南华县原名镇南，取镇抚南邦之意。1954年更名为“南华县”，意为“西南美丽的地方”。西汉为益州郡地，东汉属益州益州郡，三国蜀汉为益州云南郡地。西晋为宁州云南郡，东晋至南朝梁为宁州兴宁郡地，北朝州周属南宁州。隋属南宁州总管府。唐初置丘州，初属戎州都督府，后属姚州都督府。唐南诏国于沙却置俗富郡，属弄栋节度。宋大理国为石鼓赕沙却，属威楚府。
元宪宗七年（1257）设欠舍千户；至元十二年（1275）改为镇南州，治今沙桥镇，属威楚路，并置定边、石鼓2县属镇南州。至元二十四年（1287），定边、石鼓省入镇南州为乡。明沿为镇南州，迁治今龙川镇，属楚雄府。清初沿明制，为镇南州，隶楚雄府；雍正八年（1730）7月，楚雄府属迤西道（治大理府）。民国2年（1913）4月，迤西道改为滇西道，镇南州改为镇南县，属滇西道；民国3年（1914）6月，改滇西道为腾越道（驻腾冲县），镇南县属之。民国十八年（1929），废腾越道，姚安县直属省。民国35年（1946），属第八行政督察区（驻姚安县）。
1950年镇南县属楚雄专区。1954年6月30日，政务院批准：镇南县更名为南华县。1957年10月18日，国务院批准全体会议第58次会议决定：设置楚雄彝族自治州，南华县属楚雄州（楚雄彝族自治州1958年4月15日正式成立）。1960年9月13日，国务院全体会议第103次会议通过：撤销南华县，将原南华县的行政区域并归楚雄县（1958年10月20日撤并）。1962年3月27日国务院全体会议第115次会议决定：恢复南华县，以合并于楚雄县的原南华县行政区域为南华县的行政区域（1961年3月分置）。
1996年，南华县面积2343平方千米，人口约22万人，其中彝族占33%。辖2个镇、10个乡：龙川镇、沙桥镇、天申堂乡、徐营乡、雨露白族乡、五街乡、一街乡、罗武庄乡、红土坡乡、五顶山乡、马街乡、兔街乡。县政府驻龙川镇。
2000年第五次人口普查，南华县常住总人口227970人，其中：龙川镇58791人，沙桥镇22922人，徐营乡20442人，雨露乡13704人，天申堂乡9604人，五街乡16742人，一街乡18958人，罗武庄乡11828人，红士坡乡13153人，五顶山乡10158人，马街乡17860人，兔街乡13808人。
？年，徐营乡、红土坡乡撤乡设镇。2001年末，南华县总人口229964人，其中农业人口211295人，少数民族人口87644人。全县辖4个镇、7个乡、1个民族乡：龙川镇、沙桥镇、红土坡镇、徐营镇、五街乡、马街镇、兔街镇、一街乡、天申堂乡、罗武庄乡、五顶山乡、雨露白族乡。共有130个行政村，1481个村民小组。
2002年，五街乡撤乡设镇（省政府2002年7月5日批准）；马街乡、兔街乡分别撤乡，设立马街镇、兔街镇（省政府2002年7月18日批准）。2004年，南华县撤销了4个行政村（撤销徐营镇古苴行政村，并入柿子树行政村；撤销沙桥镇雾露行政村，并入石星行政村；撤销红土坡镇咪拉山行政村，并入大德郎行政村；撤销五顶山乡阿鸟行政村，分别并入王家行政村和柳德行政村）。
2004年末，全县国土面积2343平方千米，总户数58655户、总人口233270人，其中农业人口214036人，非农业人口19234人。全县少数民族人口89742人，占总人口的38.47％。其中，彝族78874人，占总人口的33.81％；白族8365人，占总人口的3.59％；回族2147人，占总人口的0.92％。辖7个镇、5个乡：龙川镇、徐营镇、沙桥镇、五街镇、红土坡镇、马街镇、兔街镇、雨露乡、天申堂乡、一街乡、罗武庄乡、五顶山乡。下设128个行政村，5个居委会；1488个村民小组。
2005年12月12日，云南省政府批准同意南华县撤销徐营镇，其行政区域并入龙川镇，镇政府驻地不变；撤销天申堂乡，其行政区域并入沙桥镇，镇政府驻地不变。
2006年，南华县总面积2343平方千米。总人口约23.7万人。辖6个镇、4个乡（其中1个民族乡）：龙川镇、沙桥镇、五街镇、红士坡镇、马街镇、兔街镇、雨露白族乡、一街乡、罗武庄乡、五顶山乡。共有5个居委会、123个行政村。县政府驻龙川镇。
2010年第六次人口普查，南华县常住总人口236133人，其中：龙川镇86060人，沙桥镇31810人，五街镇18018人，红土坡镇12457人，马街镇18491人，兔街镇13552人，雨露白族自治乡14176人，一街乡19445人，罗武庄乡12160人，五顶山乡9964人。