巴仁镇 县政府驻地。1953年设巴仁乡，1956年改镇，1966年属曙光公社，1984年设巴仁镇。位于县境中部，距喀什市76千米。面积27平方千米，人口2.6万，其中维吾尔族占72.6％，汉族占27.3％，辖巴仁、赛依哈纳、阔什科瑞克、叶尔羌开其克、琼巴格、阿热买里、英乌斯塘博依7个居委会。
西克尔库勒镇 原属卧里托格拉克乡管辖的戈壁小巴扎，1984年成立西克尔库勒镇。位于县城东北67千米。面积25平方千米，人口0.08万，其中维吾尔族占99.9％。乌（鲁木齐）喀（什）公路从镇内穿过。
铁日木乡 1961年属先锋公社，1971年更名城镇公社，1984年析设铁日木乡。位于县城北1.3千米。面积60.5平方千米，人口1.1万，均为维吾尔族，辖巴什铁日木、阿亚格铁日木、明克什拉克、兰干、仓、铁日克艾日克、托胡买里斯、尤库尔克恰央恰克提、托万克恰央恰克提、霍加艾日克、麦拉11个行政村。阿（图什）岳（普湖）公路过境。
英买里乡 1959年成立先锋公社，1961年与巴仁镇合并为第一区，下设七个公社，1966年为曙光公社，1971年改名排孜瓦提公社，1984年改设英买里乡。位于县城以东，距县城7千米。面积237平方千米，人口2.3万，其中维吾尔族占99.9％，辖库木艾日克、托万克库木艾日克、墩艾日克、巴格托格拉克、墩迪瓦依、巴什克皮及克、阿亚格克皮及克、阿迪拉、吐孜鲁克、英买里、阿亚格英买里、喀吾勒、尤库尔克兰干、托万克兰干、墩美其特、英阿瓦特、尤库尔克恰央恰克提、托万克恰央恰克提、结努曼英阿瓦提19个行政村。
江巴孜乡 1958年属先锋公社，1966年析建红旗公社，1971年改称江巴孜公社，1984年改乡。位于县城西南6千米。面积204平方千米，人口2.5万，其中维吾尔族占99.9％，辖阿克江巴孜、阿克吐尔、色日克托格拉克、玉吉米里克兰干、萨热依塔木、开普台尔巴格、艾格铁热克、恰喀、开旦木加依、铁热克艾日克、霍加艾日克、其维克、布鲁胡其、克孜勒吉依木、拍什塔克、墩恰喀尔、尤库日吐格曼贝希、尕勒、克其克江巴孜、尤库日尕勒、克其克布鲁胡其、琼江巴孜、喀拉喀什、尤库日仓、仓、阿亚格吐格曼贝希26个行政村。
卧里托格拉克乡 1958年成立卫星公社，1960年划归农三师伽师总场，1964年退还地方成立卧里托格拉克公社，1966年更名为红星公社，1984年改卧里托格拉克乡。位于县城以东，距县城52千米。面积514平方千米，人口2.9万，其中维吾尔族占99.9％，辖巴扎、卧里托格拉克、尤库尔克阔什库勒、塔格艾日克博依、阿亚格阔什库勒、托格拉克斯木、喀塔尔墩、喀让古鲁克、色日克托格拉克、阿吉日克勒克、托特库勒、巴什喀让古鲁克、布开纳、夏普吐勒买里斯、苏坎阿斯提、亚帕勒托格拉克、帕尔恰托格拉克、龙口、拜什吐普、肖尔杰依乃克、艾孜尼宁库木、乌堂、喀赞库勒、阿克代日亚、喀尕买里斯、英买里、喀拉尤勒滚、吐盖奥勒迪、尤干托格拉克、恰拉乌萨、阿亚格阿克达日亚31个行政村。
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