晋宁区历史悠久，为古滇国文化发祥地之一。汉武帝时设立益州郡，郡治设在滇池县（今晋宁县晋城镇）；昆阳则属于建伶县。三国蜀汉建兴三年（225年）改益州郡为建宁郡，郡治迁往味县（今曲靖市内），滇池县和建伶县仍归建宁郡管辖。西晋永嘉二年（308年）改益州郡为晋宁郡，郡治在滇池县。
唐武德四年（621年）置晋宁州，属昆州管辖。昆阳改称望(一作万)水县，属钩州管辖。天宝后期，两地为南诏所有，晋宁改称晋川，昆阳改称渠滥川。大理国时，晋宁称阳城堡，昆阳叫巨桥城，同属鄯阐府。元代设晋宁州和昆阳州，明、清袭用，直到民国初。1913年废道改州为县，设晋宁县和昆阳县。
1949年12月18日，成立昆阳县人民政府，1950年1月27日，成立晋宁县人民政府。两县同属滇中区，后改玉溪专区。1958年2月，昆阳、晋宁两县合并，县名为晋宁，县城设在昆阳，属玉溪专区。1960年划归昆明市。2016年，撤销晋宁县，设立昆明市晋宁区。
1983年4月，撤销公社建制，改建为3个镇和8个乡。即：二街、宝峰、双河、夕阳、上蒜、六街、新街、化乐8个乡及昆阳、晋城、古城3个镇（这时，原县直辖镇并入昆阳公社建为昆阳镇），原公社所辖133个大队改为134个村民委员会。1983年6月建的8个乡3个镇，改为11个区公所和两个区辖镇。即：二街、河西、中和、宝峰、双河、夕阳、六街、上蒜、晋城、化乐、新街区公所，晋城区辖晋城镇，中和区辖昆阳镇。原乡辖134个村委员会改建为125个乡、4个办事处（两城区）。
1987年4月（1988年1月），晋宁县撤区改乡，全县设二街、中和、宝峰、双河、夕阳、上蒜、六街、化乐、新街9个乡，昆阳、晋城、古城3个镇。下辖129个办事处、4个居委会、596个农业合作社。（一说，原区公所下辖125个乡改为办事处，4个城镇办事处不变）
1996年，晋宁县面积1230.9平方千米，人口约25.1万。辖3个镇、9个乡：昆阳镇、晋城镇、古城镇、二街乡、化乐乡、中和乡、宝峰乡、双河彝族乡、夕阳彝族乡、上蒜乡、六街乡、新街乡。县政府驻昆阳镇。
2000年第五次人口普查，晋宁县常住总人口267739人，其中，昆阳镇22521人，古城镇24623人，晋城镇40784人，二街乡15035人，中和乡37538人，宝峰乡16518人，双河乡9682人，夕阳乡10696人，上蒜乡33388人，六街乡12132人，化乐乡13252人，新街乡31570人。
2000年末，晋宁县人口83916户265812人。辖3个镇、9个乡（其中2个民族乡），4个居委会，129个村委会，528个自然村，618个村民小组。
2001年，宝峰乡撤乡设镇。2001年，全县辖4个镇、8个乡（其中2个民族乡）：昆阳镇、晋城镇、古城镇、宝峰镇、中和乡、二街乡、上蒜乡、六街乡、化乐乡、新街乡、双河彝族乡、夕阳彝族乡。
2006年1月20日，省政府批准同意撤销中和乡及古城镇，其行政区域并入昆阳镇，镇政府驻原中和乡政府驻地；撤销化乐乡，其行政区域并入晋城镇，晋城镇政府驻地不变。调整后全县辖3个镇、6个乡（其中2个民族乡）：昆阳镇、晋城镇、宝峰镇、二街乡、新街乡、双河彝族乡、夕阳彝族乡、上蒜乡、六街乡。共有4个居委会、129个行政村。全县总面积1391平方千米，总人口28.02万人。
2009年7月，撤销宝峰镇，其行政区域并入昆阳镇；同年，撤销二街乡、上蒜乡、六街乡、新街乡，设立二街镇、上蒜镇、六街镇、新街镇。
2010年第六次人口普查，晋宁县常住总人口283784人，其中，昆阳镇111142人，晋城镇62057人，二街镇15350人，新街镇34510人，上蒜镇33287人，六街镇11374人，双河彝族乡8538人，夕阳彝族乡7526人。
2014年，晋城镇被列为全国重点镇。2016年11月24日，《国务院关于同意云南省调整昆明市部分行政区划的批复》（国函〔2016〕187号）：同意撤销晋宁县，设立昆明市晋宁区，以原晋宁县的行政区域为晋宁区的行政区域，晋宁区人民政府驻昆阳街道郑和路365号。