《郡县释名》陕西卷上：“曰商南者，在商州之南也。”汉为商县地。北魏景明元年（500年）析商县地于今皂角铺置南商县，并于县置苌和郡。北周天和六年（571年）之前改苌和郡为慎政郡。隋开皇初撤销郡、县，为上洛县地。
金为上洛县地。元为商州地。明成化十三年（1477年）于旧址设商南县，十七年治今城关镇，属商州。1914年属关中道。1928年直属省。1950年5月属商洛专区。1969年属商洛地区。2001年属商洛市。
1996年，商南县面积2307平方千米，人口23.3万人。辖4镇33乡：城关镇、富水镇、赵川镇、试马镇、挡马乡、曹营乡、 张家岗乡、五里铺乡、徐家店乡、龙窝乡、青山乡、新庙乡、湘河乡、双庙岭乡、魏家台乡、水沟乡、文化坪乡、汪家店乡、店坊河乡、三官庙乡、石柱河乡、余家棚乡、十里坪乡、梁家坟乡、白鲁础乡、太吉河乡、柳树湾乡、江西沟乡、毕家湾乡、太子坪乡、耀岭河乡、开河乡、梁家湾乡、清油河乡、清泉乡、两岔河乡、沙坪乡。县政府驻城关镇。
1997年，撤销赵川区、湘河区、富水区、东岗区、永青区、白玉区6个区公所的建制，撤销五里铺乡、曹营乡、张家岗乡并入城关镇，撤销店坊河乡、三官庙乡并入赵川镇，撤销龙窝乡并入富水镇，撤销双庙岭乡、湘河乡合并设立湘河镇，撤销柳树湾乡、徐家店乡合并设立过风楼镇，撤销梁家湾乡、开河乡合并设立梁家湾镇，撤销太吉河乡、太子坪乡合并设立太吉河镇，撤销汪家店乡设立白浪镇，撤销梁家坟乡并入石柱河乡，撤销余家棚乡并入十里坪乡，撤销文化坪乡并入魏家台乡，撤销耀岭河乡并入水沟乡，撤销新庙乡并入青山乡，撤销沙坪乡并入两岔河乡，撤销江西沟乡并入毕家坪乡。调整后，商南县辖9个镇、11个乡。
2000年第五次人口普查，全县常住总人口227636人，其中：城关镇43310人，富水镇21979人，湘河镇13031人，白浪镇6924人，赵川镇12733人，粱家湾镇9095人，太吉河镇7445人，过风楼镇14804人，试马镇12678人，青山乡11513人，魏家台乡6736人，十里坪乡6562人，白鲁础乡6353人，石柱河乡6872人，水沟乡7410人，毕家湾乡8589人，党马乡11812人，清泉乡6424人，清油河乡8454人，两岔河乡4912人。
2001年，撤销十里坪乡、石柱河乡设立十里坪镇，撤销毕家坪乡并入太吉河镇，撤销清油河乡、两岔河乡设立清油河镇，撤销清泉乡并入试马镇。调整后，商南县辖11个镇、5个乡：城关镇、富水镇、湘河镇、白浪镇、赵川镇、梁家湾镇、太吉河镇、过风楼镇、试马镇、清油河镇、十里坪镇、青山乡、魏家台乡、白鲁础乡、水沟乡、党马乡。
2010年第六次人口普查，商南县常住总人口221569人，其中：城关镇55837人，富水镇21753人，湘河镇11165人，白浪镇6228人，赵川镇11700人，梁家湾镇7702人，太吉河镇15458人，过风楼镇13443人，试马镇15310人，清油河镇11657人，十里坪镇11487人，青山乡10153人，魏家台乡5780人，白鲁础乡5535人，水沟乡6735人，党马乡11626人。
2011年，撤销党马乡并入城关镇，撤销白鲁础乡并入十里坪镇，撤销梁家湾镇、太吉河镇合并设立金丝峡镇，撤销青山乡设立青山镇，撤销水沟乡设立水沟镇，撤销魏家台乡设立魏家台镇。调整后，商南县辖13个镇：城关镇、富水镇、湘河镇、白浪镇、赵川镇、金丝峡镇、过风楼镇、试马镇、清油河镇、十里坪镇、青山镇、魏家台镇、水沟镇。
2012年末，商南县面积2313.8平方千米，户籍人口243699人，常住人口22.18万人。2013年末，商南县辖13个镇，共有3个社区、164个行政村，县政府驻城关镇。
根据陕民发[2014]57号、陕民发[2015]9号、商政民发[2015]15号文件，撤销城关镇，设立城关街道，街道办事处驻长新路社区；撤销白浪镇，并入湘河镇，镇政府驻湘河村；撤销魏家台镇，并入赵川镇，镇政府驻前川村；撤销水沟镇，并入过风楼镇，镇政府驻徐家店村；在原白浪镇、魏家台镇、水沟镇政府所在地分别设立便民服务中心；全县撤并44个村，村改居委会19个，保留101个村、23个社区。调整后，商南县辖城关1个街道和清油河、试马、金丝峡、十里坪、赵川、富水、湘河、过风楼、青山9个镇，共有101个行政村、23个社区。