塔什库尔干,维吾尔语,意为“石头城”。因城北有古代石砌城堡而得名。
汉代为西域蒲犁国地,北魏至唐为喝盘陀国,又作渴盘陀。唐为疏勒镇下的葱岭守捉。宋、元属于阗,明代属叶尔羌。清光绪二十八年(1902年)设蒲犁分防厅,隶莎车府。1913年置蒲犁县,属喀什噶尔道。后属喀什行政区、喀什专区。1954年9月17日,撤销蒲犁县,成立塔什库尔干塔吉克自治县。1978年后属喀什地区。
1997年,塔什库尔干塔吉克自治县辖1个镇、11个乡:塔什库尔干镇、塔什库尔干乡、提孜那甫乡、达布达尔乡、塔合曼乡、科克亚尔柯尔克孜族乡、班迪尔乡、库科西鲁格乡、马尔洋乡、瓦恰乡、大同乡、布伦木沙乡。县政府驻塔什库尔干镇。
1999年,塔什库尔干塔吉克自治县辖1镇、11乡、2场:塔什库尔干镇、塔什库尔干乡、提孜那甫乡、塔合曼乡、柯克亚柯尔克孜民族乡、达布达尔乡、库克西力克乡、班迪尔乡、瓦恰乡、马尔洋乡、大同乡、布仑木沙乡、麻扎种羊场、巴扎达西提牧林场。年末总人口31276人,其中少数民族29480人,农村人口22906人。
2000年第五次人口普查,塔什库尔干塔吉克自治县常住总人口30454人,其中:塔什库尔干镇5112人、塔什库尔干乡4956人、塔合曼乡2685人、科克亚尔乡 905人、提孜那甫乡2590人、达布达尔乡3123人、马尔洋乡1856人、瓦恰乡2756人、班迪尔乡1389人、库科西鲁格乡2031人、布伦木沙乡754人、大同乡2297人。
2003年,塔什库尔干塔吉克自治县总面积24088.82平方千米,总人口33204人。辖2镇、11乡:塔什库尔干镇、塔吉克阿巴提镇、塔什库尔干乡、塔合曼乡、提孜那甫乡、达布达尔乡、马尔洋乡、瓦恰乡、班迪尔乡、库科西鲁格乡、布伦木沙乡、大同乡、科克亚尔柯尔克孜族乡。县政府驻塔什库尔干镇。
2010年第六次人口普查,塔什库尔干塔吉克自治县常住总人口37843人,其中:塔什库尔干镇8919人,塔吉克阿巴提镇3045人,塔什库尔干乡5345人,塔合曼乡2904人,科克亚尔柯尔克孜族乡958人,提孜那甫乡2869人,达布达尔乡2718人,马尔洋乡1928人,瓦恰乡2747人,班迪尔乡1589人,库科西鲁格乡1873人,大同乡1982人,麻扎尔种羊场629人,巴扎达什牧林场337人。