芒康，藏语意为“善妙地域”，“好地方”。唐代归吐蕃管辖，元末为亦马尔甘万户府属地，明朝设勘招讨司。清雍正四年（1726年）在境内南墩立界碑，将西边划归西藏，设芒康台地吉；此碑以东属四川管辖。1911年设江卡委员。1912年改设宁静县和盐井县，属川滇边务大臣管辖。
1950年10月12日藏军第九代本德格·格桑旺堆率部起义，两县解放。1959年7月分别成立宁静县和盐井县人民政府，1960年4月两县合并称宁静县。1965年11月3日国务院批准改称宁静县改名为芒康县，县政府设在嘎托镇，隶属昌都地区管辖。1966年芒康县人民委员会驻地由嘎托迁至竹卡。1975年芒康县人民委员会驻地由竹卡迁至嘎托。1983年计划分置盐井县（实际没有成立）。
1988年撤区并乡，如美、竹卡、拉乌等5乡合并为如弄乡，吉措、曲塔2乡合并为昂多乡，措瓦、日西2乡合并为措瓦乡，当左、洛尼2乡合并为洛尼乡，古通、冲日、库孜3乡合并为古通乡，戈波、支巴、南格3乡合并为戈波乡，尼增、卡美、西松贡3乡合并为尼增乡，达呷顶、草地贡、岳巴3乡并入朱巴龙乡，上莽岭、下莽岭2乡并入莽岭乡，哈扎乡、卡布乡并入徐中乡，尼玛沙乡并入门巴乡，阿东乡并入木许乡，然堆、金珠、觉嘎、毛尼、加尼丁5乡并入帮达乡，角龙、小昌都2乡并入盐井乡。
原辖1个镇（嘎托镇），2个区，23个乡（含1个民族乡：火拉乡、如美乡、宗西乡、昂多乡、措瓦乡、伍巴乡、洛尼乡、登巴乡、古通乡、戈波乡、曲登乡、尼增乡、朱巴龙乡、格良西乡、莽岭乡、索多西乡、曲孜卡乡、徐中乡、门巴乡、木许乡、帮达乡、盐井乡、纳西民族乡），159个行政村。
2000年第五次人口普查，芒康县常住总人口73155人，其中（2个镇，14个乡），嘎托镇11310人，如美镇4985人，曲登乡2975人，徐中乡5158人，曲孜卡乡3045人，纳西民族乡4382人，朱巴龙乡4350人，戈波乡2788人，昂多乡1716人，洛尼乡3191人，措瓦乡7766人，宗西乡4499人，木许乡2173人，莽岭乡2961人，索多西乡5037人，帮达乡6819人。
2006年，全县辖2个镇、14个乡（包括1个民族乡）：嘎托镇、如美镇、曲孜卡乡、木许乡、纳西族乡、朱巴龙乡、曲登乡、徐中乡、帮达乡、戈波乡、洛尼乡、措瓦乡、昂多乡、宗西乡、莽岭乡、索多西乡。共有60个行政村，359个村民小组。县政府驻嘎托镇。
2007年末，户籍总人口81659人。2009年，全县辖2个镇，14个乡（包括1个民族乡），1个居委会，60个行政村。
2010年第六次人口普查，芒康县常住总人口81399人，其中，嘎托镇12217人，如美镇5055人，曲孜卡乡3707人，木许乡2504人，纳西民族乡4940人，朱巴龙乡4834人，曲登乡3664人，徐中乡5409人，帮达乡8182人，戈波乡2800人，洛尼乡3674人，措瓦乡8646人，昂多乡2156人，宗西乡5354人，莽岭乡3085人，索多西乡5172人。