富宁县因元时曾于此置过安宁州，后又将安宁州并入富州，故名。秦时属句町部族。西汉元鼎六年（前110）置牂牁郡，在富宁、广南及右江上游设句町县。东汉属益州牂牁郡句町县。三国蜀汉属益州兴古郡句町县。西晋至南朝梁属宁州兴古郡。北朝周属南宁州。隋属南宁州总管府。唐初隶南宁州都督府，唐中叶隶岭南道邕州为僚子部。宋初属邕州，皇祜五年（1053）后为特磨道地，属广南西路（今广南、富宁和滇东南）。元至元年间置广南西路宣抚司，改属云南行省，后改置广南西路宣慰司；至元十三年（1276）置富州、安宁州、罗佐州，属广南路。
明洪武十五年（1382）改置广南府，属云南布政司，裁罗佐州、安宁州入富州。洪武十七年（1384）建富州城，治所在普厅（今县城），崇祯中州治所移驻皈朝（今归朝镇驻地），仍称富州，又称土富州。清沿明制，为富州，属广南府。顺治十八年（1661），改土归流。雍正八年（1730）7月，广南府属迤东道。乾隆三十六年（1771）设广南府分防普厅塘经历，驻普厅。光绪十三年（1887），置临安开广道（治蒙自县），广南府属之。光绪二十八年（1902）富州治所从皈朝移驻普厅，称富州厅抚彝府，同时改普厅塘经历为巡检，移驻剥隘（今剥隘镇），仍属广南府。
民国2年（1913）4月，改富州县，属蒙自道。民国16年（1927）1月，富州县改为富宁县。民国18年（1929），废蒙自道直属省。民国31年（1942），隶云南省第二行政督察区（驻文山县）。民国37年（1948），隶第四行政督察区（驻砚山县）。1950年富宁县属文山专区。1957年5月24日，国务院全体会议第49次会议决定设置文山僮族苗族自治州（1965年10月12日国务院批复：文山僮族苗族自治州改为文山壮族苗族自治州），富宁县属文山州。
明初安宁、罗佐并入富州统一，置九哨，即普厅、花架、阿用、洪帮、板仑、架街、归朝、田蓬、普梅，十八夕，即新华的安定，归朝的乌落（孟村），谷拉的沁村（新村），者桑、百部，剥隘的坡戈、坡怀、者仪、者宁、西宁、剥隘、那良、百峨，那能的那南（那能）、那瓜，洞波的百江、板平、腊山。
清代西南部划归广南，富州移驻归朝，设四哨九艽十八夕。四哨：普厅、花架、阿用、板仑，九艽为今谷拉乡列村、者利、多傲、敬龙、龙卡、龙隘、那马（今废）、立坡、恒村，十八夕同明朝。清末改土归流，州治移普厅，设区乡，第一区花甲、板仑、四亭三乡，第二区归朝、谷拉、百油三乡，第三区有者桑乡，第四区有剥隘乡，第五区有洞波乡。
民国29年（1940），撤区立乡镇，全县有2镇8乡，以“文武忠孝仁爱信义和平“十字命乡镇名，即文华镇（县城）、武英镇（剥隘）、忠怒乡（四亭）、孝弟乡（板仑）、仁厚乡（归朝）、爱敬乡（谷拉）、信城乡（者桑）、义勇乡（洞波）、和协乡（芭莱）、平安乡（花甲）。民国33年（1944）6月，富宁县为二等县，总面积45391平方千米，总户数9228户，总人口35181人，其中男性16901人、女性18280人。全县辖2镇、8乡；72保、709甲。
1957年，田蓬、木央、睦伦、里达、郎恒划入富宁。1958年改为人民公社体制，全县辖10个公社。1984年，公社改为区（镇）即新华镇、城关区、谷拉区、归朝区、者桑区、剥隘区、那能区、阿用区、花甲区、洞波区、里达区、睦伦区、木央区、田蓬区、郎恒区。1988年，进行区乡体制改革，全县5镇10乡，即新华镇、板仑乡、归朝镇、谷拉乡、者桑乡、剥隘镇、那能乡、洞波瑶族乡、阿用乡、花甲乡、里达镇、睦伦乡、木央乡、田蓬镇、郎恒乡。
1996年，全县面积5352平方千米，人口约36.6万人。辖5个镇、10个乡：新华镇、里达镇、归朝镇、剥隘镇、田蓬镇、睦伦乡、花甲乡、那能乡、谷拉乡、者桑乡、洞波瑶族乡、木央乡、阿用乡、板仑乡、郎恒乡。县政府驻新华镇。
2000年第五次人口普查，富宁县常住总人口382913人，其中：新华镇47125人，归朝镇39262人，剥隘镇20288人，里达镇21027人，田蓬镇32961人，板仑乡24738人，谷拉乡24091人，者桑乡14740人，那能乡18303人，洞波瑶族乡36014人，阿用乡17323人，花甲乡21566人，睦伦乡17814人，木央乡29042人，郎恒乡18619人。
2003年，全县辖15个乡（镇），141个行政村、1个居委会和3个社区。总人口387433人。其中：壮族217481人，汉族90985人，瑶族40040人，苗族26572人，彝族12065人，仡佬族116人。
2006年，撤销郎恒乡，其行政区域并入田蓬镇，镇政府驻地不变；撤销睦伦乡，其行政区域并入木央乡，并将木央乡改设为木央镇，镇政府驻原木央乡政府驻地（省政府2006年3月16日批准）。至此，全县面积5459平方千米，总人口39.2万人。辖6个镇、7个乡（其中1个民族乡）：新华镇、归朝镇、剥隘镇、里达镇、田蓬镇、木央镇、板仑乡、谷拉乡、者桑乡、那能乡、洞波瑶族乡、阿用乡、花甲乡。共有4个居委会、141个行政村。
2010年第六次人口普查，富宁县常住总人口407537人，其中：新华镇67976人，归朝镇38960人，剥隘镇21171人，里达镇21858人，田蓬镇51985人，木央镇50276人，板仑乡24599人，谷拉乡22499人，者桑乡14345人，那能乡18138人，洞波瑶族乡35702人，阿用乡17906人，花甲乡22122人。
2014年，剥隘镇、田蓬镇被列为全国重点镇。