聂拉木，藏语意为“颈道”。因当地东面有一山，山形似象，过去的通道位于象颈山，故名。
1276年为阿里的一个行政区；1618年正式受乌思藏地方政府管辖。1751年，清政府废除西藏藏王制，建立地方噶厦政府，设立聂拉木宗，属阿里辖区。1959年西藏工委决定，取消旧政府。1960年5月正式建县，划归日喀则地区管辖。
1988年撤区并乡后，全县辖1个镇、6个乡：樟木镇、充堆乡、琐作乡、亚来乡、波绒乡、乃龙乡、门布乡。共有45个村（居）员会。县政府驻充堆乡。
1999年，改充堆乡为聂拉木镇。调整后，聂拉木县辖2个镇、5个乡：聂拉木镇、樟木镇、亚来乡、琐作乡、乃龙乡、门布乡、波绒乡。
2000年第五次人口普查，聂拉木县常住总人口15479人，其中，樟木镇2852人，聂拉木镇2607人，亚来乡1406人，琐作乡2992人，乃隆乡1211人，门布乡2427人，波绒乡1984人。。
2000年12月，西藏自治区为理顺行政体制，撤销自治区驻聂拉木口岸办事处，正式归口聂拉木县管理，设立西藏自治区聂拉木口岸管理委员会。
2005年末，全县总面积7903平方千米，总人口1.5万人，其中，农业人口1.2万人，藏族人口1.3万人，夏尔巴人900余名。
2010年第六次人口普查，聂拉木县常住总人口17568人，其中：聂拉木镇2986人，梅木镇3469人，亚来乡1555人，锁作乡3166人，门布乡2678人，乃龙乡1344人，波绒乡2370人。
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