春秋时为卫国莘邑。秦置阳平县，属东郡。后齐改为乐平县。县北有莘亭城，后周置莘亭县。隋开皇六年（586年）复称阳平县，隋开皇八年改称清邑。大业二年（606年）始称莘县。宋代先后属河北东路大名府和中书省南部东昌路。明清属东昌府。民国初年属山东省东临道，1928年直属山东省。
1944年8月1日，莘县全境解放。1949年至1952年属平原省聊城地区。1958年底撤销莘县建制，属地划归范县、冠县。1961年7月1日复置莘县。1964年后金堤以北之范县属地全部划归莘县。现在的莘县行政区域实际上包括了历史上莘县、朝城县、观城县的全部和范县、濮县的一部分。
1995年12月18日，撤销十八里铺乡，设立十八里铺镇。调整后，莘县辖8个镇、20个乡：城关镇、张鲁镇、朝城镇、十八里铺镇、古城镇、观城镇、古云镇、大张家镇、单庙乡、河店乡、燕店乡、刘庄乡、俎店乡、董杜庄乡、大王寨乡、魏庄乡、邹巷乡、岩集乡、王奉乡、徐庄乡、妹冢乡、张寨乡、马集乡、舍利寺乡、王铺乡、樱桃园乡、王庄集乡、柿子园乡。总面积1388平方千米，总人口约84万人。县政府驻城关镇。
1999年7月23日，撤销单庙乡，设立莘亭镇（鲁政函民字[1999]18号）。2000年6月13日，撤销董杜庄乡、燕店乡，分别设立董杜庄镇、燕店镇（鲁政函民字[2000]45号）。至此，全县辖11个镇、17个乡。
2000年第五次人口普查，莘县常住总人口921225人，其中：城关镇89554人，莘亭镇36547人，张鲁镇25573人，朝城镇50690人，十八里铺镇28425人，观城镇36906人，大张家镇40996人，古云镇45176人，古城镇27589人，燕店镇36214人，董杜庄镇28953人，河店乡31758人，邹巷乡15719人，魏庄乡21868人，大王寨乡33061人，岩集乡21385人，王奉乡23745人，刘庄乡23686人，俎店乡22331人，妹冢乡47610人，张寨乡41208人，徐庄乡24538人，王铺乡20565人，王庄集乡24565人，马集乡17553人，柿子园乡30437人，樱桃园乡54541人，舍利寺乡20032人。
2002年，撤销妹冢乡，设立妹冢镇；撤销河店乡，设立河店镇。调整后，莘县辖15个镇、7个乡。
2009年3月，正式撤销莘城镇、莘亭镇，以原莘城镇、莘亭镇的行政区域和十八里铺镇18个行政村，设立燕塔、莘亭、莘州、东鲁四个街道。【注：2004年8月25日，经省政府批准，撤销莘县莘城镇、莘亭镇，以原莘城镇、莘亭镇的行政区域和十八里铺镇的部分行政区域，设立振兴、莘亭、东鲁、雁塔四个街道；2009年3月4日，经省政府批准，将振兴街道更名为莘州街道，雁塔街道更名为燕塔街道】
2010年，撤销魏庄乡、张寨乡，设立魏庄镇、张寨镇。至此，全县辖4个街道、15个镇、5个乡：莘亭街道、振兴街道、雁塔街道、东鲁街道、张鲁回族镇、朝城镇、观城镇、古城镇、大张家镇、古云镇、十八里铺镇、燕店镇、董杜庄镇、王奉镇、樱桃园镇、河店镇、妹冢镇、魏庄镇、张寨镇、大王寨乡、俎店乡、徐庄乡、王庄集乡、柿子园乡，共有1154个行政村。县政府驻雁塔街道。
2010年第六次人口普查，莘县常住总人口958827人，其中：燕塔街道69511人，莘亭街道35709人，莘州街道28015人，东鲁街道36146人，张鲁镇48165人，朝城镇49297人，观城镇33742人，古城镇49650人，大张家镇36810人，古云镇50717人，十八里铺镇39251人，燕店镇37752人，董杜庄镇29740人，王奉镇43614人，櫻桃园镇56932人，河店镇33886人，妹家镇46584人，魏庄镇38485人，张寨镇43996人，大王寨乡35354人，俎店乡20931人，徐庄乡30974人，王庄集乡33221人，柿子园乡30345人。
2011年，撤销大王寨乡，设立大王寨镇。2012年，撤销徐庄乡、王庄集乡，设立徐庄镇、王庄集镇。2013年，撤销柿子园乡，设立柿子园镇（鲁政函民字[2013]33号）。至此，全县辖4个街道、19个镇、1个乡：燕塔街道、莘亭街道、莘州街道、东鲁街道、张鲁回族镇、朝城镇、观城镇、古城镇、大张家镇、古云镇、十八里铺镇、燕店镇、董杜庄镇、王奉镇、樱桃园镇、河店镇、妹冢镇、魏庄镇、张寨镇、大王寨镇、徐庄镇、王庄集镇、柿子园镇、俎店乡。