疏附县原属疏勒直隶州，即附属之地。维吾尔语称“喀什噶尔阔纳协海尔”，意思是喀什噶尔老城。又名托克扎克，清初属喀什噶尔，《西域图志》作托克库尔萨克，《西域同文志》释为“托克，饱也；库尔萨克，大腹也。地丰，于稼人能饱食，故名。”即能吃饱肚子的（地方），意指“地丰人富”。托克扎克现又解释为“九块白地”，有可能是语音的转化所致。
西汉初年为西域疏勒国的一部分。1762年清驻喀官府迁移至喀什噶尔城（今喀什市）西北二里处新筑的“徕宁城”（今喀什地区公安处一带）。道光六年（1826）徕宁城被毁，道光八年（1828）在回庄筑新城，定名“恢武”移疏勒官府、军队、仓库于新城，设一知县治理，称疏勒县，习惯上称新城或汉城，原疏勒府治所改为疏附县，也就是疏勒府的附城，习惯上称老城或回城。1883年在喀什噶尔道城设疏附县，意为附属疏勒直隶州，隶属于喀什噶尔道疏勒直隶州（州治即原“恢武”城，即今疏勒县城），托克扎克为疏附县所辖九大回庄之一，《新疆图志》作托古萨克。先后属喀什行政区、喀什专署、喀什行署。1952年从疏附县析置喀什市，1955年疏附县委和县政府由喀什迁驻托克扎克，为新县城之始。
1982年11月6日，喀什行署决定，将喀什市浩罕、伯什克然木、阿瓦提、英吾斯坦4个公社及河内林场划归疏附县。
1996年，疏附县辖1个镇、17个乡：托克扎克镇、塔什米力克乡、乌帕尔乡、布拉克苏乡、伯什克然木乡、萨依巴格乡、色满乡、铁日木乡、吾库萨克乡、浩罕乡、兰干乡、英吾斯塘乡、荒地乡、站敏乡、阿克喀什乡、阿瓦提乡、木什乡、帕哈太克里乡。
1998年3月1日，经自治区政府批准，将疏附县浩罕乡、伯什克然木乡5个村、阿瓦提乡2个村、帕哈太克里乡1个村划归喀什市管辖。调整后，疏附县辖1个镇、16个乡：托克扎克镇、乌帕尔乡、塔什米里克乡、铁日木乡、布拉克苏乡、萨依巴格乡、站敏乡、吾库萨克乡、怕哈太克里乡、色满乡、荒地乡、兰干乡、木什乡、伯什克然木乡、阿瓦提乡、英吾斯塘乡、阿克喀什乡。
2000年第五次人口普查，疏附县常住总人口345282人，其中：托克扎克镇24772人、乌帕尔乡30859人、塔什米里克乡25607人、铁日木乡4458人、布拉克苏乡34727人、萨依巴格乡20815人、站敏乡21093人、吾库萨克乡15767人、怕哈太克里乡12083人、色满乡15710人、荒地乡10184人、兰干乡16173人、木什乡13783人、伯什克然木乡31314人、阿瓦提乡26880人、英吾斯塘乡31710人、阿克喀什乡9347人。
2004年8月2日，经自治区政府批准，将疏附县的色满乡、荒地乡划归喀什市管辖。调整后，疏附县总面积3482.94平方千米，总人口365783人。辖1个镇、14个乡：托克扎克镇、乌帕尔乡、塔什米里克乡、铁日木乡、布拉克苏乡、萨依巴格乡、站敏乡、吾库萨克乡、帕哈太克里乡、兰干乡、木什乡、伯什克然木乡、阿瓦提乡、英吾斯坦乡、阿克喀什乡。县政府驻托克扎克镇。
2005年2月24日，经自治区政府批准，将疏附县的帕哈太克里乡、伯什克然木乡划归喀什市管辖。调整后，全县辖1个镇、12个乡：托克扎克镇、乌帕尔乡、塔什米里克乡、铁日木乡、布拉克苏乡、萨依巴格乡、站敏乡、吾库萨克乡、兰干乡、木什乡、阿瓦提乡、英吾斯坦乡、阿克喀什乡。
2010年第六次人口普查，疏附县常住总人口311960人，其中：托克扎克镇34010人，乌帕尔乡34150人，塔什米里克乡27989人，铁日木乡5117人，布拉克苏乡38327人，萨依巴格乡22827人，站敏乡22539人，吾库萨克乡14795人，兰干乡18785人，木什乡14671人，阿瓦提乡30335人，英吾斯塘乡35747人，阿克喀什乡11313人，县种畜场163人，县园艺场472人，县林场408人，县良种场197人，县英艾力克大畜场115人。
2012年，撤销兰干乡，设立兰干镇（新政函[2012]165号）；撤销吾库萨克乡，设立吾库萨克镇（新政函[2012]211号）。调整后，全县辖3个镇、10个乡：托克扎克镇、兰干镇、吾库萨克镇、乌帕尔乡、塔什米里克乡、铁日木乡、布拉克苏乡、萨依巴格乡、站敏乡、木什乡、阿瓦提乡、英吾斯坦乡、阿克喀什乡。
2013年3月，自治区政府（新政函[2013]35号）同意将疏附县阿瓦提乡划归喀什市管辖。调整后，疏附县行政区划面积减少87.2平方千米，人口减少3.4万余人。2013年，自治区政府（新政函[2013]207号）批准同意将疏附县英吾斯坦乡划归喀什市管辖。全县辖3个镇、8个乡、4个场，127个村、10个社区，894个村民小组，总面积2929.61平方千米，总人口26.4万人，其中维吾尔族占97.7%，汉族占2%，城镇人口31919人。
2014年，自治区政府（新政函[2014]8号）同意撤销乌帕尔乡，设立乌帕尔镇。2014年10月21日，自治区政府（新政函[2014]194号）同意将疏附县阿克喀什乡划归喀什市管辖。
至此，全县辖4个镇、6个乡：托克扎克镇、兰干镇、吾库萨克镇、乌帕尔镇、塔什米里克乡、铁日木乡、布拉克苏乡、萨依巴格乡、站敏乡、木什乡。