），鲁甸厅境内改为九里，分设中、东、南、西、北五个区。
民国2年（1913）改厅为鲁甸县，属滇中道。民国6年（1917）鲁甸县划北区为北一、北二区，划西区为西一、西二区，全县为七个区。民国18年（1929）裁道后，鲁甸县直隶云南省府。民国19年（1930）鲁甸县划分为一、二、三、四、五、六区，辖11镇79乡。民国27年（1938）鲁甸县设五区，辖4镇13乡。民国28年（1939），鲁甸撤区扩大乡镇，建四个镇六个乡，辖124保。民国29年（1940）鲁甸改崇文镇为文屏镇，文贤镇为古寨镇，育贤镇为梭山镇，大同乡为南岩乡，慕化乡为邻巧乡，辖124保1317甲。重建县署。民国31年（1942），鲁甸县属云南省第一行政督察区（驻昭通县）。
1950年4月26日，鲁甸县人民政府成立，属昭通专区。1960年9月13日国务院全体会议第103次会议通过：撤销鲁甸县，将原鲁甸县的行政区域并归昭通县（1958年11月撤并）。1963年9月14日国务院全体会议第135次会议决定：恢复鲁甸县。以合并于昭通县的原鲁甸县除马路、苏甲、水屯、酒房四个人民公社以外的行政区域，及昭通县永丰区的祖家包包、马鞍山、板板房、陈家湾、马家院子、杨家台子、龙家台子7个村为鲁甸县行政区域。1970年，昭通专区改为昭通地区，鲁甸县属昭通地区。2001年8月，昭通撤地设市，鲁甸县属昭通市。
1996年，鲁甸县辖1个镇、13个乡（其中2个民族乡）：文屏镇、茨院回族乡、桃源回族乡、大水井乡、小寨乡、龙头山乡、乐红乡、翠屏乡、火德红乡、龙树乡、新街乡、水磨乡、铁厂乡、梭山乡。县政府驻文屏镇。
2000年第五次人口普查，鲁甸县常住总人口345740人，其中：文屏镇34607人，桃源乡45770人，茨院乡24194人，小寨乡19067人，大水井乡28128人，火德红乡16890人，龙头山乡29249人，翠屏乡14741人，龙树乡31116人，新街乡15155人，梭山乡27006人，乐红乡28467人，水磨乡16837人，铁厂乡14513人。
2002年，鲁甸县辖1个镇、13个乡（其中2个民族乡）：文屏镇、小寨乡、大水井乡、火德红乡、龙头山乡、翠屏乡、乐红乡、龙树乡、水磨乡、铁厂乡、新街乡、梭山乡、桃源回族乡、茨院回族乡。共有82个村委会。全县总户数8.6万户，总人口36.2万人，其中农业户7.9万户，农业人口34.5万人。少数民族人口占总人口的比例约达20%，其中以回族居多。
2006年，撤销铁厂乡和水磨乡，设立水磨镇，新设立的水磨镇管辖原铁厂乡和水磨乡管辖的行政区域范围，镇政府驻原铁厂乡政府驻地；撤销龙头山乡和翠屏乡，设立龙头山镇，新设立的龙头山镇管辖原龙头山乡和翠屏乡管辖的行政区域范围，镇政府驻原龙头山乡政府驻地；将大水井乡的马鹿沟村委会和桃源回族乡的普芝噜、岩洞2个村委会划归文屏镇管辖（省政府2006年1月20日批准）。同年，大水井乡更名为江底乡（省政府2006年4月30日批准）。2006年末，全县总人口38.57万人。辖3个镇、9个乡（其中2个民族乡）：文屏镇、龙头山镇、水磨镇、桃源回族乡、茨院回族乡、小寨乡、江底乡、火德红乡、龙树乡、新街乡、梭山乡、乐红乡。共有4个居委会、80个行政村。县政府驻文屏镇。
2010年第六次人口普查，鲁甸县常住总人口390654人，其中：文屏镇71943人，水磨镇33810人，龙头山镇48150人，桃源回族乡33503人，茨院回族乡26296人，小寨乡18896人，江底乡26863人，火德红乡19702人，龙树乡31320人，新街乡18872人，梭山乡29184人，乐红乡32115人。
2012年9月22日，省政府批复同意撤销鲁甸县小寨乡、江底乡、龙树乡、新街乡、火德红乡、乐红乡、梭山乡，设立小寨镇、江底镇、龙树镇、新街镇、火德红镇、乐红镇、梭山镇（云政复[2012]73号）。至此，全县辖10个镇、2个民族乡：文屏镇、龙头山镇、水磨镇、小寨镇、江底镇、火德红镇、龙树镇、新街镇、梭山镇、乐红镇、桃源回族乡、茨院回族乡。