汉代为遂久县、姑复县地，属越嶲郡。唐南诏时，北部地区称为“楼头赕”，初属铁桥节度，后属剑川节度。宋大理时属善巨郡。元朝时实行土司制度，北部置永宁州（土知州），南部置蒗蕖州（土知府），属丽江路。明永乐四年（1406）改属云南布政使司。清末至民国时期，邻县居民称宁蒗为小凉山。1917年，永宁土府、蒗渠土司合并设立宁蒗分县，属永北县。“宁蒗”一词由元时永宁府、蒗蕖州二名各一字而得名。1936年设宁蒗设治局，治今大兴镇。
1950年1月21日，宁蒗和平解放。1950年2月在南部地区成立小凉山彝族办事处，同年5月，北部地区成立宁蒗县政务委员会，1951年9月改称宁蒗县民族民主联合政府。1956年9月20日（一说为1959年），经国务院批准，将北部的宁蒗县民族民主联合政府和南部的小凉山彝族事务办事处合并，成立宁蒗彝族自治县，隶属丽江行政专员公署。1970年属丽江地区管辖。2003年属地级丽江市管辖。
1996年，宁蒗县1个镇、14个乡、1个民族乡：大兴镇、拉伯乡、永宁乡、跑马坪乡、战河乡、西川乡、红桥乡、布河乡、金棉乡、烂泥箐乡、翠玉傈僳族普米族乡、红旗乡、宁利乡、蝉战河乡、新营盘乡、永宁坪乡，89个行政村办事处，1009个自然村。总人口为22.012万人，其中农业人口20.121人，占93.99%；少数民族占78.63%。
2000年第五次人口普查，宁蒗彝族自治县常住总人口229204人，其中：大兴镇28085人，拉伯乡10512人，永宁乡17804人，翠玉傈僳族普米族乡13739人，红桥乡17156人，红旗乡12900人，宁利乡12909人，金棉乡7693人，西川乡13946人，西布河乡18314人，战河乡20501人，永宁坪乡7096人，跑马坪乡10397人，蝉战河乡7358人，新营盘乡16410人，烂泥箐乡14384人。
2003年末，全县总人口23.5万人，其中农业人口21.4万人，占总人口的91.9％；非农业人口2.2万人，占总人口的9.4％。彝、普米、傈僳等少数民族人口18.6万人，占总人口的79.1％；其中彝族人口14.4万人，占全县总人口的61.3％。辖1个镇、15个乡，86个行政村、5个社区，1122个村民小组、32个居民小组。
2005年，撤销红旗乡，其行政区域并入大兴镇，镇政府驻原大兴镇政府驻地（省政府2005年8月4日批准）。
2006年，宁蒗彝族自治县面积6206平方千米，人口25.18万人。辖1个镇、14个乡（其中1个民族乡）：大兴镇、拉伯乡、永宁乡、翠玉傈僳族普米族乡、红桥乡、宁利乡、金棉乡、西川乡、西布河乡、战河乡、永宁坪乡、跑马坪乡、蝉战河乡、新营盘乡、烂泥箐乡。共有5个居委会、87个行政村。县政府驻大兴镇。
2010年第六次人口普查，宁蒗彝族自治县常住总人口258869人，其中：大兴镇52568人，拉伯乡10124人，永宁乡20852人，翠玉傈僳族普米族乡16914人，红桥乡20060人，宁利乡14263人，金棉乡7868人，西川乡14928人，西布河乡19250人，战河乡23854人，永宁坪乡7583人，跑马坪乡10992人，蝉战河乡6421人，新营盘乡21008人，烂泥箐乡12184人。