贡山县因高黎贡山而得名。西汉时为越嵩郡边徼地。唐南诏时属剑川节度。宋大理时属谋统府管辖地。元属临西县，属丽江路军民宣抚司。明为维西康普、叶枝土千总管辖，属丽江军民府。清属丽江府维西厅；乾隆年间，北段受西藏察瓦龙土千总管辖，南段为维西康普、叶枝土千总管辖；雍正元年（1723年）“改土归流”后直属维西厅。
民国元年（1912年）为兰坪营盘街“殖边总局”管辖，置菖蒲桶殖边公署；民国二年（1913年）置菖蒲桶行政委员会；民国五年（1916年）改菖蒲桶行政委员公署，后置贡山行政区；民国七年（1918年），归属维西县；1922年置菖蒲桶行政区，民国二十二年（1933年）设贡山设治局。
1949年8月25日和平解放，1950年3月11日成立贡山临时政务委员会，同年4月8日成立贡山县人民政府。1956年10月成立贡山独龙族怒族自治县。 1996年，贡山独龙族怒族自治县面积4506平方千米，人口约3.3万人。辖1个镇、4个乡：茨开镇、丙中洛乡、捧当乡、普拉底乡、独龙江乡。县政府驻茨开镇。
2000年第五次人口普查，贡山独龙族怒族自治县常住总人口34746人，其中：茨开镇12460人、丙中洛乡6062人、捧当乡5807人、普拉底乡6248人、独龙江乡4169人。
2001年，全县辖1个镇、4个乡、个民族乡：茨开镇、普拉底乡、捧当乡、丙中洛乡、独龙江乡。2003年末总人口3.4622万人，其中农业人口2.84万人，占83.8%，独龙(0.51万人)、怒(0.63万人)、傈僳(1.79万人)、藏(0.16万人)族为世居民族，人口3.25万人，占总人口的95.5%。
2006年，贡山独龙族怒族自治县面积4506平方千米，总人口3.65万人。辖1个镇、4个乡：茨开镇、丙中洛乡、捧当乡、普拉底乡、独龙江乡。共有1个居委会、27个行政村。
2010年第六次人口普查，贡山独龙族怒族自治县常住总人口37894人，其中：茨开镇14478人，丙中洛乡6465人，捧当乡6085人，普拉底乡6627人，独龙江乡4239人。
2012年10月30日，丙中洛乡正式撤乡设镇。调整后，全县辖2个镇、3个乡：茨开镇、丙中洛镇、捧当乡、普拉底乡、独龙江乡。
2014年，茨开镇被列为全国重点镇。