1996年8月12日，撤销高集乡，设立高集镇（鲁政函民字[1996]41号）。
1996年，东阿县面积762平方千米，人口38.6万人。辖5个镇、9个乡：铜城镇、刘集镇、牛角店镇、大桥镇、姜楼乡、顾官屯乡、单庄乡、黄屯乡、关山乡、杨柳乡、高集镇、姚寨乡、大李乡、陈集乡。县政府驻铜城镇。
2000年第五次全国人口普查，东阿县总人口413735人，其中：铜城镇71903人，刘集镇43306人，牛角店镇31508人，大桥镇21367人，高集镇26895人，关山乡24371人，单庄乡27622人，黄屯乡25949人，姜楼乡27588人，顾官屯乡36699人，陈集乡24939人，杨柳乡15852人，姚寨乡17175人，大李乡18561人。
2002年5月14日，省政府批复同意：东阿县撤销顾官屯乡，设立顾官屯镇；撤销姚寨乡，设立姚寨镇。以上2乡撤乡设镇后，其行政区域和人民政府驻地不变。2002年底，东阿县辖8个镇、2个乡。
2003年10月8日，撤销铜城镇，设立铜城街道办事处和新城街道办事处，铜城街道办事处机关驻铜鱼路8号（原铜城镇人民政府驻地），新城街道办事处机关驻金光路7号。至此，东阿县辖2个街道、7个镇、2个乡：铜城街道、新城街道、刘集镇、牛角店镇、大桥镇、高集镇、姜楼镇、顾官屯镇、姚寨镇、单庄乡、陈集乡。
2006年11月，根据聊城市政府《关于将东阿县单庄乡更名为鱼山乡的通知》（聊政字[2006]151号）精神，单庄乡更名为鱼山乡。
2007年底，全县总面积799平方千米。总人口42.64万人，其中城镇人口11.59万人，人口城镇化率27.18％。有少数民族22个，598人。辖2个街道、7个镇、2个乡，559个行政村（居委会）。
2010年，将东阿县顾官屯镇划归聊城市经济开发区管理；撤销鱼山乡，设立鱼山镇。截至2010年末，全县辖2个街道、7个镇、1个乡：铜城街道、新城街道、刘集镇、牛角店镇、大桥镇、高集镇、姜楼镇、姚寨镇、鱼山镇、陈集乡。县政府驻铜城街道。
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