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明朝时期，按百户为里，全县划分35里。公元1694年（清康熙33年），增设40保，外附6屯，分东、西、南、北4乡。县城在曹州府东140华里。东接嘉祥，西抵曹郓，南距成武，北界东平。东西最长处125里，南北最宽处120里。县地总面积16020.71顷。境内人口70123户、354767人。县城东至济宁州100华里，西北至濮州160里，至郓城60里，南至单县140里，北至东平120里，西至曹州140里，东南之金乡100里，东北至汶上150里。
清朝时期，头乡包括10保：东隅保（8里）、城东保（15）、获麟保（1里）、六营保（50）、截河保（50）、独山保（35）、金山保（50）、岳庄保（70）、忠义保（50）、杨固保（90）。头乡所辖地名16处，即：万家堂、肖官屯、任官屯、王官屯、彭官屯、陶官屯、八里河、孟家固、杨家楼、王家桥、十里铺、王家店、刘所营、邱仲铺、王满池营、纪官屯。二乡包括11保：南隅保（8里）、南城保（8里）、新城保（15里）、大义保（25里）、顺兴保（35里）、合乐保（35里）、薛扶保（12里）、德化保（50里）、昌邑保（70里）、文兴保（80里）、狄家海保（60里）。二乡所辖地名20处，即：新城、八里井、花家营、商家店、歇马亭、甄家堂、顺河店、忠义集、夏官屯、章缝集、夹黄寺、营里集、昌邑集、犇虎店、扬道固、金山集、田家集、德化集、赵家店、苑家仓。三乡包括11保：西隅保（8里）、西城保（12里）、龙堌保（50里）、观音保（65里）、张表保（70里）、柳林保（80里）、丰乐保（亦名龙仓保，45里）、章缝保（50里）、营里保（50里）、棠林保（35里）、落城保（10里）。三乡所辖地名25处：柞草坡、吴家堂、贾官屯、吕官屯、赵官屯、姚家店、双碑坡、刘官屯、百时屯、龙堌集、羊山营、新兴集、孙官屯、徐官屯、王官屯即毛官屯、火烧屯、蔡家营、张表集、陈官屯、徐家垓、观音集、支官屯、董官屯、太平集。四乡包括10保：北隅保（8里）、麟凤保（15里）、洙水保（12里）、双碑保（又名大兴保，18里）、宿沙保（又名仁和保，70里）、太康保（70里）、太平保（50里）、安兴保（90里）、五界保（70里）、新兴保（70里）。四乡所辖地名17处：石碑坡、沙土集、杨官屯、佃户屯、酒庄、长张营、冯官屯、展官屯、蔡官屯、栾官屯、韩官屯、丁官屯、林官屯、黄姑庵、公府屯、贾敬屯、常家营。另外，还有闽屯6处：六营屯、独山屯、忠义屯、龙堌屯、新城屯。
民国时期，国民党政府把巨野县华为9个区：城区、凤鸣区、新城区、顺应区、大义区、忠义区、龙堌区、柳林区、大康区。
抗日战争时期，巨野县主要由国民党和日伪政府管辖。按照巨野县公署建设科在1943年绘制的行政区划图，全县分为8个区、16个镇、41个乡。
第一区：驻所在巨野城内，包括东隅镇、西隅镇、南隅镇、北隅镇、获麟乡、麟安乡、彭泽乡、盟台乡、新城乡、大兴乡。
第二区：驻所在玉山（今独山），包括玉山镇、六营镇、刘楼乡、王桥乡、蒋寺乡、顺兴乡、金山乡、金安乡、截河乡。
第三区：驻所在营里集，包括营里镇、昌邑镇、忠义镇、扬固镇、鼎新乡、金言乡、固边乡。
第四区：驻所在大义集，包括大义镇、忠义乡、大成乡、等让乡、德化乡、合药乡、棠林乡。
第五区：驻所在龙堌寺，包括张表乡、柳林乡、柳西乡、肖楼乡、丰乐乡。
第六区：驻所在龙堌，包括龙堌镇、观音镇、李海乡、临河乡、同治乡、清泉乡。
第七区：驻所在新兴集，包括安兴镇、太平镇、五界乡、太康乡、三和乡、新兴乡、三义乡。
第八区：驻所在苏集，包括苏集镇、第一乡、第二乡、第三乡、第四乡、第五乡、第六乡。
1949年5月，调整行政区划，巨野县辖6个区，427个村。1949年9月，巨野县辖11个区。1952年12月24日，全县建立乡镇148个。1955年8月13日，全县1～12区分别改称城关区、沙土区、太平区、大义区、龙堌区、柳林区、章缝区、棠林区、营里区、谢集区、独山区、六营区。1956年4月，县行政区划由148个乡调整为73个乡镇。
1949年后至1958年撤区并乡前，全县分11区（建国初期一度设立棠林店区，不久撤销），73乡。第一，城关区：包括曹庙乡、五里墩乡、新城乡、姚店乡、吕官屯乡、阎庄乡、三里庙乡。第二，沙土区：包括田庄乡、高庄乡、小宁庄乡、杨官屯乡、沙土集乡、姚庄乡、丁官屯乡。第三，太平区：包括太平乡、邬官屯乡、田桥乡、毕海乡、林屯乡、毕庄乡、白李庄乡。第四，大义区：包括大义乡、比干庙乡、人祖庙乡、庞庵乡、胡堌堆乡、东营乡、葛店乡、棠林乡、孔楼乡。第五，龙堌区：包括龙堌乡、三里庙乡、郝庄乡、李集乡、观集乡。第六，柳林区：包括柳林乡、王水坑乡、龙寺乡、陈集乡、后陈楼乡、蒋海乡、张表乡。第七，章缝区：包括章缝乡、高坊乡、曹海乡、董官屯乡、焦顺屯乡、肖楼乡、冯沙窝乡。第八，谢集区：包括谢集乡、赵庙乡、前昌邑乡、谢庄乡、陶庙乡、王胡同乡。第九，营里区：包括营里乡、前店子乡、大袁楼乡、毕堂乡、赵集乡、刘集乡。第十，独山区：包括独山乡、高海乡、金山屯乡、王楼乡、马河乡、华营乡、双庙乡。第十一，六营区：包括六营乡、大屯乡、夏官屯乡、刘楼乡、魏集乡。
1958年3月，公布撤区并乡方案，撤销11个区，将过去的76个乡镇合并为23个乡镇。1958年7月23日，进行并社工作，决定将全县原620处、平均每处180户的农业社，合并为每个1000户左右的大社。1958年9月，合并23个乡，成立11处公社：城关公社、田庄公社、夏官屯公社、龙堌公社、柳林公社、章缝公社、营里公社、大义公社、独山公社、谢集公社。780个大队，2625个生产队。
1958年11月撤销嘉祥县建制，西部仲山公社及酒庄、孟姑集一带90个自然村划归巨野县。1958年11月12日，国务院批准撤销菏泽专区建制，所属各县划归济宁专区（一说1959年1月）。次年6月（一说1959年7月30日），恢复菏泽专区，辖区如旧。1962年1月6日，因恢复嘉祥县建制，原嘉祥县的仲山公社及划归巨野县夏官屯、田庄两公社的部分村庄，复归嘉祥县，共69个生产大队，391个生产队、90个自然村。
1978年9月13日，中共董官屯工委建立。12月13日，中共吕官屯、太平、张表三工委建立；同月，新建上述4个公社。1978年12月，调整社队体制，划为21处公社，804个大队，3510个生产队，增加10处公社，即：丁官屯公社、吕官屯公社、太平公社、李集公社、张表公社、董官屯公社、葛店公社、薛扶集公社、万丰公社、陶庙公社。