申扎（曾译为显扎、纳仓、那仓），藏语意为“皮火筒状山沟前”。历史上属纳仓德巴部落，17世纪末归西藏噶厦（政府）管辖。清光绪十二年（1886年）噶厦设立申扎宗（又译那仓宗）。
1959年西藏自治区筹委会将原申扎宗和后藏达那伦珠则谿卡的雅木地、巴扎、准布、塔尔玛、加龙等部落及谢通门谿卡的堪巴查桑、新沟两部落和多巴、卡彭、多瓦、卓瓦等部落合并为申扎县，辖区面积19.7万平方千米。隶属那曲地区管辖。
1977年经西藏自治区批准，将县境内的7区1公社划分为文部和双湖两个办事处（县级单位），均直属那曲行署领导。【1976年12月24日中共西藏自治区委员会批准设立申扎县西五区办事处，1979年1月改为申扎县文部办事处（县级）。1983年10月8日，国务院批复同意：将申扎县的查桑、文部、邦多、甲谷、卓瓦、尼玛6个区划归新设立的尼玛县管辖；将班戈县的新吉尔区划归申扎县管辖】
1987年，班戈县新吉区的统一乡划归申扎县。1988年撤区并乡，原巴扎乡、扎仓乡与木地乡合并为巴扎乡，原马跃乡和多加乡合并为马跃乡，原买巴乡、加绕乡合并为买巴乡，原恰乡和本日乡合并为恰乡，原申扎乡、新贡乡和玉珠乡合并为申扎乡，原塔玛乡、卓布乡、新去乡和扎琼乡合并为塔玛乡，原夏过乡和朝罗乡合并为夏过乡，原雄美乡、去领乡和青嘎乡合并为雄美乡。
1996年，全县辖8乡：巴扎乡、马跃乡、买巴乡、恰乡、申扎乡、塔玛乡（塔尔玛乡）、夏过乡（下过乡）、雄美乡。县政府驻甲觉底部（甲觉底布）。
2000年第五次人口普查，申扎县常住总人口16487人，其中，马跃乡1593人，申扎乡2940人，雄梅乡2905人，买巴乡1180人，塔尔玛乡2932人，巴扎乡1761人，下过乡1888人，恰乡1288人。
2002年，申扎县将8个乡调整为2镇、6乡：申扎镇、雄梅镇、塔尔玛乡、巴扎乡、恰乡、下过乡、买巴乡、马跃乡。同时将73行政村调整为4居委会、69行政村。县政府驻申扎镇。
2007年末，全县户籍总人口18030人。2008年，全县面积2.55万多平方千米，人口1.85万人，2个镇、6个乡，2个居委会、60个行政村。
2010年第六次人口普查，申扎县常住总人口20285人，其中，申扎镇4296人，雄梅镇3437人，马跃乡1829人，买巴乡1383人，塔尔玛乡3405人，下过乡2330人，恰乡1565人，巴扎乡2040人。