扎囊，藏语意为“刺树沟内，山桃林中”，一说为“扎氏家族”。吐蕃时期属于约茹管辖。元朝时，扎囊为帕竹万户府所辖。
噶厦政府时期，设立洛喀（山南）基巧，辖区内有扎囊宗、桑耶宗、扎谿宗。1959年，札当宗、桑耶宗、扎谿合并设扎囊县。隶属山南专区（地区）。现由地级山南市管辖。
1987年撤区并乡后，全县辖11个乡：扎塘乡、扎期乡、朗色林乡、民主乡、松卡乡、阿扎乡、桑耶乡、吉林乡、吉汝乡、肖拉乡、卓玉乡。县政府驻扎塘乡。
2000年，扎囊县辖2个镇，3个乡。
2000年第五次人口普查，扎囊县常住总人口35278人，其中，扎塘镇9181人，桑耶镇4578人，扎期乡8704人，吉汝乡10628人，阿扎乡2187人。
2008年，全县面积0.21万多平方千米，人口3.89万人。
2010年第六次人口普查，扎囊县常住总人口其中：35473人，扎塘镇9495人，桑耶镇4625人，阿扎乡2249人，扎其乡9021人，吉汝乡10083人。
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