1945年10月台湾正式归还。国民党政府接管台湾，考虑到地方自治的需要，乃将日本统治时期的五州三厅，改为八县，并将日本统治时期的11市改为9省辖市、2县辖市。其中，澎湖县管辖区域：东为马公区湖西乡良文港，位于东经119°42′54″；西为望安区望安乡花屿（查母屿）西端，位于东经119°18′3″；南为望安区大屿乡大屿，位于北纬23°9′40″；北为马公区白沙乡吉贝，位于北纬23°45′41″。共辖澎湖本岛、牛母件屿、大央屿、海墘岩、测天屿、虎井屿、桶盘屿、鸡笼屿、四角屿、查坡屿、查母屿、香炉屿、雁情屿、锭钩屿、鸡善屿、白沙岛、金屿、铁砧屿、姑婆屿、屈爪屿、毛司屿、北礁、小猫屿、白沙屿（系三小岛组成）、毛常屿、南面挂屿、鸟屿、中墩屿、小屿、尖屿、坪岐屿、草屿、土地公屿、白沙屿、鸡笼屿、大仓屿、白沙礁、员贝屿、草屿（由三小岛组成）、吉贝屿、险礁屿、过屿、目斗屿、渔翁岛、小门屿、八罩岛、马鞍山屿、金瓜仔、狗沙屿、将军澳屿、船帆屿、后帝仔、大屿、头巾、西屿坪、利间、东屿坪、钟仔屿、西吉屿、东吉屿、锄头屿、花屿、大猫屿、草屿（外包括二岩礁）等64个岛屿。面积满潮时为126.8642平方千米，退潮时为164.1165平方千米，人口65529人。管辖马公、望安二区，共6乡镇（1镇、5乡）。县政府于1946年1月20日正式成立，县政府设于马公区马公镇光复里。
1946年初，撤销马公区。1946年6月，撤销望安区。1949年7月20日，大屿乡更名为七美乡。
www.xzqh.org 1950年台湾省调整各县市行政区域，澎湖县行政区域照旧。县政府设于马公镇。管辖马公镇及湖西、白沙、西屿、望安、七美等5乡，合计6乡镇。人口74126人，面积126.8641平方千米。管辖区域：东为湖西乡查母屿东端，位于东经119°42′54″；西为望安乡花屿西端，位于东经119°18′3″；南为七美乡七美屿南端，于北纬23°9′40″；北为白沙乡目斗屿北端，位于北纬23°45′41″。
1981年12月25日，马公镇改制为县辖市马公市。
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