商代太昊后裔在县境北部建颛臾国，西汉置平邑侯国。因春秋时为鲁国季平子采邑而得名。据平邑古碑记载：“干邑者，季平子之采邑也。”公元627年将颛臾县并入费县，后历经变革。1946年4月正式成立平邑县，因子邑镇得名。1960年形成现在的版图。
1986年5月，李家庄乡改称岐山乡。1988年12月，贺庄乡改名白马乡。此时，全县辖7镇19乡：平邑镇、仲村镇、卞桥镇、铜石镇、地方镇、郑城镇、白彦镇、白马乡、岐山乡、武台乡、保太乡、魏刘庄乡、柏林乡、资邱乡、天宝山乡、张里乡、温水乡、东阳乡、流峪乡、唐村岭乡、魏庄乡、黄坡乡、山阴乡、临涧乡、庞庄乡、郑家峪乡。
1994年9月7日，撤销温水乡、天宝山乡，设立温水镇、天宝山镇。1994年9月28日，撤销岐山乡、保太乡，设立岐山镇、保太镇。至此，平邑县面积1748平方千米，人口88.9万人。辖11个镇、15个乡：平邑镇、天宝山镇、卞桥镇、白彦镇、地方镇、仲村镇、岐山镇、郑城镇、保太镇、铜石镇、温水镇、山阴乡、丰阳乡、东阳乡、白马乡、张里乡、武台乡、庞庄乡、柏林乡、临涧乡、唐村岭乡、资邱乡、流峪乡、黄坡乡、魏庄乡、魏刘乡。县政府驻平邑镇。
1996年5月24日，撤销柏林乡、武台乡、流峪乡，设立柏林镇、武台镇、流峪镇（鲁政函民字[1996]26号）。1996年10月9日，魏刘庄乡更名为羊城乡（鲁地名委[1996]10号）。1998年7月28日，撤销丰阳乡，设立丰阳镇（鲁政函民字[1998]17号）。1999年12月22日，撤销临涧乡，设立临涧镇（鲁政函民字[1999]40号）。至此，平邑县辖16个镇、10个乡：平邑镇、仲村镇、卞桥镇、铜石镇、地方镇、郑城镇、白彦镇、温水镇、天宝山镇、岐山镇、保太镇、柏林镇、武台镇、流峪镇、丰阳镇、临涧镇、东阳乡、白马乡、羊城乡、资邱乡、张里乡、唐村岭乡、魏庄乡、黄坡乡、山阴乡、庞庄乡。
2000年第五次人口普查，全县总人口974213人，其中：平邑镇134556人，仲村镇57360人，岐山镇21055人，武台镇36467人，保太镇58551人，柏林镇45835人，卞桥镇40926人，地方镇38210人，天宝山镇26014人，铜石镇50644人，温水镇36702人，流峪镇34803人，郑城镇38886人，自彦镇34101人，临涧镇24543人，丰阳镇33343人，白马乡26598人，羊城乡20939人，资邱乡34775人，张里乡24160人，山阴乡19403人，魏庄乡27818人，黄坡乡22972人，唐村岭乡23653人，东阳乡37626人，庞庄乡24273人。
2000年12月29日，撤销白马乡、东阳乡，将其行政区域并入平邑镇；撤销黄坡乡、山阴乡，将其行政区域并入白彦镇；撤销岐山镇，将其行政区域并入仲村镇；撤销天宝镇，将其行政区域并入地方镇；撤销张里乡，将其行政区域并入铜石镇；撤销庞庄乡，将其行政区域并入临涧镇。撤销唐村岭乡，将原唐村岭乡的南阳村划归平邑镇管辖；将原唐村岭乡的邵家庄村、龙汪河村、老泉崖村、栗元村、洼子地村、义新庄村、三岭村、南申庄村、许家岭村、上神洼村、外宋子峪村、护城庄村、里宋子峪村、兴郭庄子村、圈子崖村、桃园村、土门村、城子村、下神洼村、斐家沟村、北申庄村等21个村划归流峪镇管辖；将原唐村岭乡的金鹊庄村、响水庄村、上寨村、西峨庄村、东峨庄村、义顺庄村、青草坡村等7个村划归丰阳镇管辖。撤销羊城乡，将原羊城乡的石头岭村、温家庄村、东峪村、两河村、苏成村、大涝峪村、塔峪村、沙石桥村、山庄村、玉皇城村、许家庄村等11个村划归柏林镇管辖；将原羊城乡的柳家村、南羊子村、大埠槐村、乔家庄村、皮卞庄村、后孙庄村、卓家庄村、平和庄村、三关庙村、良子村、北刘庄村、东金官村、西金官村、北羊子村、埠阳村、魏刘庄村、九女关村、因家村、北王庄村、羊城村、前孙庄村等21个村划归保太镇管辖（鲁政函民字[2000]93号）。即平邑县由16个镇、10个乡调整为14个镇、2个乡：平邑镇（白马乡、东阳乡、唐村岭乡1个村）、仲村镇（岐山镇）、卞桥镇、地方镇（天宝山镇）、铜石镇（张里乡）、保太镇（羊城乡部分）、流峪镇（唐村岭乡大部分）、柏林镇（羊城乡部分）、武台镇、丰阳镇（唐村岭乡部分）、临涧镇（庞庄乡）、资邱乡、魏庄乡、郑城镇、白彦镇（山阴乡、黄坡乡）、温水镇。（括号内的为被撤并的乡镇）
2002年末，平邑县辖14个镇、2个乡：平邑镇、仲村镇、卞桥镇、铜石镇、地方镇、郑城镇、白彦镇、温水镇、保太镇、柏林镇、武台镇、流峪镇、丰阳镇、临涧镇、资邱乡、魏庄乡。（1056个行政村）
2010年，撤销平邑镇，设立平邑街道；撤销资邱乡，设立资邱镇。调整后，全县辖1个街道、14个镇、1个乡：平邑街道、仲村镇、武台镇、保太镇、柏林镇、卞桥镇、地方镇、铜石镇、温水镇、流峪镇、郑城镇、白彦镇、临涧镇、丰阳镇、资邱镇、魏庄乡。县政府驻平邑街道。
2011年11月，撤销资邱镇，并入卞桥镇；撤销魏庄乡，并入郑城镇。调整后，平邑县辖1个街道、13个镇：平邑街道、仲村镇、武台镇、保太镇、柏林镇、卞桥镇、地方镇、铜石镇、温水镇、流峪镇、郑城镇、白彦镇、临涧镇、丰阳镇。