唐万岁通天元年（696年）析丰阳县地于今柞水县置安业县；乾元元年（758年）更名乾元县；永泰元年（765年）县治被羌族烧毁，迁治于城西；长庆二年（822年）迁回旧址；光启二年（886年）又迁治城西北玉谷；龙纪元年（889年）复迁回旧城。五代后汉乾祐二年（949年）又改名乾祐县，属京兆府。金初降县为镇，辖地入咸宁县。蒙古至元十三年（1276年）设乾祐巡检司，后废。
清乾隆四十七年（1782年）分咸宁、蓝田、镇安三县地，于今药王乡大山岔置孝义厅，属西安府；嘉庆七年（1802年）治迁今址。1913年撤厅设孝义县。1915年改为柞水县，以城西柞水河得名，属关中道。1949年11月20日全县解放，12月1日成立柞水县人民政府。1950年属商洛专区。1958年撤销县制并入镇安县，1961年复设柞水县。1969年属商洛地区。2001年属商洛市。
1996年，柞水县面积2333平方千米，人口15.4万人。辖2镇34乡：乾佑镇、凤凰镇、周塬乡、石瓮乡、杜家村乡、下梁乡、西川乡、七坪乡、黄金乡、皂河乡、宽坪乡、杏坪乡、肖台乡、云蒙乡、铁佛乡、柴庄乡、小岭乡、红岩寺乡、万青乡、黄土砭乡、 张家坪乡、穆家庄乡、瓦房口乡、马家台乡、九间房乡、窑镇乡、银碗乡、丰北河乡、高桥乡、红石乡、曹坪乡、药王乡、老林乡、太河乡、龙潭乡、两河乡。县政府驻乾佑镇。
1997年，撤销风镇、红岩寺、蔡玉窑、石镇、营盘等5个区公所的建制，撤销七坪乡并入乾佑镇，撤销周垣乡、宽坪乡并入凤凰镇，撤销小岭乡、黄金乡合并设立小岭镇，撤销万青乡？、红岩寺乡设立红岩寺镇，撤销曹坪乡、红石乡？合并设立曹坪镇，撤销窑镇乡、银碗乡合并设立蔡玉窑镇，撤销下梁乡、西川乡合并设立下梁镇，撤销石翁乡、杜家村乡合并设立石翁镇，撤销药王乡、龙潭乡合并设立营盘镇，撤销黄土砭乡并入张家坪乡，撤销穆家庄乡并入瓦房口乡，撤销高桥乡并入丰北河乡，撤销太河乡并入老林乡，撤销铁佛乡、云蒙乡并入杏坪乡。调整后，柞水县辖9个镇、11个乡。
2000年第五次人口普查，柞水县常住总人口158421人，其中：乾佑镇22686人，营盘镇4548人，下粱镇11255人，石瓮镇6568人，小岭镇12078人，凤凰镇14378人，红岩寺镇9615人，曹坪镇6096人，蔡玉窑镇7567人，老林乡3527人，两河乡808人，皂河乡3912人，杏坪乡12460人，柴庄乡5644人，肖台乡6112人，张家坪乡7716人，马家台乡6731人，瓦房口乡8266人，九间房乡4258人，丰北河乡4196人。
2001年，撤销老林乡并入营盘镇，撤销皂河乡并入凤凰镇，撤销张家坪乡并入红岩寺镇，撤销杏坪乡、肖台乡合并设立杏坪镇。调整后，柞水县辖10个镇、6个乡：乾佑镇、营盘镇、下梁镇、石瓮镇、小岭镇、凤凰镇、红岩寺镇、曹坪镇、蔡玉窑镇、杏坪镇、两河乡、柴庄乡、马家台乡、瓦房口乡、九间房乡、丰北河乡。共有120个村。
2010年第六次人口普查，柞水县常住总人口153398人，其中：乾佑镇27137人，营盘镇7572人，下梁镇13916人，石瓮镇6357人，小岭镇11412人，凤凰镇17850人，红岩寺镇13677人，曹坪镇5115人，蔡玉窑镇6704人，杏坪镇17464人，两河乡650人，柴庄乡5513人，马家台乡5773人，瓦房口乡7361人，九间房乡3369人，丰北河乡3528人。
2011年，撤销两河乡并入营盘镇，撤销九间房乡并入曹坪镇，撤销马家台乡、瓦房口乡合并设立瓦房口镇，撤销柴庄乡设立柴庄镇，撤销丰北河乡设立丰北河镇。调整后，柞水县辖13个镇：乾佑镇、营盘镇、下梁镇、石瓮镇、小岭镇、凤凰镇、红岩寺镇、曹坪镇、蔡玉窑镇、杏坪镇、柴庄镇、瓦房口镇、丰北河镇。
2012年末，柞水县面积2363.3平方千米，户籍人口158555人，常住人口15.34万人。2013年末，柞水县辖13个镇，共有2个社区、120个行政村，县政府驻乾佑镇。
根据陕民发[2014]57号、陕民发[2015]9号、商政民发[2015]15号文件，撤销乾佑镇，设立乾佑街道，街道办事处驻乾佑街；撤销柴庄镇，并入杏坪镇，镇政府驻霍家台；撤销丰北河镇，并入营盘镇，镇政府驻营盘街；撤销石瓮镇，并入下梁镇，镇政府驻沙坪村；撤销蔡玉窑镇，并入曹坪镇，镇政府驻曹坪街；在原柴庄镇、丰北河镇、石瓮镇、蔡玉窑镇政府所在地分别设立便民服务中心；全县撤并41个村，村改居委会11个，保留65个村、16个社区居委会。调整后，柞水县辖乾佑1个街道和营盘、下梁、小岭、凤凰、红岩寺、曹坪、杏坪、瓦房口8个镇，共有65个行政村、16个社区。