1997年，撤销夜村区、北宽坪区、沙河子区、杨峪河区、黑山区、杨斜区、黑龙口区、大荆区、板桥区等9个区公所的建制，撤销城关镇，设立城关镇街道，撤销梁铺乡设立赵峪镇街道，撤销陈塬乡设立陈塬镇街道，撤销会峪乡、张墹乡并入夜村镇，撤销东峪乡、砚川乡并入大荆镇，撤销管家坪乡并入金陵寺镇，撤销林岔河乡并入杨斜镇，撤销铁炉子乡、韩峪川乡并入黑龙口镇，撤销北宽坪乡、广东坪乡、韩子坪乡合并设立北宽坪镇，撤销孝义乡、两岔口乡合并设立孝义镇，撤销白杨店乡、两水寺乡合并设立白杨镇，撤销张村乡、碾子凹乡合并设立张村镇，撤销沙河子乡、看山寺乡合并设立沙河子镇，撤销黑山乡、药王坪乡合并设立黑山镇，撤销麻街乡、肖塬乡合并设立麻街镇，撤销杨峪河乡、土门庵乡、仁治乡合并设立杨峪河镇，撤销腰市乡、郭村乡合并设立腰市镇，撤销板桥乡、水道河乡合并设立板桥镇，撤销牧护关乡设立牧护关镇，撤销引龙寺乡、火神庙乡并入三岔河乡。调整后，商州市辖4个街道、13个镇、17个乡。
2000年第五次人口普查，商州市常住总人口530883人，其中：城关街道79055人、大赵峪街道18096人、陈塬街道14421人、刘湾街道17688人、孝义镇14376人、夜村镇16699人、白杨店镇19170人、张村镇16296人、沙河子镇16495人、杨峪河镇24593人、金陵寺镇20309人、黑山镇14124人、扬斜镇11626人、麻街镇16826人、黑龙口镇20157人、牧护关镇9789人、大荆镇27994人、腰市镇17056人、板桥镇14332人、北宽坪镇10675人、西涧乡10244人、三十里铺乡5778人、上官坊乡7007人、砚池河乡3741人、松树嘴乡6714人、麻池河乡11838人、牛槽乡6377人、东岳庙乡4621人、阎村乡6321人、三岔河乡13836人、红门河乡8933人、西荆乡13024人、李庙乡11916人、马角山乡3902人、蒲峪乡5714人、龙王庙乡6693人、大河面乡4447人。
2001年，撤销大河面乡并入北宽坪镇，撤销松树嘴乡并入杨峪河镇，撤销三十里铺乡、三贤乡并入刘湾街道，撤销马角乡并入腰市镇，撤销西墹乡并入沙河子镇，撤销东岳庙乡并入杨斜镇，撤销牛槽乡并入砚池河镇。调整后，商州区辖4个街道、16个镇、10个乡：城关街道、大赵峪街道、陈塬街道、刘湾街道、孝义镇、夜村镇、白杨店镇、张村镇、沙河子镇、杨峪河镇、金陵寺镇、黑山镇、杨斜镇、麻街镇、黑龙口镇、牧护关镇、大荆镇、腰市镇、板桥镇、北宽坪镇、上官坊乡、砚池河乡、麻池河乡、阎村乡、三岔河乡、红门河乡、西荆乡、李庙乡、蒲峪乡、龙王庙乡。
2010年第六次人口普查，商州区常住总人口531696人，其中：城关街道105851人，大赵峪街道22126人，陈塬街道14937人，刘湾街道23579人，孝义镇13754人，夜村镇15163人，白杨店镇18658人，张村镇16146人，沙河子镇27381人，杨峪河镇27971人，金陵寺镇20196人，黑山镇12670人，杨斜镇14804人，麻街镇14537人，黑龙口镇17900人，牧护关镇8428人，大荆镇26702人，腰市镇20144人，板桥镇11828人，北宽坪镇14386人，上官坊乡4633人，砚池河乡9421人，麻池河乡10981人，闫村乡4667人，三岔河乡11410人，红门河乡7851人，西荆乡11651人，李庙乡11932人，蒲峪乡5441人，龙王庙乡6548人。
2011年，撤销红门河乡并入黑龙口镇，撤销孝义镇、白杨店镇并入夜村镇，撤销张村镇并入沙河子镇，撤销李庙乡并入腰市镇，撤销蒲峪乡、龙王庙乡并入板桥镇；撤销砚池河乡、麻池河乡、西荆乡、三岔河乡、上官坊、阎村乡乡的建制，相应设立镇的建制。调整后，商州区辖4个街道、19个镇：城关街道、大赵峪街道、陈塬街道、刘湾街道、夜村镇、沙河子镇、杨峪河镇、金陵寺镇、黑山镇、杨斜镇、麻街镇、黑龙口镇、牧护关镇、大荆镇、腰市镇、板桥镇、北宽坪镇、上官坊镇、砚池河镇、麻池河镇、阎村镇、三岔河镇、西荆镇。共22个社区、396个行政村。
2012年末，商州区面积2644.6平方千米，户籍人口554086人，常住人口53.17万人。2013年末，商州区辖4个街道、19个镇，共有31个社区、384个行政村，区政府驻南街。
根据陕民发[2014]57号、陕民发[2015]9号、商政民发[2015]15号文件，撤销麻池河镇、砚池河镇，并入杨斜镇，镇政府驻杨斜村；撤销上官坊镇，并入闫村镇，镇政府驻闫村；撤销西荆镇，并入大荆镇，镇政府驻大荆村；撤销牧护关镇、黑龙口镇，合并为牧护关镇，镇政府驻街道村（本次并村前为后街村）；在原麻池河镇、砚池河镇、牧护关镇、上官坊镇、西荆镇政府所在地分别设立便民服务中心；全区撤并132个村，保留31个社区、253个村。调整后，商州区辖城关、大赵峪、刘湾、陈塬4个街道和北宽坪、夜村、沙河子、杨峪河、金陵寺、杨斜、黑山、闫村、麻街、三岔河、牧护关、大荆、腰市、板桥14个镇，共有31个社区、253个行政村。