仲巴，藏语意为“野牛之地”。1951年以前称珠珠宗，属阿里噶本管辖。1960年撤销仲巴洛强谿，设立仲巴县，由阿里专署管辖。1962年9月，仲巴县划归日喀则专署管辖。
建县时机关驻岗久，1964年3月迁扎东〔Zhadün〕。由于当地沙害严重，1986年，经国务院批准，决定将县址由扎东搬迁到扎东偏西20千米的马泉河与柴河汇合处刮那古塘。1990年8月27日国务院（国函〔1990〕74号）批复同意仲巴县人民政府驻地由扎东迁至托吉。
仲巴县原辖3个区，13个乡（拉让乡、亚热乡、琼果乡、布多乡、帕羊乡、偏吉乡、纳久乡、霍尔巴乡、吉拉乡、隆嘎尔乡、吉玛乡、帕玛乡、仁多乡），59个行政村。县政府驻拉让乡。调整后，仲巴县辖1个镇、12个乡：帕羊镇；琼果乡、拉让乡、亚热乡、布多乡、偏吉乡、纳久乡、吉拉乡、霍尔巴乡、吉玛乡、仁多乡、隆格尔乡、帕玛乡。
2000年第五次人口普查，仲巴县常住总人口17860人，其中，帕羊镇1851人，琼果乡1225人，拉让乡1342人，亚热乡1094人，布多乡451人，偏吉乡1543人，纳久乡1044人，吉拉乡679人，霍尔巴乡1085人，吉玛乡1493人，隆嘎尔乡2510人，帕玛乡1867人，仁多乡1676人。
2006年，全县辖1个镇、12个乡：帕羊镇、拉让乡、帕玛乡、仁多乡、吉玛乡、隆格尔乡、霍尔巴乡、吉拉乡、纳久乡、偏吉乡、布多乡、亚热乡、穷果乡。共有59个行政村。县政府驻拉让乡。
2007年末全县户籍总人口19493人。2009年，全县辖1个镇、12个乡，58个行政村。
2010年第六次人口普查，仲巴县常住总人口22147人，其中：帕羊镇2118人，拉让乡1966人，帕江乡2485人，仁多乡1987人，吉玛乡1873人，隆嘎尔乡3275人，霍尔巴乡1341人，吉拉乡907人，纳久乡1202人，偏吉乡1706人，布多乡630人，亚热乡1342人，琼果乡1315人。