北周置商州，以境内商山得名。据《太平寰宇记》：“取古商于之地为名。”春秋属晋，于今址设上洛邑。西汉元鼎四年（公元前113年）于今址设上洛县，因位于洛河上游，故名，属弘农郡。东汉封王遵为上洛侯于此，称上洛侯国。三国魏复设上洛县。西晋泰始二年（266年）于县治兼设上洛郡。北魏太延五年（439年）又兼设荆州，太和十七年（493年）改荆州为洛州。北周宣政元年（578年）洛州改名商州。
隋开皇三年（583年）废上洛郡，改属商州，旋上洛郡和商州更替设立而变更归属。蒙古至元元年（1264年）废上洛县，辖地归商州直辖。明洪武七年（1374年）降商州为商县，属华州；成化十三年（1477年）升县为商州。1913年废州改商县。1914年属关中道。1928年直属省。1949年属商雒分区。1950年属商雒专区。1958年撤销丹凤县，分武关以西地划归商县，1961年复设丹凤县时原区域划归。
1969年属商洛地区，为地区行署驻地。1988年6月撤县设商州市（县级）。2001年8月31日，国务院批准（国函[2001]94号）：撤销商洛地区和县级商州市，设立地级商洛市；商洛市设立商州区，以原县级商州市的行政区域为商州区的行政区域，区政府驻南大街。
1990年，沙河子区位于市区东南9.4千米，区公所驻地沙河子乡，东与夜村、北宽坪两区相接，西界杨峪河区，南邻黑山区，北依板桥区，总面积192平方千米，辖沙河子乡、张村乡、西墹乡、梁铺乡、三贤乡、看山寺乡，81个行政村，417个村民小组，共12187户51196人；夜村区位于市区东30千米，区公所驻地夜村街，东邻丹凤县棣花乡，西接沙河子区，南连山阳县火神庙乡，北界北宽坪区，总面积253平方千米，辖夜村镇、孝义乡、两岔口乡、两水寺乡、白杨店乡、会峪乡、张墹乡，59个行政村，353个村民小组，共42760人；北宽坪区位于市区东北48千米，区公所驻地北宽坪乡，东邻丹凤县庾岭区，西依板桥区，南界夜村区，北接洛南县景村区，总面积186平方千米，辖北宽坪乡、大河面乡、碾子凹乡、广东坪乡、韩子坪乡，32个行政村，180个村民小组，共17844人；杨峪河区位于商州市中部，地处市区西南5.5千米，总面积354平方千米，辖金陵寺镇、杨峪河乡、土门庵乡、仁治乡、陈塬乡、刘湾乡、管家坪乡、三十里铺乡，102个行政村，581个村民小组，共73323人；黑山区位于市区西南35千米，区公所驻地黑山街，东邻沙河子区和山阳县过风楼区，西接柞水县红岩寺区，南界山阳县城关镇，北依杨峪河区，总面积283平方千米，辖黑山乡、上官坊乡、闫村乡、松树嘴乡、药王坪乡、砚池河乡，50个行政村，386个村民小组，共34348人；杨斜区位于市区西24千米，区公所驻地杨斜镇，东连杨峪河、黑山区，西界柞水县、蓝田县，南邻黑山区和柞水县，北接黑龙口、杨峪河区，总面积401平方千米，辖杨斜镇、麻池河乡、牛槽乡、林岔河乡、东岳庙乡，53个行政村，312个村民小组，共32971人；黑龙口区位于市区西北26千米，区公所驻地黑龙口镇后街，北邻大荆区，西界蓝田县，南接杨斜区，总面积418平方千米，辖黑龙口镇、麻街乡、肖塬乡、火神庙乡、三岔河乡、引龙寺乡、洪门河乡、韩峪川乡、铁炉子乡、牧护关乡，1个居委会、85个行政村，2个居民小组、489个村民小组，共12990户62154人；板桥区位于市区西北16千米，区公所驻地板桥街，东接洛南县永丰区，西北邻黑龙口和大荆区，南连沙河子区，总面积167平方千米，辖板桥乡、龙王庙乡、水道河乡、蒲峪乡、郭村乡，52个行政村，313个村民小组，共6507户29093人；大荆区位于市区西北45千米，区公所驻地大荆镇，东依板桥区和洛南县永丰区，西连黑龙口区和蓝田县灞塬，南邻黑龙口区，北接洛南县保安区，总面积372平方千米，辖大荆镇、砚川乡、腰市乡、李庙乡、马角山乡、东峪乡、西荆乡，1个居委会、87个行政村，510个村民小组，共13968户41483人。（根据商州市志）
1996年，商州市面积2672平方千米，人口54.4万人。设有9个区公所，辖6镇54乡：城关镇、夜村镇、金陵寺镇、大荆镇、黑龙口镇、杨斜镇、北宽坪乡、碾子凹乡、广东坪乡、韩子坪乡、大河面乡、黑山乡、上官坊乡、阎村乡、药王坪乡、砚池河乡、松树嘴乡、两岔口乡、孝义乡、张墹乡、两水寺乡、白杨店乡、会峪乡、铁炉子乡、牧护关乡、火神庙乡、引龙寺乡、三岔河乡、韩峪川乡、肖塬乡、红门河乡、麻街乡、三十里铺乡、土门庵乡、管家坪乡、仁治乡、陈塬乡、刘湾乡、杨峪河乡、砚川乡、腰市乡、马角乡、李庙乡、西荆乡、东峪乡、沙河子乡、张村乡、梁铺乡、三贤乡、西墹乡、看山寺乡、板桥乡、水道河乡、龙王庙乡、郭村乡、蒲峪乡、麻池河乡、林岔河乡、东岳庙乡、牛槽乡。市政府驻城关镇。