1952年设市。“喀什”系“喀什噶尔”的简称。“喀什”系突厥语“玉石”之意，“噶尔“系古伊朗语“石”或“山”之意，即“玉石”或“玉山”之意。另据《西域同文志》：系回语，“喀什谓石色。噶尔，谓砖房。其地富遮多砖房，故名”。据语言学方面的考证，认为是古和田塞语，意为“玉石之城”。
汉为疏勒国地，隶西域都护府。两汉书、《魏书》、《隋书》、新、旧唐书、《宋史》均作疏勒国。唐上元二年（675年）设疏勒都督府。宋为喀喇汗王朝的陪都。元代称乞思合儿、可失哈耳、可失哈里、乞失哈里等。《明史》作哈实哈儿，为东察合台汗国重镇。清代称喀什噶尔。清乾隆二十四年（1759年）设喀什噶尔参赞大臣驻此。清光绪九年（1883年）设喀公地点噶尔道。1929年改称喀什行政区，1943年改为喀什督察专区。新中国成立后先后设喀什专区、南疆行政区、喀什地区等。历为官衙、公署所在地。1952年从疏附县析置喀什市。1956年后隶属喀什专区、喀什地区。
1982年11月6日，喀什行署决定，将喀什市浩罕、伯什克然木、阿瓦提、英吾斯坦4个公社及河内林场划归疏附县。
1997年，喀什市辖4个街道、3个乡：恰萨街道、库木代尔瓦扎街道、亚瓦格街道、吾斯塘博依街道、夏马勒巴格乡、乃则尔巴格乡、多来特巴格乡。
1998年3月1日，经自治区政府批准，将疏附县浩罕乡、伯什克然木乡5个村、阿瓦提乡2个村、帕哈太克里乡1个村、疏勒县城关镇1个村的3个村民小组划归喀什市管辖。
1999年末，喀什市总面积198.14平方千米，其中建城区面积18.52平方千米。总人口31.89万人，其中少数民族26.19万人，农业人口9.6万人。辖4个乡，4个街道：恰萨街道、库木代尔瓦扎街道、亚瓦格街道、吾斯塘博依街道、夏马勒巴格乡、乃则尔巴格乡、多来特巴格乡、浩罕乡。
2000年第五次人口普查，喀什市常住总人口340640人，其中：恰萨街道68929人、亚瓦格街道24448人、吾斯塘博依街道45426人、库木代瓦扎街道50463人、乃则尔巴格乡46196人、夏马勒巴格乡39601人、多来提巴格乡38196人、浩罕乡27381人。
2004年8月2日，经自治区政府批准，将疏附县的色满乡、荒地乡划归喀什市管辖。调整后，喀什市东西部与疏附县接壤，北倚古玛塔格山与克孜勒苏柯尔克孜自治州阿图什市毗邻，南面与疏勒县隔克孜勒苏河遥相对望。总面积294.21平方千米，总人口351874人。辖4街道、6个乡：多来特巴格乡、乃则尔巴格乡、夏马勒巴格乡、浩罕乡、色满乡、荒地乡。市政府驻人民东路。
2005年2月24日，经自治区政府批准，将疏附县的帕哈太克里乡、伯什克然木乡划归喀什市管辖。调整后，全市辖4个街道、8个乡：恰萨街道、亚瓦格街道、吾斯塘博依街道、库木代尔瓦扎街道、乃则尔巴格乡、夏马勒巴格乡、多来特巴格乡、浩罕乡、色满乡、荒地乡、帕哈太克里乡、伯什克然木乡。
2009年，撤销乃则尔巴格乡、夏马勒巴格乡，设立乃则尔巴格镇、夏马勒巴格镇。
2010年第六次人口普查，喀什市常住总人口506640人，其中：恰萨街道88540人，亚瓦格街道26617人，吾斯塘博依街道50580人，库木德尔瓦扎街50861人，乃则尔巴格镇61096人，夏马勒巴格镇59769人，多来特巴格乡56003人，浩罕乡33476人，色满乡18851人，荒地乡11209人，帕哈太克里乡13622人，伯什克然木乡36016人。
2013年3月，自治区政府（新政函[2013]35号）同意将疏附县阿瓦提乡划归喀什市管辖。2013年，自治区政府（新政函[2013]207号）批准同意将疏附县英吾斯坦乡划归喀什市管辖（11月20日正式实施）。阿瓦提乡面积87.2平方千米，人口3.42万人；英吾斯坦乡面积109.16平方千米，人口3.98万人。
2014年10月21日，自治区政府（新政函[2014]194号）同意将疏附县阿克喀什乡划归喀什市管辖。阿克喀什乡面积约266平方千米，人口1万余人。至此，全市辖4个街道、2个镇、9个乡：恰萨街道、亚瓦格街道、吾斯塘博依街道、库木代尔瓦扎街道、乃则尔巴格镇、夏马勒巴格镇、多来特巴格乡、浩罕乡、色满乡、荒地乡、帕哈太克里乡、伯什克然木乡、阿瓦提乡、英吾斯坦乡、阿克喀什乡。
2015年4月3日，自治区政府批复同意设立西域大道街道（新政函[2015]87号）、东湖街道（新政函[2015]88号）。调整后，全市辖6个街道、2个镇、9个乡。