春秋属鲁。秦置爱戚城，属砀郡。东汉废爱戚城，置金乡县，治今城南17千米阿城铺，属山阳郡。三国魏因之。金皇统七年（1147）析任城、巨野置嘉祥县。相传春秋时期鲁哀公西取狩猎获一麒麟，取嘉美祥瑞之意，而得“嘉祥”之名。初治山口镇（今城西12千米酒庄）。大定十五年徙至今治。
元属济宁路总管府，明属山东布政使司济宁州。清属济宁直隶州。1914年属济宁道，1925年属兖济道，1936年属山东省第一行政督察署。1946年属冀鲁豫行署第七专区，1949年属平原省湖西专区，1952年平原省撤销后，划入山东省济宁专区。1958年划为嘉祥市和郓城、巨野、金乡三县。1963年复置，属济宁地区。1983年属济宁市。
1990年1月1日，嘉祥县的核桃园乡划归巨野县管辖。1997年1月29日，大山头镇更名为卧龙山镇（鲁政函民字[1997]5号）。至此，嘉样县面积973平方千米，人口约70.4万人。辖5个镇、13个乡：嘉祥镇、卧龙山镇、梁宝寺镇、纸坊镇、疃里镇、黄垓乡、桐庄乡、老僧堂乡、红运乡、大张楼乡、马村乡、孟姑集乡、万张乡、新挑河乡、仲山乡、马集乡、王堌堆乡、满硐乡。县政府驻嘉祥镇。
1997年6月10日，撤销马村乡，设立马村镇（鲁政函民字[1997]27号）。1999年7月23日，撤销王固堆乡，设立金屯镇（鲁政函民字[1999]19号）。至此，嘉样县辖7个镇、11个乡。
2000年第五次人口普查，嘉样县总人口761086人，其中：嘉祥镇88053人，纸坊镇73946人，卧龙山镇61330人，梁宝寺镇48327人，疃里镇57395人，马村镇40227人，金屯镇58347人，新挑河乡24332人，马集乡35503人，满硐乡30383人，仲山乡54896人，孟姑集乡36090人，老僧堂乡38365人，黄垓乡30465人，桐庄乡10824人，红运乡13394人，大张楼乡20916人，万张乡38293人。
2000年12月1日，山东省政府（鲁政函民字[2000]70号）批准：撤销桐庄乡，将其行政区域并入梁宝寺镇；撤销新挑河乡，将其行政区域并入嘉祥镇；撤销大张楼乡、红运乡，合并设立大张楼镇，镇政府驻原大张楼乡政府驻地。至此，嘉样县辖8个镇、7个乡：嘉祥镇、纸坊镇、卧龙山镇、梁宝寺镇、疃里镇、马村镇、金屯镇、大张楼镇、马集乡、满硐乡、仲山乡、盂姑集乡、老僧堂乡、黄垓乡、万张乡。
嘉样县总面积968平方千米，总人口792083人，辖8个镇、7个乡，5个居委会、709个村委会，762个自然村。（根据“济宁地名网”，估计为2004年统计数据）
2007年底，全县总面积973平方千米。总人口79.44万人，其中城镇人口13.85万人。有少数民族28个，2209人。辖8个镇、7个乡：嘉祥镇、纸坊镇、梁宝寺镇、卧龙山镇、疃里镇、马村镇、金屯镇、大张楼镇、老僧堂乡、黄垓乡、万张乡、马集乡、满硐乡、仲山乡、孟姑集乡。共有714个行政村。
2008年，经省政府批准，将嘉祥镇30个村划归疃里镇。2010年，撤销嘉祥镇，设立嘉祥街道。2011年，撤销马集乡，设立马集镇。调整后，全县辖1个街道、8个镇、6个乡：嘉祥街道、纸坊镇、梁宝寺镇、卧龙山镇、疃里镇、马村镇、金屯镇、大张楼镇、马集镇、老僧堂乡、黄垓乡、万张乡、满硐乡、仲山乡、孟姑集乡。县政府驻嘉祥街道。
2013年1月，《山东省人民政府关于同意调整嘉祥县部分行政区划的批复》（鲁政函民字[2013]4号）同意撤销老僧堂乡，以其原行政区域设立老僧堂镇，镇政府驻原老僧堂乡政府驻地；撤销仲山乡，以其原行政区域设立仲山镇，镇政府驻原仲山乡政府驻地（1月15日 济政字[2013]16号）。12月，《山东省人民政府关于同意调整嘉祥县部分行政区划的批复》（鲁政函民字[2013]46号）同意撤销卧龙山镇，以其原行政区域设立卧龙山街道办事处，街道办事处机关驻原卧龙山镇政府驻地（12月20日 济政字[2013]111号）。
全县现辖2个街道、9个镇、4个乡：嘉祥街道、卧龙山街道、纸坊镇、梁宝寺镇、疃里镇、马村镇、金屯镇、大张楼镇、马集镇、老僧堂镇、仲山镇、黄垓乡、万张乡、满硐乡、孟姑集乡。其中，疃里镇以及马集镇东部，金屯镇新机场路北区域（空港区）由济宁经济技术开发区和商贸物流园区管理。