1993年7月2日，撤销昌邑县龙池乡，设立龙池镇；撤销青乡乡，设立青乡镇；撤销卜庄乡，设立卜庄镇，撤销仓街乡，设立仓街镇；撤销丈岭乡，设立丈岭镇。1995年，昌邑市辖13个镇、9个乡：都昌镇、柳疃镇、青乡镇、龙池镇、卜庄镇、仓街镇、饮马镇、塔耳堡镇、岞山镇、石埠镇、围子镇、下营镇、丈岭镇、李家埠乡、夏店乡、东冢乡、宋庄乡、南逄乡、流河乡、双台乡、太保庄乡、北孟乡。
1996年，昌邑市面积1814平方千米，人口67.3万，辖13镇9乡：都昌镇、柳疃镇、青乡镇、龙池镇、卜庄镇、仓街镇、饮马镇、塔耳堡镇、岞山镇、石埠镇、围子镇、下营镇、丈岭镇、李家埠乡、夏店乡、东冢乡、宋庄乡、南逄乡、流河乡、双台乡、太保庄乡、北孟乡。市政府驻都昌镇。
1996年12月27日，撤销昌邑市北孟乡、李家埠乡，设立北孟镇、李家埠镇（鲁政函民字[1996]62号）。1997年7月4日，撤销都昌镇，分别设立奎聚、都昌两个街道办事处（注：以原都昌镇北海路以东的行政区域设立奎聚街道办事处，以原都昌镇北海路以西的行政区域设立都昌街道办事处），将双台乡的北褚、南褚、东褚、前埠、后埠5个行政村，南逄乡的刘埠、王逄2个行政村，李家埠镇的高家道照、长埠2个行政村划归都昌街道办事处管辖（鲁政函民字[1997]28号）。1997年7月9日，撤销宋庄乡，设立宋庄镇（鲁政函民字[1997]31号）。至此，昌邑市辖2个街道、15个镇、6个乡。
2000年第五次人口普查，昌邑市总人口683182人，其中：奎聚街道52339人，都昌街道37342人，李家埠镇29325人，柳臆镇30103人，青乡镇19711人，龙池镇25526人，下营镇7909人，卜庄镇31930人，围子镇41922人，仓街镇27408人，宋庄镇30513人，石埠镇30738人，饮马镇44560人，北盂镇39933人，昨山镇35531人，丈岭镇24907人，塔耳堡镇32513人，南逢乡22445人，双台乡31126人，东冢乡18481人，夏店乡20300人，流河乡17850人，太保庄乡30770人。
2001年，昌邑市进行行政区划调整：李家埠镇划归奎聚街道，青乡镇划归柳疃镇，南逄乡划归都昌街道，下营镇和东冢乡划归夏店乡，仓街镇划归围子镇，流河乡划归石埠镇，塔耳堡镇划归丈岭镇。
2002年底，全市总面积1812平方千米。总人口68.03万人，其中非农业人口9.54万人。辖2个街道、11个镇、2个乡，818个行政村（居委会）。
2003年底，全市总面积1812平方千米。总人口67.7万人，其中非农业人口13万人。辖15个乡（镇、办事处），818个行政村（居委会）。
2006年，昌邑市辖2个街道、11个镇、2个乡：奎聚街道、都昌街道、柳疃镇、龙池镇、夏店镇、卜庄镇、围子镇、宋庄镇、石埠镇、饮马镇、北孟镇、岞山镇、丈岭镇、双台乡、太保庄乡。
2007年，昌邑市将2个街道、11个镇、2个乡调整为2个街道、6个镇、1个乡：撤销双台乡，并入都昌街道；撤销夏店镇，并入卜庄镇；撤销宋庄镇，并入围子镇；撤销石埠镇、岞山镇，并入饮马镇；撤销丈岭镇，将原丈岭镇的40个村（即2001年行政区划调整前原丈岭镇辖区）与太保庄乡合并设立太保庄镇，将原丈岭镇的45个村（即2001年行政区划调整前原塔耳堡镇辖区）并入北孟镇（站外链接：乡镇合并示意图）。2007年，将太保庄镇（连同峡山及峡山水库）划归潍坊市坊子区（站外链接：区划调整示意图）。
2009年5月11日，经省政府批准，潍坊市坊子区昌邑市调整部分行政区划：将昌邑市饮马镇的岞山前、岞山中、岞山后、高家庄、留戈庄、前张百户屯、后张百户屯、岞山站、西惺惺、东惺惺、牟家庄子、周家官庄、耿家庄子、盖家庄子、日戈庄东、日戈庄西、双埠子、孙郭田戈庄、郝家官庄、梁家田戈庄、刘家田戈庄、马家屯、盘马埠、东章、西章、早立、坡立东、坡立西、南杨家庄、颜家庄、皂角树、前行营、大行营、东下湾、南下湾、西下湾一、西下湾二、西下湾三、西北院、前辉、后辉、久远埠、卢家官庄、赵家屯、刘家埠、戴家官庄、黄家官庄、徐家官庄等48个村，北孟镇的横路屯、大陈、大石门等3个村，划归坊子区太保庄镇管辖。
2009年，恢复下营镇，将卜庄镇荣乌高速公路以北大韩家、廒里、北张家庄、郇家、辛庄、小韩家、小刘家、常家、军营、小姜家庄、北赵家、北王家、李刘、裴家、吕家、西下营、东下营、曹家店、后柳、前柳、小院、大院、火道、滩子、北二甲、东辛店、胡家道口、冯家、海眼、张家寨、沟崖、王家庙、纪家、高家、杨家等35个行政村划归下营镇管辖，镇政府驻地设在下营镇港口路5号；成立石埠经济发展区。
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