“阿瓦提”系维吾尔语译音，意为“繁荣”。阿瓦提县城一带过去称“多浪”，是“多浪人”（古维吾尔部族）的故乡。后来大批农民移居到此，人口骤增，耕地益广，面貌日变，遂改名为阿瓦提。
汉属姑墨国。唐属姑墨州。清光绪九年（1883年）设阿克苏道，阿瓦提属阿克苏道管辖。1913年属阿克苏县三、四、五区，1922年设阿瓦提县佐。1930年置阿瓦提县，属阿克苏道，1933年后属阿克苏行政区行政长公署。1943年后属阿克苏行政督察专员公署。1950年正式成立阿瓦提县人民政府。之后一直属阿克苏专员公署、阿克苏地区行政公署辖。
1996年，阿瓦提县辖1个镇、7个乡：阿瓦提镇、阿依巴格乡、塔木托格拉克乡、乌鲁却勒乡、拜什艾日克乡、英艾日克乡、多浪乡、巴格托格拉克乡。
2000年第五次人口普查，阿瓦提县常住总人口209654人，其中：阿瓦提镇25041人、乌鲁却勒镇34975人、拜什艾日克镇33724人、阿依巴格乡23271人、塔木托格拉克乡16123人、英艾日克乡27266人、多浪乡6798人、巴格托格拉克乡3022人、良种繁育场1899人、丰收一场6139人、丰收三场10371人、兵团三团18445人、阿克苏监狱2580人。
2003年，阿瓦提县总面积13066.72平方千米，总人口211737人。辖3镇、5乡：阿瓦提镇、乌鲁却勒镇、拜什艾日克镇；阿依巴格乡、塔木托格拉克乡、英艾日克乡、多浪乡、巴格托格拉克乡。县政府驻阿瓦提镇。
2010年第六次人口普查，阿瓦提县常住总人口237562人，其中：阿瓦提镇34142人，乌鲁却勒镇41682人，拜什艾日克镇36982人，阿依巴格乡28730人，塔木托格拉克乡19505人，英艾日克乡31209人，多浪乡8740人，巴格托格拉克乡3717人，天丰种业有限责任公司2374人，新疆华孚恒丰有限责任公司6331人，新疆鲁泰棉业有限责任公司7025人，博斯坦牧场468人，阿克苏监狱3093人，兵团三团13564人，柯坪县44261人，柯坪镇8031人，盖孜力克乡12686人，玉尔其乡11085人，阿恰勒乡7309人，启浪乡5150人。
2013年1月23日，自治区政府（新政函[2013]17号）批复同意将阿瓦提县474.208平方千米区域划归阿拉尔市管辖。