芮城商末为芮国。春秋时桓公三年（公元前709年），芮伯万为其母所逐出奔魏，筑城居之，因名芮城。战国时属魏国，秦属河东郡。西汉于今城关东北3千米置河北县，属河东郡。后秦于县置河北郡，县属之。北魏太和十一年（487）河北郡治徙今平陆县境。西魏于今城关东5千米东张村置安戎县，属河北郡。
北周明帝二年（558）安戎县改芮城县。武成二年（560）河北县改永乐县，于县置永乐郡，与芮城县俱属之。保定二年（562）永乐县废入芮城县。天和二年（567）徙治今城关。隋改属河东郡。唐武德元年（618）析芮城县地复置永乐县；二年于芮城县置芮州，二县俱属之，七年永乐县治徙今城关西南20千米永乐镇故址。贞观元年（627）废芮州，芮城县属陕州；永乐县属鼎州，后次第属蒲州、河中府。
宋熙宁六年（1073）废永乐县。金芮城县属解州。元世祖至元年间芮城县废入平陆县，元贞年间复置，仍属解州。民国初年废州，县改属河东道，道废后直属省。1947年以芮城与永济2县部分地区复置永乐县，属太岳行署三分区，1949年并入永济县；芮城县属晋南区运城分区，隶陕甘宁边区。后复归山西省，属运城专区。1954年属晋南专区。1967年属晋南地区。1970年属运城地区。
1997年末，芮城县面积1161平方千米。总人口363845人，其中农业人口335590人。辖6个镇、10个乡：城关镇、陌南镇、永乐镇、风陵渡镇、西陌镇、大王镇、岭底乡、东垆乡、大禹渡乡、南卫乡、学张乡、古仁乡、阳城乡、杜庄乡、汉渡乡、中瑶乡。共有310个行政村，723个自然村。
2000年第五次人口普查，芮城县常住总人口372773人，其中，城关镇71328人，风陵渡镇36338人，陌南镇28168人，西陌镇20708人，永乐镇15140人，大王镇22796人，阳城镇22911人，岭底乡15481人，东垆乡20632人，南卫乡27670人，大禹渡乡6240人，学张乡21123人，古仁乡15872人，杜庄乡15170人，汉渡乡14287人，中天乡18909人。
2001年，城关镇更名为古魏镇；中瑶乡、汉渡乡并入风陵渡镇；岭底乡并入陌南镇；杜庄乡并入阳城镇；大禹渡乡并入南卫乡；撤销古仁乡，尚村、陈常、古仁、大阳、樊庄5村并入大王镇，王涧、杜家2村并入学张乡，许湾、新村、南张、杜村、郑家、杨沟、沟渠头、蔡村、曹家、李湾10村并入永乐镇。区划调整后，全县辖7个镇、3个乡：古魏镇、风陵渡镇、陌南镇、西陌镇、永乐镇、大王镇、阳城镇、东垆乡、南卫乡、学张乡。共有310个行政村，707个自然村。
2010年第六次人口普查，芮城县常住总人口394849人，其中，古巍镇91225人，风陵渡镇63518人，陌南镇43851人，西陌镇21656人，永乐镇22205人，大王镇29237人，阳城镇36554人，东垆乡20001人，南磑乡30615人，学张乡23798人，风陵渡经济开发区12189人。
2015年末，芮城县辖7个镇、3个乡（合计10个），8个居委会、172个村委会（合计180个）。