因境内有福山而得名。商、西周为莱国地，秦、西汉置**县，唐置清阳县。北宋靖康二年（1127年），伪齐帝刘豫登此山，称两水镇一带为“福地”，因名此山为福山。金天会九年（1131年）置福山县。1983年11月，改为烟台市福山区。
1996年1月3日，撤销东厅乡，设立东厅镇（鲁政函民字[1996]1号）。全区面积627平方千米，人口约33.4万人，辖7镇3乡：福山镇、古现镇、高疃镇、门楼镇、回里镇、兜余镇、东厅镇、八角乡、臧家乡、张格庄乡。区政府驻福山镇。
1996年12月29日，撤销臧家乡，设立臧家镇（鲁政函民字[1996]68号）。1997年1月14日，撤销八角乡、张格庄乡，分别设立八角镇、张格庄镇（鲁政函民字[1997]3号）。至此，全区辖10镇，即福山、八角、古现、臧家、高疃、东厅、张格庄、门楼、回里、兜余镇，290个行政村、2个居委会。
2000年6月13日，撤销福山镇，设立福新、清洋、奇泉3个街道，将原福山镇的盐场、永福园2个居委会、蒲湾村、泊子村和臧家镇的小陈家村划归福新街道管辖，福新街道机关驻永达街881号；将原福山镇的曾家庄等14个村（居）划归清洋街道管辖，清洋街道机关驻原福山镇政府驻地；将原福山镇的史家庄等17个村（居）划归奇泉街道管辖，奇泉街道机关驻西山路18号（鲁政函民字[2000]44号）。至此，全区辖3个街道、9个镇。
2000年第五次人口普查，福山区总人口355803人；其中：清洋街道48818人，福新街道12810人，奇泉街道28068人，古现镇26341人，高疃镇24191人，张格庄镇17374人，回里镇33327人，兜余镇25635人，门楼镇30291人，八角镇16586人，臧家镇12406人，东厅镇13420人，烟台经济技术开发区66536人。
2000年12月19日，撤销八角镇，将其行政区域并入古现镇；撤销东厅镇，将其行政区域并入高疃镇，将臧家镇的和平、吕家沟、巨屯、大转4个村划归高疃镇管辖，高疃镇政府驻地迁至义井；撤销斗余镇，将其行政区域并入门楼镇；撤销奇泉街道，将其管辖范围并入清洋街道；撤销臧家镇，将原臧家镇的臧家、户上、上庄、柳行、招贤、黄家、大杨家、小杨家、黄泥沟、邢家山、楮佳疃、小河子、巨盆李家、山前李家、刘家埠、十里堡16个村和清洋街道的姜刘疃居委会划归福新街道管辖，福新街道机关驻原臧家镇政府驻地（鲁政函民字[2000]77号）。
2000年底，全区总面积590.99平方千米。总人口29.38万人，其中非农业人口7.24万人。辖5个镇、2个街道，1个省级高新技术产业园区，1个市级高新农业产业园区，279个行政村，18个居委会。2001年底，全区总面积590.99平方千米。总人口29.1万人，其中非农业人口7.5万人。辖5个镇、2个办事处，240个行政村，52个居委会。
2002年9月17日，省政府批复同意：将蓬莱市大季家镇划归烟台市福山区管辖。大季家镇、古现镇由烟台经济技术开发区管理。2002年底，全区总面积482.83平方千米。总人口24.76万人，其中非农业人口7.64万人。辖4个镇、2个街道，1个高新技术产业区，231个行政村（居委会）。（注：数据不包括烟台经济技术开发区代管部分）
2003年4月1日，撤销古现镇，以原古现镇的行政区域设立古现街道，办事处机关驻原古现镇政府驻地；撤销大季家镇，以原大季家镇的行政区域设立大季家街道，办事处机关驻原大季家镇政府驻地。调整后，福山区辖清洋、福新、古现、大季家4个街道及高疃、门楼、回里、张格庄4个镇。
2003年底，全区总面积482.83平方千米。总人口24.7万人，其中非农业人口7.92万人。辖6个乡（镇、办事处），236个行政村（居委会）。（注：数据不包括烟台经济技术开发区代管部分）
2007年底，全区总面积482.83平方千米。总人口25.2万人，其中城镇人口10万人，人口城市化率46％。有少数民族17个，379人。辖2个街道、4个镇，237个行政村（居委会）。（注：数据不包括烟台经济技术开发区代管部分）
2010年，将清洋街道的西关、吕格庄、东留公、西留公、姜家庄、城西、泉水眼、兴华庄、东黄埠、西黄埠、包家沟、钟家沟、上夼、下夼、銮驾庄、朱甲山16个居委会，高疃镇的东厅、老官庄、儒霖沟、牛庄、庞家沟、北庵沟、南庵沟、南十里堡、桃园、西厅、丁家夼、王家庄、西车家、吴阳泉、义村、山北头、盛家、鹿家、宅院、屯里、潘家泊、栾家、解字崖、南厚滋沟、北候旨沟25个村，门楼镇的仉村李、仉村张、仉村王、仉村林、仉村孙、仉村周、赵庄7个村划出设立东厅街道；撤销门楼镇，设立门楼街道。截至2010年末，全区辖7个街道、3个镇：清洋街道、福新街道、古现街道、大季家街道、八角街道、东厅街道、门楼街道、高疃镇、张格庄镇、回里镇。区政府驻清洋街道。