先秦为昆明、残部落，属西南夷。西汉元鼎五年（前112），建越嶲郡，今鹤庆西北部属之。元封二年（前109），设益州郡，今鹤庆东南部属该郡叶榆县。东汉明帝永平十二年（69），在哀牢地置哀牢、博南两县，并将益州叶榆6县并入新设永昌郡，今鹤庆东南部属益州永昌郡叶榆县。三国蜀汉建兴三年（225），诸葛亮平定南中后，从益州郡划出弄栋县，从永昌郡划出叶榆等三县，从越雟郡划出遂久等三县，合七县设云南郡，今鹤庆全境属益州云南郡叶榆县。
西晋武帝泰始七年（271），划出南中建宁、兴古、云南、永昌四郡，设立宁州，今鹤庆属宁州云南郡叶榆县。光熙元年/成汉晏平元年（306），成国将宁州分为宁、交二州，今鹤庆属宁州河阳郡叶榆县。东晋穆帝永和三年/成汉嘉宁二年（347），东晋灭成汉国，重新统治宁州，本县属宁州东河阳郡叶榆县。南朝属宁州东河阳郡。北朝北魏延昌四年（515），改宁州为南宁州，今鹤庆属南宁州辖之东河阳郡叶榆县。隋开皇五年（585），设南宁州总管府，下辖恭州、协州和昆州，今鹤庆属昆州。
唐初属剑南道，麟德元年（664），设姚州都督府，本县属下辖13州中的野共州。这时，洱海地区有六诏，本县又属越析诏，称漾共、鹤川。玄宗开元二十六年（738），南诏统一六诏后，在本县置谋统部。太和年间（827～835），改为谋统郡，属剑川节度辖地。昭宗天复二年/南诏中兴五年（902），南诏清平官郑买嗣夺取政权，建立大长和国。后唐天成三年/大天兴尊圣元年（928），东川节度使杨千真杀郑隆矗（郑买嗣孙），立侍中赵善政，称大天兴国；次年杨干真自立，改国号大义宁国。频繁更迭的这三个政权都先后占据谋统郡。
后晋天福二年/大义宁大明七年（937），通海节度使段思平建大理国，仍称谋统郡。宋大理国时期（960～1127），在今县城北官厢一带筑土城，形如龟，谓之龟城，是境内最早的城市建筑，元末倾圮。乾德元年/大理段氏二十六年（963），改置谋统府，为大理国“八府”之一。南宋理宗宝佑元年/蒙古宪宗三年（1253），忽必烈攻克大理后，建立鹤州，因鹤川得名。宝祐五年/蒙古宪宗七年（1257），改设二千户，仍称谋统，隶属大理上万户府。
元至元八年（1271），罢谋统千户，置鹤庆路军民总管。至元十一年（1274），又改置鹤州。至元十二年（1275），云南行省设立8处民屯，其中鹤庆路民屯，在籍编民共100户，己业田400双（每双5亩）。至元二十一年（1284），升鹤州为鹤庆府，领剑川。至元二十三年（1286），罢府设鹤庆路，隶云南行省。至元二十七年（1290），置鹤庆路军屯，有爨焚军125户，己业田608双。明洪武十五年（1382），置鹤庆府，领剑川、兰州、顺州、北胜、蒗蕖、永宁6州（后兰州改隶丽江府），洪武十九年（1386），北胜、蒗蕖、永宁三州改隶澜沧卫。洪武二十一年（1388），设鹤庆御，领2所，属大理卫。洪武三十年（1397）改鹤庆府为军民府，下辖顺州、剑川二州。洪武三十一年（1398），境内编户为13里，每里110户。
清初袭明制，称鹤庆军民府，下辖剑川州、顺州。顺治十七年（1660），在本县设大鹤丽永镇，辖大理、鹤庆、丽江、永胜。康熙四年（1665），撤去守御千总，归府管理。康熙七年（1668）大鹤丽永镇改为鹤丽镇。康熙七年（1669）8月，撤销顺州并入鹤庆府。康熙二十二年（1683），废除鹤庆土千户长，土司指挥佥世职降为土通判。康熙三十七年（1698）10月析原顺州地划归永北府。雍正五年（1727）4月将丽江府属维西地置维西厅，中甸地置剑川州判，一并划归鹤庆府。雍正八年（1730），鹤庆隶属迤西道。乾隆二十一年（1756）5月，析维西厅、中甸地还属于丽江府。乾隆三十六年（1771），改鹤庆府为州，与所属之剑川统辖丽江府。乾隆三十五年（1770）2月，鹤庆撤府改州，与原辖剑川州一并划归丽江府。
民国2年（1913）4月，改鹤庆州为县，6月划属腾越道；县以下仍设东、西、南、北，中5个区。民国18年（1929），废除道直属于省。民国33年（1944），属丽江行政督察专区。民国37年（1948），丽江行政督察专署移驻鹤庆，改称鹤庆行政督察专区，下辖鹤庆、丽江、剑川、永胜、华坪、宁蒗、中甸、维西、兰坪、碧江、福贡、贡山等12个县。民国38年（1949）初，专署复移丽江、鹤庆仍属其辖。
1949年7月1日，鹤庆县宣布解放；7月27日，建立鹤庆县政务委员会；10月1日，成立鹤庆县人民政府，属滇西北人民行政专员公署（驻剑川县）。12月28日，成立丽江专员公署（先驻鹤庆县城，1950年3月迁至丽江县城），鹤庆县属丽江专区。1953年3月20日，建立县国营农场（1958年改为县农业试验站，1963年4月更名县籽种繁殖场）；同年7月，第一次全国人口普查，全县总人口为129820人；同年7月将鹤庆县牛街区同幸邑村划归洱源县。