乌恰，是柯尔克孜语“乌鲁克恰提”的简称，意为大山沟分岔口。因克孜勒河谷在该地分岔成三道沟而得名。汉时属疏勒都督府管辖。公元六世纪中叶属突厥汗国统治。公元八世纪中期属回讫汗国。公元九世纪四十年代，属柯尔克孜汗国。公元十六世纪初，属叶尔羌汗国。清代属喀什噶尔道疏附县，1913年设乌鲁克恰提分县，分县治乌鲁克恰提。1929年改为乌鲁克恰提设治局。
1938年置乌恰县，县城由乌鲁克恰提搬迁到黑孜苇，属喀什行政区。1954年乌恰县划入新成立的克孜勒苏柯尔克孜自治州。1985年8月23日乌恰县发生7.4级强烈地震，县城被毁。后又在东北6千米的博鲁什地方重建新县城。1989年10月17日举行了新城落成典礼。
1997年，乌恰县辖2个镇、9个乡：乌恰镇、康苏镇、黑孜苇乡、乌鲁克恰提乡、吉根乡、波斯坦铁热克乡、巴音库鲁提乡、膘尔托阔依乡、铁热克乡、托云乡、吾合沙鲁乡。县政府驻乌恰镇。驻有新疆生产建设兵团农三师二牧场。
2000年第五次人口普查，乌恰县常住总人口42002人，其中：乌恰镇6143人、康苏镇4868人、乌鲁克恰提乡3477人、乌合沙鲁乡1355人、吉根乡2069人、膘尔托阔依乡5661人、黑孜苇乡5837人、托云乡2243人、铁列克乡3125人、巴音库鲁提乡2304人、波斯坦列克乡2314人、羊场2606人。
2003年，全县总面积19118.11平方千米，总人口46076人。辖2镇9乡：乌恰镇、康苏镇、乌鲁克恰提乡、吾合沙鲁乡、吉根乡、膘尔托阔依乡、黑孜苇乡、托云乡、铁列克乡、巴音库鲁提乡、波斯坦铁列克乡。
2010年第六次人口普查，乌恰县常住总人口47261人，其中：乌恰镇9999人，康苏镇1585人，乌鲁克恰提乡3951人，吾合沙鲁乡1029人，膘尔托阔依乡7270人，黑孜韦乡5405人，托云乡1810人，铁列克乡3129人，巴音库鲁提乡2225人，波斯坦铁列克乡7953人，吉根乡2090人，兵团托云牧场815人。