1989年8月30日，撤销南王乡，设立南王镇；撤销马格庄乡，设立马格庄镇；撤销崮寺店乡，设立崮寺店镇。1992年6月15日，撤销龙山店乡，设立龙山店镇。1994年6月6日，撤销五十里堡乡，设立解宋营镇，设镇后以五十里堡乡的行政区域为解宋营镇的行政区域，镇政府驻解宋营村。
1995年1月23日，撤销遇驾夼乡、虎路线乡、大柳行乡、分别设立遇驾夼镇、虎路线镇、大柳行镇。1995年7月24日，撤销于家庄乡，设立于家庄镇。1996年5月24日，撤销小门家乡，设立小门家镇（鲁政函民字[1996]24号）。1997年12月17日，撤销王庄乡，将其行政区域并入村里集镇；撤销虎路线镇，将其行政区域并入大柳行镇（鲁政函民字[1997]46号）。
2000年6月21日，撤销登州镇，设立登州、紫荆山、蓬莱阁3个街道。将原登州镇的京蓬等26个村（居）划归登州街道管辖，登州街道办事处机关驻原登州镇政府驻地；将原登州镇的紫荆山等19个村（居）划归紫荆山街道办事处管辖，紫荆山街道办事处机关驻西关路92号；将原登州镇的仙阁等8个村（居）划归蓬莱阁街道办事处管辖，蓬莱阁街道办事处机关驻登州路34号。撤销于家庄镇，将其行政区域并入小门家镇；撤销淳于乡，将其行政区域并入潮水镇；撤销崮寺店镇，将其行政区域并入大辛店镇（鲁政函民字[2000]51号）。调整后，全市辖3个街道、14个镇。
2000年第五次人口普查，蓬莱市总人口500408人，其中：登州街道57237人，紫荆山街道31473人，蓬莱阁街道18618人，南王镇25780人，刘家沟镇17164人，马格庄镇20304人，解宋营镇14472人，潮水镇30963人，大季家镇33072人，大柳行镇29827人，遇驾夼镇17319人，龙山店镇17418人，小门家镇38133人，大辛店镇40413人，村里集镇44642人，徐家集镇27418人，北沟镇36155人。
2000年底，全市总面积1207.1平方千米，总人口48.6万人，其中非农业人口7.5万人。辖17个乡（镇、办事处），614个行政村（居委会）。
2001年，撤销徐家集镇，将其行政区域并入北沟镇；撤销解宋营镇，将其行政区域并入刘家沟镇；撤销遇驾夼镇、龙山店镇，将其行政区域并入大辛店镇；撤销蓬莱阁街道办事处，将原蓬莱阁街道办事处的西庄、水城、林格庄、邹于4个村划归紫荆山街道办事处管辖，抹直口、小皂2个村划归登州街道办事处管辖；撤销马格庄镇，设立新港街道办事处，将原马格庄镇的行政区域和南王镇的矫格庄、许马、景家3个村划归新港街道办事处管辖，办事处机关驻原马格庄镇政府驻地（2000年12月19日鲁政函民字[2000]82号批准）（2001年1月1日蓬发[2001]4号批准）。
2001年底，全市总面积1207.2平方千米。总人口48.4万人，其中非农业人口7.69万人。辖9个镇，3个办事处，611个行政村（居委会）。
2002年3月22日，省政府批复同意：撤销南王镇，以原南王镇的行政区域设立南王街道，办事处机关驻原南王镇政府驻地；设立蓬莱阁街道，办事处机关驻蓬莱市北关路171号。2002年9月17日，省政府批复同意：将蓬莱市大季家镇划归烟台市福山区管辖。
2002年底，全市总面积1128.5平方千米。总人口45万人，其中非农业人口7.6万人。辖5个街道、7个镇，584个行政村（居委会）。
2003年底，全市总面积1128.5平方千米。总人口44.7万人，其中非农业人口13.26万人。辖登州、紫荆山、新港、南王、蓬莱阁5个街道办事处及大辛店、北沟、刘家沟、大柳行、村里集、小门家、潮水7个镇，584个行政村（居委会）。
2007年底，全市总面积1128.6平方千米。总人口44.55万人，其中城镇人口17.42万人，人口城市化率54％。辖5个街道、7个镇，584个行政村（居委会）。
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