唐朝武德元年（618年），长江口外海面上东沙西沙两岛开始出露。以后许多沙洲时东时西、忽南忽北涨坍变化，至明末清初，始连成一个崇明大岛。万岁通天元年（696年）初，始有人在岛上居住。神龙元年（705年），在西沙设镇，取名为崇明（“崇”为高，“明”为海阔天空，“崇明”意为高出水面而又平坦宽阔的明净平地）。
南宋嘉定十五年（1222年）设天赐盐场，隶通州。元至元十四年（1277年）升为崇明州，隶扬州路。明洪武二年（1396年）由州降为县，先隶扬州路，后隶苏州府，兼隶太仓州。民国时期，先后隶属江苏南通、松江。解放后，隶属江苏南通专区。1958年12月1日，崇明县划归上海市管辖。2016年撤销崇明县，设立上海市崇明区。
1949年6月，崇明县解放时，县政府属苏北人民行政公署南通专员公署领导。并沿用原来的区、乡、镇区划。全县由西向东设二、一、三、四等4个区、2个镇，下辖21个乡。其中一区辖5个乡，二区辖5个乡，三区辖5个乡，四区辖6个乡。1950年5月，将原来的4个区改划为三星、庙镇、城桥、长兴、新河、堡镇、向化、陈镇等8个区、2个县属镇，下辖67个乡、3个镇；其中三星区辖6个乡，庙镇区辖6个乡、1个镇，城桥区辖10个乡，长兴区辖8个乡，新河区辖12个乡、1个镇，堡镇区辖6个乡，向化区辖10个乡，陈镇区辖9个乡、1个镇。1952年7月，对原8个区改为三星、庙镇、城桥、城北、长兴、竖河、新河、堡镇、堡北、向化、陈镇等11个区，下辖3个区属镇、107个乡；其中三星区辖10个乡，庙镇区辖12个乡、1个镇，城北区辖16个乡，长兴区辖13个乡，新河区辖10个乡、1个镇，竖河区辖9个乡，堡北区辖10个乡，向化区辖13个乡，陈镇区辖14个乡、1个镇。
1956年2月，调整为庙镇、城北、新河、向化等4个区，城桥和堡镇2个县属镇，下辖46个乡、3个镇；其中庙镇区辖11个乡、1个镇，城北区辖11个乡，新河区辖11个乡、1个镇，向化区辖13乡、1个镇。1957年9月实行撤区并乡，设三星、海桥、庙镇、合作、江口、港西、城西、城北、城东、建设、大同、新民、泽露、三烈、大新、堡镇、马桥、五效、合兴、向化、汲浜、陈镇、裕安等23个乡，城桥和堡镇2个县属镇。1958年9月，设立三星、海桥、庙镇、合作、江口、港西、城西、城北、城东、建设、大同、新民、泽露、三烈、大新、堡镇、马桥、五效、合兴、向化、汲浜、陈镇、裕安等23个公社，城桥镇、堡镇镇仍为县属镇。1959年5月，改设三星、海桥、庙镇、合作、江口、港西、城桥、城北、城东、建设、大同、新河、新民、竖河、大新、堡镇、马桥、五效、合兴、向化、汲浜、陈镇、裕安等23个公社，城桥镇、堡镇镇仍为县属镇。
1966年7月增建渔业人民公社，1972年7月增建县新建副业场。1973年3月，将八个公社的垦区合并建立新村公社。1980年11月，新建副业场改为绿华农工商联合公司。1984年2月，实行政社分设，建立绿华、新村、三星、海桥、庙镇、合作江口、港西、城桥、港东、鳌山、建设、大同、新河、新民、竖河、大新、堡镇、港沿、五效、合兴、向化、汲浜、陈家镇、裕安、新渔等26个乡；城桥镇和堡镇镇仍为县属镇；政社分设后人民公社即为集体经济组织，不再兼负政权职能（1987年2月至4月，全县各公社体制先后撤销）。1986年8月，新河乡改建为县属新河镇。至此，全县共有25个乡、3个县属镇。1991年3月，建立团结沙农场。1993年7月，经上海市政府批准：撤销城桥镇与城桥乡，设立新的城桥镇；撤销堡镇镇与堡镇乡，设立新的堡镇镇。
1994年2月，经上海市政府批准：原裕安、向化、竖河、江口、庙镇等5个乡撤乡建镇，建立裕安镇、向化镇、竖新镇、江口镇、庙镇镇，实行镇管村体制。1994年，经上海市政府批准，撤销新渔乡建制，将7个渔民村和10家乡办工业，就地归属陈家镇、五效、向化、汲浜、堡镇、城桥等6个乡镇管理。1995年2月，经上海市政府批准：原鳌山、汲浜、陈家镇、绿华、港沿、新民、大新、三星等8个乡撤乡建镇，建立侯家镇、中兴镇、陈家镇、港沿镇、新民镇、大新镇、三星镇，实行镇管村体制。1995年11月，经上海市政府批准：原大同、港西、建设、合作等4个乡撤乡建镇，建立大同镇、港西镇、建设镇、合作镇，实行镇管村体制。至此，全县面积1160平方千米，人口约65.7万人。辖20镇5乡，岛上有8个市属国有农场和2个军垦农场。县政府驻城桥镇。