1966年6月，全县原10个区、1个镇调整为16个公社、1个镇、164个生产大队、1864个生产小队。将原新抚区划为新抚、团田2个公社，龙潭区划为鱼塘、龙潭、文武3个公社，白连区划为新安、孟弄2个公社，另增设联合、那哈公社。1982年7月1日零时全国第三次人口普查，全县总人口332882人。1983年底，全县共16个公社1个镇、164个大队、2个居民委员会。1984年初全县区乡改制，原公社改为区，大队改为乡，并新增忠爱桥、泗南江两个区。全县共18区、1镇（区级），166个乡和乡级镇，其中少数民族乡24个。
1987年2月23日，经中共云南省委、云南省人民政府批准：将红河州红河县垤玛、三村两个区所辖12个乡、131个自然村、157个合作社、4357户、24238人、面积363.8平方千米，与思茅地区墨江哈尼族自治县龙坝、那哈两个区所辖14个乡、177个自然村、4706户、33589人、面积456平方千米合并成立黑树林特区，为副县级建制，设立中共黑树林特区工委和黑树林特区办事处，由墨江代管。1988年5月，黑树林特区撤销，垤玛、三村两个区仍划回红河县。
1988年底，改区、乡、镇制为乡（镇）、村公所（办事所）制。原来的区改为乡、乡改为村。体改后，全县共设19个乡（镇）、168个村公所（办事处）、2046个村民委员会。1990年7月1日全国第四次人口普查，全县人口为345026人，其中男性179258人，女性165768人；少数民族人口251589人，占全县总人口的72.9％。少数民族中哈尼族203559人，占少数民族人口的80.9％，占全县总人口的58.9％。
1996年，墨江哈尼族自治县面积5459平方千米，人口约35.6万人，其中哈尼族占59.2%。辖2个镇、17个乡：玖联镇、通关镇、联合乡、团田乡、碧溪乡、新安乡、新抚乡、孟弄彝族乡、景星乡、双龙乡、忠爱桥乡、雅邑乡、龙潭乡、鱼塘彝族乡、文武乡、龙坝乡、那哈乡、泗南江乡、坝溜乡。县政府驻玖联镇。1998年4月18日，云政复[1998]26号：撤销墨江县联合乡、玖联镇，合并设立联珠镇（注：墨江政府网介绍联珠镇于1997年1月8日举行挂牌仪式）。至此，墨江哈尼族自治县辖2个镇、16个乡（其中2个民族乡）。
2000年第五次人口普查，墨江哈尼族自治县常住总人口355364人，其中：联珠镇44135人，通关镇29419人，碧溪乡15838人，新安乡18081人，孟弄彝族乡12299人，团田乡14604人，新抚乡19862人，景星乡22650人，鱼塘彝族乡17652人，龙潭乡12277人，文武乡19743人，坝溜乡23252人，泗南江乡20584人，那哈乡14587人，雅邑乡18217人，龙坝乡24934人，双龙乡19619人，忠爱挢乡7611人。
2000年末，全县总人口35.03万人，其中农业人口32.63万人，非农业人口2.4万人。少数民族人口25.49万人，占总人口的72.77%。其中哈尼族人口20.62万人，占总人口的58.86%。全县辖2个镇、14个乡、2个民族乡：联珠镇、通关镇、坝溜乡、新安乡、新抚乡、泗南江乡、景星乡、雅邑乡、龙潭乡、文武乡、双龙乡、忠爱桥乡、碧溪乡、团田乡、那哈乡、龙坝乡、孟弄彝族乡、鱼塘彝族乡。
2006年，撤销碧溪乡、双龙乡和忠爱桥乡，将原碧溪乡、双龙乡所辖行政区域并入联珠镇，将原忠爱桥乡所辖丙蚌、回龙、民兴3个村委会划归通关镇管辖，所辖曼平、曼嘎、新联3个村委会划归联珠镇管辖。行政区划调整后的联珠镇管辖原联珠镇、碧溪乡、双龙乡管辖的行政区域范围和原忠爱桥乡的曼平、曼嘎、新联3个村委会，镇政府驻地不变（省政府2006年1月20日批准）。调整后，全县辖2个镇、13个乡（其中2个民族乡）：联珠镇、通关镇、新安乡、孟弄彝族乡、团田乡、新抚乡、景星乡、鱼塘彝族乡、龙潭乡、文武乡、坝溜乡、泗南江乡、那哈乡、雅邑乡、龙坝乡。共有4个居委会、163个行政村。县政府驻联珠镇。
2010年第六次人口普查，墨江哈尼族自治县常住总人口360507人，其中：联珠镇91879人，通关镇29561人，龙坝乡22286人，新安乡18026人，孟弄彝族乡12171人，团田乡15712人，新抚乡19379人，景星乡22201人，鱼塘彝族乡15950人，龙潭乡13019人，文武乡21354人，坝溜乡20474人，泗南江乡21870人，那哈乡15345人，雅邑乡21280人。
2012年，省政府（云政复[2012]84号）批复同意撤销鱼塘彝族乡，设立鱼塘镇；12月28日，省政府（云政复[2012]87号）批复同意：撤销雅邑乡、泗南江乡、坝溜乡、文武乡、景星乡、新抚乡、新安乡、团田乡、龙坝乡，设立雅邑镇、泗南江镇、坝溜镇、文武镇、景星镇、新抚镇、新安镇、团田镇、龙坝镇。调整后，全县辖10个镇、3个乡（其中1个民族乡）：联珠镇、通关镇、龙坝镇、新安镇、团田镇、新抚镇、景星镇、鱼塘镇、文武镇、坝溜镇、泗南江镇、雅邑镇、孟弄彝族乡、龙潭乡、那哈乡。县政府驻联珠镇。