伽师县得名于伽师河。“伽师”似‘喀什”的同词异译，即突厥语“玉”之意。维吾尔语称“排孜阿瓦提”，意为天赐昌盛。《西域图志》作牌租阿巴特，《西域同文志》释：“牌租，天赐之谓；阿巴特，欣幸之词。”又名巴仁（维吾尔语“伯合热”一词的变音，意为两河之间）。
汉为疏勒国地。唐代有“迦师城”一名。清属喀什噶尔办事大臣管辖。光绪二十八年（1902年）设伽师县，以唐代“迦师”为县名，隶属疏勒府。光绪三十二年（1906年），伽师县治由南部的开旦木加依迁至巴仁，始为伽师县政治、经济、文化的中心。1929年后属喀什行政区、喀什督察专区。1949年后，先后属喀什专区、南疆行政区。1977年划属克孜勒苏柯尔克孜自治州，1980年复归喀什地区管辖。
1999年，伽师县辖2镇11乡：巴仁镇、西克尔库勒镇、铁日木乡、英买里乡、江巴孜乡、卧里托格拉克乡、克孜勒博依乡、米夏乡、夏普吐勒乡、和夏阿瓦提乡、克孜勒苏乡、古勒鲁克乡、玉代克力克乡。年末总人口29.5万人，其中汉族8143人，少数民族286857人，农业人口266342人。
2000年第五次人口普查，伽师县常住总人口311733人，其中：巴仁镇22381人、西克尔库勒镇1013人、铁日木乡12430人、英买里乡24330人、江巴孜乡27166人、卧里托格拉克乡32182人、克孜勒博依乡35726人、米夏乡22657人、夏普吐勒乡25472人、和夏阿瓦提乡38619人、克孜勒苏乡29427人、古勒鲁克乡18625人、玉代克力克乡11851人、哈里胡其农场449人、兵团伽师总场虚拟乡 9405人。
2003年，伽师县总面积6600.68平方千米，总人口327945人。辖2个镇、11个乡：巴仁镇、西克尔库勒镇、铁日木乡、英买里乡、江巴孜乡、卧里托格拉克乡、克孜勒博依乡、米夏乡、夏普吐勒乡、和夏阿瓦提乡、克孜勒苏乡、古勒鲁克乡、玉代克力克乡。县境内有农三师伽师总场。县政府驻巴仁镇。
2010年第六次人口普查，伽师县常住总人口381767人，其中：巴仁镇33971人，西克尔库勒镇1613人，铁日木乡15171人，英买里乡30135人，江巴孜乡32704人，卧里托格拉克乡40963人，克孜勒博依乡40228人，米夏乡27000人，夏普吐勒乡28944人，和夏阿瓦提乡45047人，克孜勒苏乡36040人，古勒鲁克乡22193人，玉代克力克乡15360人，兵团伽师总场12398人。
2014年10月20日，自治区政府（新政函[2014]183号）同意撤销夏普吐勒乡，设立夏普吐勒镇。调整后，全县辖3个镇、10个乡：巴仁镇、西克尔库勒镇、夏普吐勒镇、铁日木乡、英买里乡、江巴孜乡、卧里托格拉克乡、克孜勒博依乡、米夏乡、和夏阿瓦提乡、克孜勒苏乡、古勒鲁克乡、玉代克力克乡。