“拜”为突厥语“巴依”一词音译变音而来，意为富庶。拜城县境，汉时为姑墨国、龟兹国地，归西域都护统领。唐时，这里有两城：西一城为“阿悉言城”（今县城一带），即“拜”；东一城为“俱毗罗城”（今赛里木镇一带），即“赛里木”，均属姑墨州，为安西都护府下的龟兹都督府所治。元明为别失八里辖地。
直至清乾隆二十五年（1760年）仍设“巴依”和“赛里木”两城。光绪四年（1878年）两城均设善后局。光绪八年（1882年）两地合建拜城县，隶属温宿直隶州。光绪二十八年（1902年）隶温宿府。民国9年（1920年）为阿克苏行政区所辖九县之一。1929年后行政区划均属阿克苏地区。
1996年，拜城县辖2个镇、11个乡：拜城镇、铁热克镇、黑英山乡、克孜尔乡、赛里木乡、托克逊乡、亚吐尔乡、康旗乡、布隆乡、米吉克乡、温巴什乡、大桥乡、老虎台乡。
2000年第五次人口普查，拜城县常住总人口203665人，其中：拜城镇32677人、铁热克镇6493人、黑英山乡12252人、克孜尔乡8466人、赛里木乡14878人、托克逊乡15046人、亚吐尔乡16174人、康其乡15443人、布隆乡11221人、米吉克乡12648人、温巴什乡14935人、大桥乡8549人、老虎台乡10976人、大宛其农场5961人、察尔其农场15400人、拜城县种羊场2546人。
2003年，拜城县总面积15916.81平方千米，总人口204773人。辖4镇、10乡：拜城镇、铁热克镇、察尔齐镇、赛里木镇；托克逊乡、亚吐尔乡、康其乡、布隆乡、米吉克乡、温巴什乡、大桥乡、老虎台乡、黑英山乡、克孜尔乡。县政府驻拜城镇。
2010年第六次人口普查，拜城县常住总人口229252人，其中：拜城镇49207人，铁热克镇6479人，察尔齐镇18485人，赛里木镇15142人，黑英山乡12538人，克孜尔乡8516人，托克逊乡14530人，亚吐尔乡16870人，康其乡17290人，布隆乡9390人，米吉克乡14756人，温巴什乡15613人，大桥乡9963人，老虎台乡11997人，大宛其农场6515人，种羊场1961人。