麦盖提一名，据传说是古代“多浪”部族首领米盖提带领游牧民在这里定居，遂以首领之名呼作地名，后转音为麦盖提。二是说很早以前在今巴楚一带居住着很多游牧部落，因沙漠的侵蚀，迫使集镇中心地带的人迁来这里，故称“麦尔盖孜”，意为从中心地带搬迁来的人，后逐渐演变为麦盖提。
清光绪年间为巴楚州八大庄之一，称麦盖提庄。1922年由巴楚县析置麦盖提县，属喀什噶尔道。1929年属喀什行政区，1943年属莎车督察专区。1949—1956年属莎车专区，以后属喀什专区、喀什地区。
1999年，麦盖提县辖1镇9乡：麦盖提镇、巴扎结米乡、希依提墩乡、央塔克乡、吐曼塔勒乡、尕孜库勒乡、克孜勒阿瓦提乡、库木库萨尔乡、昂格特勒克乡、库尔玛乡。年末全县总人口169232人，其中少数民族156641人，农村人口131003人。
2000年第五次人口普查，麦盖提县常住总人口201810人，其中：麦盖提镇26640人、巴扎结米乡20108人、希依提敦乡12108人、央塔克乡25256人、吐曼塔勒乡20164人、尕孜库勒乡20581人、克孜勒阿瓦提乡21202人、库木库萨尔乡 9608人、昂格特勒克乡4416人、库尔玛乡11902人、兵团43团12275人、兵团45团12561人、兵团46团2888人、兵团前进水库788人、军区麦盖提农场1313人。
2003年，麦盖提县总面积11022.53平方千米，总人口206425人。辖1镇、9乡：麦盖提镇、巴扎结米乡、希依提墩乡、央塔克乡、吐曼塔勒乡、尕孜库勒乡、克孜勒阿瓦提乡、库木库萨尔乡、昂格特勒克乡、库尔玛乡。县政府驻麦盖提镇。
2010年第六次人口普查，麦盖提县常住总人口258978人，其中：麦盖提镇40926人，巴扎结米乡23308人，希依提墩乡13646人，央塔克乡31777人，吐曼塔勒乡24599人，尕孜库勒乡26225人，克孜勒阿瓦提乡25841人，库木库萨尔乡13873人，昂格特勒克乡5584人，库尔玛乡14410人，胡杨林场247人，园艺场765人，五一林场1375人，兵团农三师前进水库管理处322人，兵团四十五团30945人，兵团四十六团5135人。